PDB-4uab: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uab

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Chromohalobacter salexigens DSM 3043 (Csal_0678), Target EFI-501078, with bound ethanolamine

要素

Twin-arginine translocation pathway signal

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年9月3日	ID: 4N5W
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Other
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uab.cif.gz	386.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uab.ent.gz	321.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4uab_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uab_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	4uab_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	4uab_validation.cif.gz	44.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uab	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xf5-d 3moh-1 2hzl-d 4d97-2 4d8w-1 2hzk-2 6i6x-2 4d96-2 3n3m-d 3w82-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510078

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Twin-arginine translocation pathway signal

B: Twin-arginine translocation pathway signal

ヘテロ分子

80.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.606, 51.117, 112.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.270, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-534- HOH

#1: タンパク質	Twin-arginine translocation pathway signal 分子量: 40115.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 株: DSM 3043 / 遺伝子: Csal_0678 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1QZR9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein (29.1 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.1 M Magnesium Chloride 0.1 M MES pH 6.5 30 %(w/v) PEG 400); Cryoprotection (Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→100.485 Å / Num. all: 119470 / Num. obs: 119470 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.64 Å² / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.093 / R_sym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 7.546 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 748645

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.4-1.48	5.2	0.712	1.1	87367	16689	0.353	0.712	2	93.4
1.48-1.57	5.6	0.449	1.7	90016	15969	0.216	0.449	3.2	95
1.57-1.67	5.9	0.281	2.8	90234	15357	0.135	0.281	5	96.8
1.67-1.81	6.2	0.193	4	90028	14581	0.092	0.193	7.3	98.4
1.81-1.98	6.5	0.123	6.2	87837	13497	0.059	0.123	11.6	99.4
1.98-2.21	6.8	0.083	8.8	83921	12345	0.041	0.083	17.9	99.8
2.21-2.56	7	0.066	10.6	76672	10885	0.033	0.066	23	99.9
2.56-3.13	7.2	0.055	11.9	66340	9196	0.028	0.055	28.9	99.8
3.13-4.43	7.1	0.046	14.6	51256	7174	0.022	0.046	35.7	99.5
4.43-60.89	6.6	0.04	16.3	24974	3777	0.023	0.04	34.4	94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→31.284 Å / FOM work R set: 0.8665 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	6006	5.03 %
R_work	0.1823	113444	-
obs	0.1835	119450	97.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.82 Å² / B_iso mean: 21.47 Å² / B_iso min: 6.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→31.284 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5101	0	20	572	5693
B_iso mean	-	-	14.37	29.03	-
残基数	-	-	-	-	629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5292
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.225	7196
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	935
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.952	1890

