PDB-4y3x: Endothiapepsin in complex with fragment 171

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3x

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 171

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3x.cif.gz	190.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3x.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y3x_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y3x_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	4y3x_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4y3x_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5r27-d 5p7v-d 5p3f-d 3pcw-d 5p00-d 3pbd-d 5p16-d 5ozb-d 3wz6-d 1e81-d 5ozg-d 5qbp-d 5p43-d 5r1z-d 4y38-d 5rcw-d 5qbs-d 5p2r-d 5p7m-d 4yct-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.344, 73.035, 52.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 304分子

#2: 化合物	ChemComp-46P / 4-methyl-5-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-1,3-thiazol-2-amine 分子量: 194.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀N₄S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.16 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42.7 Å / Num. obs: 87058 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.25→42.7 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1421	4353	5 %	random selection
R_work	0.1197	-	-	-
obs	0.1208	87056	97.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	58	296	2728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2543
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.627	3485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.412	842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2497-1.2639	0.2198	121	0.1857	2306	X-RAY DIFFRACTION	82
1.2639-1.2788	0.2256	137	0.175	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2788-1.2944	0.2008	144	0.1578	2738	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2944-1.3108	0.1747	141	0.148	2666	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3108-1.328	0.1825	144	0.1381	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
1.328-1.3462	0.1834	145	0.1427	2744	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3462-1.3655	0.1503	142	0.1326	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3655-1.3858	0.1491	146	0.1251	2779	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3858-1.4075	0.1662	143	0.1185	2722	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4075-1.4306	0.157	143	0.1207	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4306-1.4552	0.1322	147	0.1131	2781	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4552-1.4817	0.1249	143	0.1065	2716	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4817-1.5102	0.1463	147	0.1024	2791	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5102-1.541	0.1414	145	0.0994	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
1.541-1.5745	0.1529	145	0.0973	2766	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5745-1.6112	0.1271	147	0.0916	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6112-1.6515	0.109	146	0.0943	2769	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6515-1.6961	0.1298	146	0.0949	2783	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6961-1.746	0.1309	147	0.0964	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
1.746-1.8024	0.1199	147	0.0958	2795	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8024-1.8668	0.1322	147	0.0999	2785	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8668-1.9415	0.1246	147	0.0983	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9415-2.0299	0.1201	148	0.0966	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0299-2.1369	0.1363	148	0.0961	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1369-2.2708	0.1127	149	0.1034	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2708-2.4461	0.1261	148	0.1134	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4461-2.6922	0.1341	149	0.12	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6922-3.0817	0.1372	149	0.1266	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.8822	0.1471	150	0.1379	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8822-42.727	0.1672	152	0.1589	2877	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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