PDB-5zpg: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpg

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH6 at 293K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.649 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpg.cif.gz	514.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpg.ent.gz	419.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zpg_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpg_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	5zpg_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	5zpg_validation.cif.gz	78.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zps-1 5zp3-2 5zoy-2 2yx9-d 5zpt-1 5zph-d 1sih-1 5zpr-2 5zou-d 5zpp-1 5zp2-2 1avl-1 5zpo-2 5zp1-2 5zp1-1 5zpc-d 5zp3-1 1ivv-d 5zp9-d 1rjo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.283, 64.012, 158.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.040, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1328- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 873 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 206730 / Num. obs: 196443 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 4.636 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 807456

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.68-1.71	4	0.676	9742	0.835	0.384	0.779	0.981	99.9
1.71-1.74	4	0.615	9742	0.853	0.349	0.709	1.022	100
1.74-1.77	4.1	0.517	9793	0.895	0.292	0.595	1.082	100
1.77-1.81	4.1	0.437	9765	0.915	0.247	0.503	1.158	100
1.81-1.85	4.1	0.377	9773	0.941	0.212	0.433	1.208	100
1.85-1.89	4.1	0.314	9808	0.953	0.176	0.361	1.334	100
1.89-1.94	4.1	0.26	9755	0.965	0.146	0.299	1.465	100
1.94-1.99	4.1	0.218	9806	0.969	0.122	0.25	1.712	100
1.99-2.05	4.1	0.193	9737	0.974	0.107	0.221	1.937	100
2.05-2.12	4.1	0.178	9810	0.978	0.098	0.203	2.108	100
2.12-2.19	4.2	0.159	9808	0.98	0.088	0.182	2.336	100
2.19-2.28	4.2	0.148	9786	0.98	0.082	0.17	2.823	100
2.28-2.38	4.2	0.14	9807	0.983	0.077	0.16	3.138	100
2.38-2.51	4.2	0.141	9806	0.983	0.078	0.161	3.743	100
2.51-2.67	4.2	0.141	9878	0.983	0.077	0.161	4.778	100
2.67-2.87	4.2	0.134	9804	0.983	0.074	0.154	6.177	100
2.87-3.16	4.2	0.119	9875	0.984	0.065	0.136	8.557	100
3.16-3.62	4.1	0.088	9873	0.986	0.048	0.1	10.23	100
3.62-4.56	4.1	0.072	9958	0.992	0.039	0.082	14.215	99.9
4.56-50	3.9	0.075	10117	0.986	0.041	0.086	22.492	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.649→38.881 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	10400	5.03 %
R_work	0.1629	196330	-
obs	0.164	196443	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.97 Å² / B_iso mean: 26.5096 Å² / B_iso min: 6.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.649→38.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	15	873	10624
B_iso mean	-	-	52.49	38.48	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868	13915
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1853
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.266	8240