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.3103	196	0.2967	3546	3742	92
1.4159-1.4326	0.3093	172	0.2809	3588	3760	93
1.4326-1.45	0.284	212	0.2672	3639	3851	94
1.45-1.4684	0.2703	192	0.2514	3631	3823	94
1.4684-1.4877	0.265	205	0.2412	3656	3861	95
1.4877-1.5081	0.2659	182	0.2293	3637	3819	94
1.5081-1.5296	0.241	211	0.2203	3656	3867	96
1.5296-1.5525	0.2533	202	0.2149	3680	3882	95
1.5525-1.5767	0.2491	203	0.2052	3707	3910	96
1.5767-1.6026	0.2298	175	0.1949	3715	3890	96
1.6026-1.6302	0.2028	179	0.1886	3798	3977	97
1.6302-1.6599	0.2049	203	0.1817	3757	3960	97
1.6599-1.6918	0.2184	188	0.1824	3755	3943	98
1.6918-1.7263	0.2047	218	0.1849	3777	3995	98
1.7263-1.7638	0.2031	215	0.1862	3815	4030	98
1.7638-1.8049	0.2207	203	0.1815	3815	4018	99
1.8049-1.85	0.218	216	0.1803	3844	4060	99
1.85-1.9	0.2196	217	0.1762	3848	4065	99
1.9-1.9559	0.2179	179	0.1746	3872	4051	100
1.9559-2.019	0.1913	195	0.1761	3858	4053	100
2.019-2.0912	0.2094	192	0.1754	3873	4065	100
2.0912-2.1749	0.2008	227	0.1726	3862	4089	100
2.1749-2.2739	0.2048	203	0.1705	3888	4091	100
2.2739-2.3937	0.1932	193	0.1676	3909	4102	100
2.3937-2.5436	0.1907	205	0.1601	3904	4109	100
2.5436-2.7399	0.1969	201	0.1707	3897	4098	100
2.7399-3.0154	0.2004	194	0.1735	3915	4109	100
3.0154-3.4513	0.1805	197	0.1761	3913	4110	100
3.4513-4.3464	0.1818	236	0.1702	3884	4120	99
4.3464-31.2915	0.207	195	0.1883	3805	4000	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.298	0.0473	0.5599	0.5845	-0.8181	1.4175	0.0065	-0.3468	0.4075	0.1363	0.0766	-0.0348	-0.542	0.0986	-0.0085	0.2631	-0.1197	0.0482	0.2059	-0.0941	0.2483	10.9384	13.0652	32.9109
2	2.9569	-0.2124	-0.6157	1.3729	-0.3542	2.1775	0.0986	-0.4137	0.2748	0.287	0.222	-0.1145	-0.5067	0.3416	-0.1705	0.3199	-0.0505	0.0775	0.1609	-0.1026	0.267	4.067	15.5942	39.1537
3	0.5991	-0.15	-0.0026	0.848	0.0772	1.0758	0.0501	-0.1659	0.1677	0.1355	0.1235	-0.1885	-0.0799	0.5811	-0.1207	0.1324	-0.0484	-0.0038	0.2783	-0.0838	0.1835	16.4306	-0.2679	30.9338
4	1.198	0.2589	0.0981	0.9426	0.0308	0.7655	0.0039	-0.039	-0.0167	0.0077	-0.0112	-0.105	0.1024	0.5702	0.0242	0.0766	-0.0051	0.0028	0.2255	-0.0387	0.1355	14.7027	-2.4837	25.2806
5	0.6937	-0.4111	-1.1192	1.4446	-0.4078	3.2307	0.1653	0.1638	-0.1208	-0.2276	-0.0982	-0.1531	0.2227	0.7936	0.0924	0.1197	-0.0263	0.0292	0.4821	-0.0835	0.1617	23.8449	-3.267	12.1109
6	1.2433	0.2591	-0.2956	0.0998	0.0148	0.6318	0.1099	0.2647	0.1679	-0.1538	-0.0114	-0.018	-0.5366	0.5698	-0.0299	0.1824	-0.196	0.0532	0.3665	-0.0133	0.1672	17.2152	9.0338	12.4529
7	0.8082	0.1662	0.5247	1.0852	0.2092	1.3657	0.0507	-0.2288	0.0613	0.2312	0.0788	-0.1597	-0.043	0.4559	-0.0725	0.1246	-0.0551	-0.0203	0.278	-0.0663	0.1209	12.5407	1.5335	35.0922
8	1.7533	0.3083	-0.037	0.6548	0.7863	4.723	0.007	-0.1151	0.0975	0.0478	0.0462	0.0047	-0.188	0.1296	-0.0475	0.111	-0.0237	0.0089	0.0694	-0.007	0.1349	1.0723	3.9512	28.1999
9	1.1467	-0.204	0.7159	0.8382	-1.1968	2.6714	0.1149	0.3049	-0.2075	-0.2988	0.0066	0.0312	0.4447	0.4343	-0.1321	0.1802	0.0385	-0.0081	0.2773	-0.0614	0.1692	16.7434	-10.1316	11.7449
10	5.4033	0.771	2.3372	1.1506	0.4889	2.398	0.0538	0.1132	-0.4811	-0.0396	0.0689	-0.0311	0.3103	0.2255	-0.1488	0.181	0.047	-0.004	0.1266	-0.0236	0.2005	8.459	-18.0013	24.1676
