PDB-5zp5: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp5

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 277 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.767 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp5.cif.gz	515.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp5.ent.gz	417.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zp5_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zp5_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	5zp5_validation.xml.gz	54.7 KB	表示
CIF形式データ	5zp5_validation.cif.gz	82 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp8-d 5zpr-2 1ivx-d 5zpf-d 5zp1-1 1rjo-1 2e2u-d 2e2v-d 1ivu-d 3x3z-d 5zpo-1 5zpk-1 2cfl-1 1avl-1 1w4n-d 5zps-2 2e2t-1 5zpa-d 2yx9-d 5zp7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.724, 64.816, 158.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.150, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1152- HOH
2	1	A-1253- HOH
3	1	B-1097- HOH
4	1	B-1237- HOH
5	1	B-1304- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1070 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.79 % / Mosaicity: 0.599 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 171190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.19 / Χ²: 9.273 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 697286

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.77-1.8	4.1	0.683	8515	0.719	0.385	0.786	1.483	100
1.8-1.83	4.1	0.607	8473	0.754	0.341	0.698	1.631	100
1.83-1.87	4.1	0.542	8525	0.794	0.304	0.623	1.798	100
1.87-1.91	4.1	0.462	8523	0.83	0.259	0.531	2.1	100
1.91-1.95	4.1	0.417	8462	0.846	0.234	0.48	2.401	100
1.95-1.99	4.1	0.364	8560	0.869	0.203	0.418	2.926	100
1.99-2.04	4.1	0.33	8557	0.891	0.184	0.378	3.441	100
2.04-2.1	4.1	0.311	8502	0.885	0.173	0.356	3.762	100
2.1-2.16	4.1	0.283	8513	0.899	0.158	0.325	4.034	100
2.16-2.23	4.1	0.264	8541	0.905	0.147	0.303	4.744	100
2.23-2.31	4.1	0.253	8523	0.897	0.141	0.29	5.702	100
2.31-2.4	4.1	0.24	8546	0.914	0.132	0.275	6.293	100
2.4-2.51	4.1	0.231	8550	0.913	0.128	0.265	6.794	100
2.51-2.64	4.1	0.225	8536	0.919	0.124	0.257	8.456	100
2.64-2.81	4.1	0.211	8591	0.932	0.116	0.242	10.355	100
2.81-3.03	4.1	0.197	8552	0.929	0.109	0.225	14.161	100
3.03-3.33	4.1	0.173	8606	0.941	0.095	0.198	18.605	100
3.33-3.81	4.1	0.14	8632	0.964	0.078	0.161	25.073	100
3.81-4.8	4	0.114	8649	0.98	0.063	0.131	30.099	100
4.8-50	3.9	0.091	8834	0.985	0.051	0.105	32.395	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.767→35.329 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1984	8557	5 %
R_work	0.1669	162540	-
obs	0.1685	171097	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.2 Å² / B_iso mean: 26.6706 Å² / B_iso min: 5.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.767→35.329 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	5	1068	10811
B_iso mean	-	-	16.84	39.75	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	13691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.522	5909

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7668-1.7869	0.2889	239	0.2805	4775	5014	88
1.7869-1.8079	0.2822	288	0.2639	5396	5684	100
1.8079-1.8299	0.2927	297	0.2477	5393	5690	100
1.8299-1.8531	0.2703	289	0.2452	5411	5700	100
1.8531-1.8775	0.2798	289	0.2417	5369	5658	100
1.8775-1.9032	0.2809	314	0.2341	5419	5733	100
1.9032-1.9304	0.2459	282	0.2208	5421	5703	100
1.9304-1.9592	0.2446	297	0.2161	5422	5719	100
1.9592-1.9898	0.2665	292	0.205	5400	5692	100
1.9898-2.0224	0.2174	278	0.196	5390	5668	100
2.0224-2.0573	0.2265	266	0.1961	5415	5681	100
2.0573-2.0947	0.2178	263	0.1912	5459	5722	100
2.0947-2.135	0.2389	293	0.1883	5426	5719	100
2.135-2.1786	0.2324	291	0.1822	5413	5704	100
2.1786-2.2259	0.2028	299	0.1785	5445	5744	100
2.2259-2.2777	0.22	286	0.1748	5396	5682	100
2.2777-2.3347	0.2212	293	0.1741	5434	5727	100
2.3347-2.3978	0.2163	291	0.1767	5406	5697	100
2.3978-2.4683	0.2127	280	0.1777	5418	5698	100
2.4683-2.548	0.2229	286	0.1723	5449	5735	100
2.548-2.639	0.2051	286	0.1793	5474	5760	100
2.639-2.7446	0.2236	273	0.1675	5449	5722	100
2.7446-2.8695	0.2205	291	0.1705	5430	5721	100
2.8695-3.0207	0.1934	271	0.1626	5455	5726	100
3.0207-3.2098	0.1724	296	0.1523	5472	5768	100
3.2098-3.4575	0.1781	296	0.1423	5462	5758	100
3.4575-3.805	0.1491	289	0.1305	5511	5800	100
3.805-4.3548	0.1369	270	0.1224	5479	5749	100
4.3548-5.4832	0.1372	282	0.1189	5547	5829	100
5.4832-35.3365	0.1868	290	0.1586	5604	5894	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6414	0.2289	0.0989	0.6031	-0.0771	0.0849	0.0848	-0.0942	0.0123	0.2654	-0.1962	0.1208	-0.1467	-0.3205	-0.2175	0.2764	0.0913	0.0682	0.2966	-0.0923	0.1521	175.6517	24.347	34.7306
2	0.521	0.049	-0.0689	0.2984	0.0081	2.1561	0.0039	-0.112	0.0105	0.0893	-0.0278	0.0345	-0.1404	-0.0809	-0.0183	0.064	-0.0068	-0.0084	0.0261	-0.0046	0.1015	190.5516	17.4783	15.9332
3	0.2044	-0.0036	0.1126	0.2219	-0.1153	0.2792	-0.007	0.0438	-0.071	-0.2224	0.0184	-0.2117	-0.0628	0.3334	0.172	0.2303	-0.0828	0.0756	0.1931	0.0136	0.1706	177.3108	-7.5235	36.8104
4	0.0497	0.0378	-0.119	0.0213	-0.0834	0.2666	0.0555	0.2743	-0.0027	-0.124	0.0035	-0.116	-0.0905	0.0925	0.0015	0.2728	-0.0142	0.0686	0.1701	-0.0203	0.2216	167.3116	-14.2299	32.2623
5	0.6686	0.0318	-0.2549	0.3183	-0.1961	1.0015	-0.0492	0.2291	-0.0025	-0.1538	0.076	-0.044	-0.3028	-0.0568	0.1416	0.1287	0.0318	-0.0121	0.0414	0.007	0.0753	154.0202	-10.0175	46.7653
6	0.3044	-0.0911	-0.1676	0.2853	-0.0036	1.3975	0.0109	0.0152	-0.02	-0.039	0.0233	-0.03	-0.0323	0.1151	0.0274	0.063	-0.0077	-0.0045	0.0476	-0.0053	0.1089	164.1457	-16.3726	61.1069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 628 )	A	73 - 628
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 73 through 114 )	B	73 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 115 through 277 )	B	115 - 277
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 278 through 628 )	B	278 - 628

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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