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- PDB-4xbg: Crystal structure of human 4E10 Fab in complex with phosphatidic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbg
タイトルCrystal structure of human 4E10 Fab in complex with phosphatidic acid (06:0 PA): 2.73 A resolution
要素
  • 4E10 Fab heavy chain
  • 4E10 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human anti gp41 HIV-1 4E10 Fab / membrane lipid / phosphatidic acid
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / PHOSPHATE ION / Unknown ligand
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Irimia, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10.
著者: Irimia, A. / Sarkar, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 4E10 Fab light chain
H: 4E10 Fab heavy chain
B: 4E10 Fab light chain
A: 4E10 Fab heavy chain
D: 4E10 Fab light chain
C: 4E10 Fab heavy chain
F: 4E10 Fab light chain
E: 4E10 Fab heavy chain
I: 4E10 Fab light chain
G: 4E10 Fab heavy chain
K: 4E10 Fab light chain
J: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,12627
ポリマ－285,45712
非ポリマー1,66915
水8,899494
1
L: 4E10 Fab light chain
H: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9444
ポリマ－47,5762
非ポリマー3682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
2
B: 4E10 Fab light chain
A: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4977
ポリマ－47,5762
非ポリマー9215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
3
D: 4E10 Fab light chain
C: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6714
ポリマ－47,5762
非ポリマー952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
4
F: 4E10 Fab light chain
E: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6714
ポリマ－47,5762
非ポリマー952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
5
I: 4E10 Fab light chain
G: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6714
ポリマ－47,5762
非ポリマー952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
6
K: 4E10 Fab light chain
J: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6714
ポリマ－47,5762
非ポリマー952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.560, 149.560, 470.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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抗体 , 2種, 12分子 LBDFIKHACEGJ

#1: 抗体
4E10 Fab light chain


分子量: 23395.850 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
4E10 Fab heavy chain


分子量: 24180.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 509分子

#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-44E / (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジン酸


分子量: 368.360 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H29O8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細SIX UNKNOWN LIGANDS (UNL) HAVE BEEN MODELED. BASED ON ELECTRON DENSITY AND INTERACTION ...SIX UNKNOWN LIGANDS (UNL) HAVE BEEN MODELED. BASED ON ELECTRON DENSITY AND INTERACTION ENVIRONMENTS, THE COMPOUNDS MAY BE FRAGMENTS OF POLYETHYLENE GLYCOL 3350 OR LIPID TAIL FRAGMENTS OF 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE. THE DATA ARE INSUFFICIENT TO DISTINGUISH BETWEEN THE TWO COMPOUNDS AND THE TRUE IDENTITY OF THE LIGAND IS UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Reservoir: 0.2 M potassium formate, 35% PEG 3350 / PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月24日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111), non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→39.241 Å / Num. obs: 81191 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.73→2.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FX7

2fx7


解像度: 2.73→39.241 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 4057 5 %Random selection
Rwork0.2022 ---
obs0.2044 81170 97.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→39.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19437 0 180 494 20111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82327613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0047221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.76610.38911360.30532593X-RAY DIFFRACTION96
2.7661-2.79980.31591380.28852624X-RAY DIFFRACTION99
2.7998-2.83530.37271400.28362660X-RAY DIFFRACTION100
2.8353-2.87260.38981420.27972684X-RAY DIFFRACTION100
2.8726-2.91190.33171390.26892633X-RAY DIFFRACTION99
2.9119-2.95350.31861390.2652643X-RAY DIFFRACTION98
2.9535-2.99760.32791380.28012628X-RAY DIFFRACTION98
2.9976-3.04440.32311370.26412616X-RAY DIFFRACTION97
3.0444-3.09430.28431390.24962614X-RAY DIFFRACTION99
3.0943-3.14760.29431380.23712644X-RAY DIFFRACTION99
3.1476-3.20480.24911410.23552658X-RAY DIFFRACTION99
3.2048-3.26640.32151390.23172660X-RAY DIFFRACTION99
3.2664-3.33310.32641400.23122659X-RAY DIFFRACTION99
3.3331-3.40550.25291400.21872674X-RAY DIFFRACTION99
3.4055-3.48470.26731380.21212614X-RAY DIFFRACTION98
3.4847-3.57180.25151400.20642662X-RAY DIFFRACTION98
3.5718-3.66830.29951380.21072593X-RAY DIFFRACTION96
3.6683-3.77610.27281350.21282591X-RAY DIFFRACTION96
3.7761-3.89790.23151390.19492635X-RAY DIFFRACTION97
3.8979-4.03710.23231420.18842684X-RAY DIFFRACTION98
4.0371-4.19850.21041390.17162652X-RAY DIFFRACTION98
4.1985-4.38940.18461420.15382692X-RAY DIFFRACTION98
4.3894-4.62050.17881410.15252683X-RAY DIFFRACTION98
4.6205-4.90940.18661370.15392619X-RAY DIFFRACTION95
4.9094-5.28770.21161430.15732698X-RAY DIFFRACTION97
5.2877-5.81830.20111410.17072698X-RAY DIFFRACTION97
5.8183-6.65660.21861450.17742726X-RAY DIFFRACTION97
6.6566-8.37320.21331430.19222731X-RAY DIFFRACTION95
8.3732-39.24510.20791480.19532845X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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