11	2.1137	-0.8548	-0.7237	2.8424	1.1712	1.2995	0.0315	-0.2536	0.1055	0.1732	0.043	-0.1472	0.0393	-0.2283	-0.0579	0.121	-0.0048	0.0027	0.2205	0.0423	0.1029	-16.9103	-3.5527	41.5314
12	3.4719	1.2219	0.5328	1.8877	0.5257	1.8833	0.0915	-0.4457	0.1268	0.2282	-0.0399	0.0503	-0.122	-0.2769	-0.0479	0.1649	0.0171	0.0113	0.2174	0.0129	0.0881	-14.618	0.7752	46.0062
13	0.9297	-0.3271	0.3229	0.6796	0.3102	1.4054	-0.0381	-0.1508	0.0833	0.0428	0.0204	0.1084	-0.0617	-0.4564	0.0348	0.1075	0.0006	-0.0006	0.2378	0.0391	0.1421	-23.5262	-1.4918	28.4755
14	1.3842	-0.1715	0.0384	0.6121	0.0877	1.5851	0.0091	0.0308	0.0546	-0.012	0.0402	0.028	0.0169	-0.198	-0.0405	0.0719	-0.0178	0.0037	0.0843	0.0289	0.0805	-16.0096	-3.0224	23.6484
15	2.7962	-0.9981	0.4064	3.1579	-0.3442	1.1538	0.3763	0.4521	-0.3982	-0.6586	-0.0243	0.3362	0.6209	-0.5362	-0.071	0.1813	-0.2662	-0.0288	0.311	0.0784	0.1486	-25.8589	-19.0203	19.145
16	0.615	0.8597	1.2178	1.9733	2.4829	3.2162	0.1329	0.0506	-0.1833	0.5443	0.0038	0.0936	0.9743	-0.7452	0.0609	0.3088	-0.2009	0.0058	0.3828	0.0958	0.2226	-25.5124	-20.1188	33.1848
17	1.3071	-0.109	0.1482	1.4138	0.164	1.6249	0.0997	-0.0994	-0.1214	0.1473	-0.0511	0.0417	0.2407	-0.3626	-0.0159	0.1216	-0.082	-0.0143	0.135	0.075	0.1079	-17.2901	-10.7757	31.0552
18	1.6401	-0.2979	-0.1805	2.8152	1.0345	2.0799	0.0328	-0.1085	0.005	0.031	0.0717	-0.0127	0.0266	-0.0127	-0.0738	0.0756	-0.0086	0.0012	0.0572	0.0243	0.0841	-5.7327	-3.9539	33.0668
19	2.2459	-0.9096	0.3642	1.7074	-0.4435	1.2271	0.2155	0.4391	-0.2006	-0.2207	-0.2184	-0.04	0.3982	-0.1725	-0.0311	0.1911	-0.0872	-0.0271	0.2346	0.016	0.1557	-17.9483	-16.9083	13.3563
20	7.2108	-1.706	-0.7472	0.9233	0.3177	2.2847	0.0311	0.245	0.1657	-0.053	0.0893	0.0018	-0.0237	-0.0794	-0.1257	0.1189	-0.028	-0.0124	0.1427	0.0388	0.1152	-11.0451	-1.6256	10.4001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 51 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 71 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 132 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 133 through 167 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 168 through 189 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 190 through 234 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 235 through 257 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 258 through 289 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 290 through 321 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 322 through 347 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 34 through 51 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 52 through 78 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 79 through 120 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 121 through 167 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 168 through 189 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 190 through 206 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 207 through 257 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 258 through 289 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 290 through 320 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 321 through 347 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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