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6495-1.6682	0.338	313	0.306	5752	6065	88
1.6682-1.6879	0.3218	357	0.286	6511	6868	100
1.6879-1.7084	0.2756	373	0.2682	6482	6855	100
1.7084-1.7301	0.2641	361	0.2559	6623	6984	100
1.7301-1.7528	0.2843	311	0.2475	6475	6786	100
1.7528-1.7768	0.259	379	0.245	6540	6919	100
1.7768-1.8022	0.251	336	0.2281	6492	6828	100
1.8022-1.8291	0.239	350	0.2214	6575	6925	100
1.8291-1.8577	0.2431	332	0.2115	6560	6892	100
1.8577-1.8882	0.2223	374	0.2031	6574	6948	100
1.8882-1.9207	0.2026	317	0.1877	6563	6880	100
1.9207-1.9556	0.2104	359	0.1753	6494	6853	100
1.9556-1.9933	0.1832	353	0.1641	6586	6939	100
1.9933-2.0339	0.1783	341	0.1626	6571	6912	100
2.0339-2.0782	0.1941	355	0.1642	6566	6921	100
2.0782-2.1265	0.1695	358	0.1625	6546	6904	100
2.1265-2.1797	0.1818	365	0.1552	6519	6884	100
2.1797-2.2386	0.1771	366	0.1567	6533	6899	100
2.2386-2.3045	0.1803	364	0.1559	6597	6961	100
2.3045-2.3788	0.1779	347	0.156	6556	6903	100
2.3788-2.4639	0.1897	332	0.16	6592	6924	100
2.4639-2.5625	0.2104	344	0.1645	6610	6954	100
2.5625-2.6791	0.1858	331	0.165	6617	6948	100
2.6791-2.8203	0.2132	320	0.167	6604	6924	100
2.8203-2.9969	0.1894	333	0.1596	6616	6949	100
2.9969-3.2282	0.1733	349	0.1514	6609	6958	100
3.2282-3.5529	0.1677	329	0.1376	6631	6960	100
3.5529-4.0665	0.1293	355	0.1205	6672	7027	100
4.0665-5.1216	0.1267	323	0.1154	6667	6990	100
5.1216-38.8915	0.1681	373	0.1668	6597	6970	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4083	0.1336	-1.094	2.7162	-0.1751	1.4094	0.1576	0.3356	0.0546	-0.4903	-0.2806	-0.2832	-0.1379	0.3546	0.0529	0.2758	0.0574	0.0984	0.4024	0.1077	0.1926	49.2098	5.7458	0.9932
2	3.5959	1.5319	0.1592	0.8815	0.1103	1.1081	0.0016	0.6131	0.2424	-0.2309	-0.1074	-0.1271	-0.0115	0.1301	0.1014	0.2992	0.086	0.0663	0.3835	0.0075	0.2006	39.0048	-0.8802	-3.2537
3	1.1473	0.1917	0.4235	0.6849	0.3159	1.3925	0.0103	0.4758	-0.0478	-0.1172	-0.0133	0.0477	-0.0371	-0.0018	-0.0002	0.1986	0.052	-0.0178	0.3211	0.0103	0.1609	15.4358	0.3422	4.9564
4	0.7099	-0.1926	0.2096	1.7929	0.439	1.5432	0.0198	0.1156	0.1335	0.0265	-0.021	-0.1338	-0.2306	0.3575	0.0044	0.1591	-0.0734	0.0342	0.2242	0.0387	0.1738	49.0688	10.3383	25.2927
5	0.4466	-0.1524	0.0621	0.2695	-0.0249	0.9828	0.0369	0.1042	-0.0113	-0.0375	-0.0253	-0.0211	-0.0573	0.1145	-0.0087	0.1394	0.0007	0.0076	0.1282	0.0042	0.1527	35.8505	-0.7179	27.088
6	0.9564	-0.0394	0.2405	0.2113	-0.0082	0.8253	0.0598	0.1713	-0.0633	-0.055	-0.0461	-0.0146	0.0507	0.1533	-0.0106	0.1455	0.0296	0.0075	0.1594	0.002	0.1556	38.5735	-6.7896	22.8418
7	0.8687	-0.381	-0.8811	3.8344	-0.3818	2.1616	0.0222	-0.0498	0.0048	0.0363	-0.0381	0.1593	-0.0448	-0.3716	-0.0371	0.0768	0.026	0.0159	0.1827	-0.0534	0.1148	11.4078	6.9284	69.6237
8	0.9372	-0.0718	0.0191	0.328	-0.0015	0.863	-0.0122	-0.2672	0.0055	0.0721	0.001	-0.0297	-0.0662	0.1802	0.021	0.1494	-0.028	-0.027	0.1485	-0.0139	0.1478	38.6836	0.6908	67.9647
9	0.3808	0.0849	0.116	0.1634	-0.0326	1.0538	0.0163	0.0006	0.0664	-0.0075	-0.0144	-0.0019	-0.224	-0.042	0.0025	0.1587	0.02	0.001	0.0802	0.0015	0.1436	22.7053	8.9107	47.1227
10	0.5988	0.0208	0.1863	0.2614	0.0293	1.0059	0.0244	0.0052	-0.0574	-0.0042	0.0007	-0.0023	0.0789	-0.0809	-0.0276	0.1229	-0.0066	-0.0059	0.0843	0.0008	0.15	21.8525	-8.4332	43.2868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 114 )	A	73 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 225 )	A	115 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 277 )	A	226 - 277
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 278 through 516 )	A	278 - 516
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 517 through 628 )	A	517 - 628
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 73 through 225 )	B	73 - 225
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 226 through 402 )	B	226 - 402
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 403 through 628 )	B	403 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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