PDB-5zpp: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpp

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 8 at 288 K (3)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	0294	日本
Japan Society for the Promotion of Science	17K07317	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP26440037	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP23770127	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP15K05573	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP16KT0055	日本

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpp.cif.gz	524.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpp.ent.gz	424.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zpp_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpp_full_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示
XML形式データ	5zpp_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	5zpp_validation.cif.gz	81.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zps-1 5zp1-1 5zpg-d 5zpo-2 2d1w-d 1rjo-1 2e2v-d 5zpe-d 1iu7-d 5zp8-d 5zpt-1 5zp3-2 5zpo-1 5zp4-2 2cwv-d 5zoy-2 5zpf-d 5zp9-d 5zp7-d 2cfl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.019, 64.746, 158.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1116- HOH
2	1	A-1246- HOH
3	1	B-1052- HOH
4	1	B-1194- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase

-
非ポリマー , 5種, 993分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-HY1 / PHENYLACETALDEHYDE / フェニルアセトアルデヒド分子量: 120.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O
#5: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 157934 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 2.949 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 657858

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.81-1.84	4.2	0.725	7780	0.73	0.403	0.83	1.056	98.1
1.84-1.87	4.2	0.614	7740	0.773	0.341	0.704	1.072	98
1.87-1.91	4.2	0.511	7832	0.842	0.284	0.585	1.122	98.2
1.91-1.95	4.2	0.435	7800	0.874	0.242	0.499	1.213	98.3
1.95-1.99	4.2	0.361	7806	0.902	0.201	0.414	1.217	98.4
1.99-2.04	4.2	0.32	7832	0.922	0.178	0.367	1.337	98.5
2.04-2.09	4.2	0.288	7829	0.933	0.161	0.331	1.305	98.6
2.09-2.15	4.2	0.255	7831	0.944	0.142	0.293	1.353	98.7
2.15-2.21	4.2	0.227	7827	0.951	0.127	0.261	1.442	98.8
2.21-2.28	4.2	0.203	7871	0.96	0.113	0.233	1.517	98.9
2.28-2.36	4.2	0.186	7874	0.958	0.104	0.213	1.769	99
2.36-2.46	4.2	0.17	7871	0.969	0.095	0.195	1.671	99.1
2.46-2.57	4.2	0.155	7910	0.975	0.087	0.178	1.662	99.2
2.57-2.7	4.2	0.141	7958	0.977	0.079	0.161	1.996	99.4
2.7-2.87	4.2	0.126	7896	0.976	0.071	0.145	2.532	99.4
2.87-3.09	4.2	0.103	8001	0.983	0.058	0.119	2.805	99.6
3.09-3.41	4.1	0.082	7987	0.988	0.045	0.094	3.956	99.7
3.41-3.9	4.1	0.064	8007	0.99	0.036	0.073	5.322	99.7
3.9-4.91	4.1	0.052	8055	0.99	0.029	0.06	8.396	99.8
4.91-50	3.9	0.053	8227	0.984	0.031	0.062	16.888	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.81→40.51 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.169	7991	5.07 %
R_work	0.144	-	-
obs	0.145	157670	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→40.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	39	982	10759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10406
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	14245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.713	6244
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.809-1.8296	0.297	229	0.2533	4684	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8296-1.8511	0.2565	236	0.2366	4988	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8511-1.8737	0.2521	278	0.2195	4850	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8737-1.8974	0.2354	278	0.2028	4909	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8974-1.9223	0.2273	272	0.1915	4986	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9223-1.9487	0.2161	277	0.1803	4909	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9487-1.9765	0.2095	268	0.1727	4900	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9765-2.006	0.2038	235	0.1678	5009	X-RAY DIFFRACTION	98
2.006-2.0374	0.1927	281	0.1661	4981	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0374-2.0708	0.2018	249	0.1633	4940	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0708-2.1065	0.2016	227	0.162	4975	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1065-2.1448	0.1968	234	0.1604	5026	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1448-2.186	0.1948	269	0.1555	4922	X-RAY DIFFRACTION	99
2.186-2.2306	0.1831	299	0.1489	4994	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2306-2.2791	0.1845	257	0.1505	4970	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2791-2.3322	0.1884	263	0.1494	4993	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3322-2.3905	0.1786	284	0.1514	4997	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3905-2.4551	0.1855	266	0.1572	4950	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4551-2.5273	0.1862	253	0.1572	5049	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5273-2.6089	0.1901	251	0.1574	5052	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6089-2.7021	0.1767	270	0.1547	5020	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7021-2.8103	0.1769	244	0.1576	5036	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8103-2.9381	0.1824	297	0.149	5004	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9381-3.093	0.1511	254	0.1422	5051	X-RAY DIFFRACTION	99
3.093-3.2867	0.1821	262	0.1363	5060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2867-3.5403	0.145	318	0.1181	5002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5403-3.8964	0.1292	260	0.1105	5103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8964-4.4595	0.122	293	0.0998	5057	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4595-5.6162	0.1054	297	0.1031	5094	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6162-40.5207	0.1585	290	0.1423	5168	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2981	0.1162	-0.0605	0.3059	-0.0452	0.0831	0.0177	-0.1318	-0.0494	0.1743	-0.1134	0.0688	-0.1148	-0.3072	-0.0795	0.1922	0.0718	0.0319	0.2285	-0.0588	0.1464	174.885	27.087	35.807
2	0.3092	0.0007	-0.2489	0.125	0.0782	0.885	-0.0231	-0.1641	0.0228	0.0674	0.0142	0.0039	-0.2039	0.1057	0.0568	0.1276	-0.0281	-0.0193	0.0827	-0.0114	0.1165	197.678	26.104	25.283
3	0.1332	0.0389	-0.0894	0.1433	-0.0062	1.0609	-0.0051	-0.0081	-0.0135	0.0183	-0.0019	-0.002	-0.0422	-0.097	-0	0.0811	0.0065	-0.0019	0.0687	0.0003	0.1154	186.755	20.11	9.798
4	0.0935	0.0493	-0.1263	0.0389	-0.0508	0.0977	0.0282	0.0503	-0.0214	-0.1263	-0.0086	-0.0701	-0.0413	0.15	0	0.1745	-0.0256	0.0283	0.1782	0.0212	0.1534	176.755	-2.877	37.001
5	0.2398	-0.0317	-0.1406	0.1763	-0.0197	0.8682	0.0153	0.0493	-0.0248	-0.0357	-0.0042	-0.0121	-0.0525	0.0245	0.0041	0.0815	0.002	0.0004	0.0554	-0.0038	0.1101	160.977	-9.777	55.111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 95 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 96 THROUGH 277 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 278 THROUGH 628 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 73 THROUGH 628 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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