PDB-5zpf: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpf

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 288 K (3)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.759 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpf.cif.gz	511.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpf.ent.gz	415.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zpf_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpf_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	5zpf_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	5zpf_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp1-1 5zpo-1 1avl-1 1rjo-1 5zp8-d 5zp5-1 5zpd-d 2yx9-d 1ivu-d 2e2t-1 5zps-2 1sii-1 2d1w-d 5zpa-d 5zpr-2 2cfk-1 1ivv-d 5zpp-1 5zp7-d 1ivx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.379, 64.225, 158.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1377- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-928 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 172035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.539 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 712645

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.76-1.79	4.1	0.714	8592	0.802	0.405	0.823	0.863	100
1.79-1.82	4.2	0.641	8571	0.842	0.361	0.737	0.9	100
1.82-1.86	4.2	0.548	8528	0.87	0.308	0.63	0.937	100
1.86-1.9	4.2	0.465	8572	0.901	0.26	0.533	0.996	100
1.9-1.94	4.2	0.382	8531	0.932	0.213	0.438	1.031	100
1.94-1.98	4.2	0.316	8556	0.952	0.177	0.363	1.088	100
1.98-2.03	4.2	0.271	8572	0.962	0.152	0.311	1.131	100
2.03-2.09	4.2	0.244	8563	0.968	0.136	0.28	1.174	100
2.09-2.15	4.2	0.221	8577	0.972	0.123	0.253	1.212	100
2.15-2.22	4.2	0.192	8614	0.977	0.107	0.22	1.301	100
2.22-2.3	4.2	0.174	8575	0.981	0.097	0.199	1.357	100
2.3-2.39	4.2	0.159	8541	0.984	0.089	0.183	1.445	100
2.39-2.5	4.2	0.154	8618	0.984	0.086	0.177	1.547	99.9
2.5-2.63	4.2	0.145	8587	0.985	0.082	0.167	1.783	99.9
2.63-2.79	4.2	0.129	8624	0.986	0.073	0.149	2.034	99.9
2.79-3.01	4.1	0.108	8602	0.989	0.061	0.124	2.299	99.9
3.01-3.31	4.1	0.085	8624	0.993	0.049	0.099	2.452	99.8
3.31-3.79	4.1	0.063	8659	0.996	0.036	0.073	2.508	99.7
3.79-4.78	4.1	0.051	8648	0.997	0.029	0.059	2.548	99.7
4.78-50	3.9	0.044	8881	0.998	0.024	0.05	2.241	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.759→47.666 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1789	8606	5.01 %
R_work	0.155	-	-
obs	0.1563	171764	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.89 Å² / B_iso mean: 25.0241 Å² / B_iso min: 8.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.759→47.666 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	4	912	10652
B_iso mean	-	-	13.73	36.86	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	13803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1487
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.562	5987

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7589-1.7789	0.2903	271	0.2744	5217	5488	96
1.7789-1.7998	0.248	286	0.2479	5422	5708	100
1.7998-1.8218	0.2532	302	0.2429	5443	5745	100
1.8218-1.8448	0.2589	283	0.2328	5374	5657	100
1.8448-1.8691	0.2392	267	0.2223	5439	5706	100
1.8691-1.8947	0.2481	264	0.2152	5483	5747	100
1.8947-1.9218	0.2411	295	0.2126	5414	5709	100
1.9218-1.9505	0.2361	310	0.1974	5377	5687	100
1.9505-1.981	0.2036	270	0.1751	5422	5692	100
1.981-2.0134	0.1967	288	0.171	5444	5732	100
2.0134-2.0482	0.179	295	0.1631	5385	5680	100
2.0482-2.0854	0.2024	292	0.1702	5449	5741	100
2.0854-2.1255	0.183	271	0.1646	5458	5729	100
2.1255-2.1689	0.1899	288	0.1556	5452	5740	100
2.1689-2.2161	0.1932	281	0.1575	5451	5732	100
2.2161-2.2676	0.1898	297	0.1551	5388	5685	100
2.2676-2.3243	0.1848	306	0.1549	5395	5701	100
2.3243-2.3871	0.1944	302	0.1521	5439	5741	100
2.3871-2.4574	0.1803	284	0.1615	5458	5742	100
2.4574-2.5367	0.2043	267	0.159	5493	5760	100
2.5367-2.6274	0.195	247	0.1609	5471	5718	100
2.6274-2.7325	0.1845	306	0.1574	5417	5723	100
2.7325-2.8569	0.1759	286	0.16	5455	5741	100
2.8569-3.0075	0.1881	293	0.1564	5468	5761	100
3.0075-3.1959	0.1679	256	0.1515	5497	5753	100
3.1959-3.4426	0.1588	304	0.136	5425	5729	100
3.4426-3.7889	0.1424	316	0.1213	5504	5820	100
3.7889-4.3368	0.1306	295	0.1124	5456	5751	100
4.3368-5.4627	0.1328	299	0.1087	5531	5830	100
5.4627-47.6832	0.1648	285	0.1544	5531	5816	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6194	0.2494	-0.7468	1.416	-0.288	0.8987	0.1	0.1566	0.0302	-0.3243	-0.1624	-0.1559	-0.0787	0.1937	-0.0228	0.2472	0.0489	0.0675	0.327	0.0951	0.1363	49.1398	5.4424	0.9448
2	0.6186	-0.0116	0.0719	0.2539	-0.1363	0.0825	0.0298	0.5336	-0.0707	-0.2049	-0.0398	-0.0287	0.0374	0.0061	0.0005	0.2415	0.0742	-0.0099	0.4322	-0.0392	0.1692	24.3788	-3.8139	-2.2657
3	0.4455	-0.0904	0.0131	0.3098	0.0237	0.8754	0.0185	0.0991	0.0207	-0.0327	-0.0186	-0.0045	-0.1091	0.1018	0.0003	0.1241	-0.0009	0.0005	0.1057	0.0113	0.13	35.609	2.3665	26.1178
4	0.8453	-0.0671	0.1808	0.2288	-0.0386	0.8943	0.0473	0.1435	-0.0319	-0.0412	-0.0426	-0.004	0.0438	0.1513	0.0027	0.1174	0.0268	-0.0024	0.1246	0.0001	0.1338	38.6316	-7.0407	22.7338
5	0.4079	-0.0062	-0.6658	2.391	-0.1443	1.9187	0.0024	-0.0107	0.0311	0.0243	-0.041	0.1388	-0.0791	-0.3257	-0.0138	0.1239	0.0358	0.0162	0.1755	-0.0474	0.1372	11.3867	7.1815	69.5119
6	0.437	-0.0012	-0.0046	0.2206	0.0242	0.8669	0.0104	-0.0384	0.0004	0.0297	-0.004	-0.0029	-0.065	-0.0137	-0.0085	0.117	-0.0018	-0.0051	0.0676	0.0064	0.1378	26.6578	-0.1744	51.1855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 191 )	A	73 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 516 )	A	192 - 516
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 517 through 628 )	A	517 - 628
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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