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- PDB-4qth: Crystal structure of anti-uPAR Fab 8B12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qth
タイトルCrystal structure of anti-uPAR Fab 8B12
要素
  • anti-uPAR antibody, heavy chain
  • anti-uPAR antibody, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Zhao, B. / Yuan, C. / Luo, Z. / Huang, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Stabilizing a flexible interdomain hinge region harboring the SMB binding site drives uPAR into its closed conformation.
著者: Zhao, B. / Gandhi, S. / Yuan, C. / Luo, Z. / Li, R. / Gardsvoll, H. / de Lorenzi, V. / Sidenius, N. / Huang, M. / Ploug, M.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-uPAR antibody, heavy chain
L: anti-uPAR antibody, light chain
A: anti-uPAR antibody, heavy chain
B: anti-uPAR antibody, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3524
ポリマ－95,3524
非ポリマー00
水4,197233
1
H: anti-uPAR antibody, heavy chain
L: anti-uPAR antibody, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6762
ポリマ－47,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
A: anti-uPAR antibody, heavy chain
B: anti-uPAR antibody, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6762
ポリマ－47,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.080, 72.920, 85.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 anti-uPAR antibody, heavy chain


分子量: 24032.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 anti-uPAR antibody, light chain


分子量: 23642.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→41.31 Å / Num. obs: 50246 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 %
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 7.5 % / Num. unique all: 3707 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→41.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.879 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27326 2547 5.1 %RANDOM
Rwork0.22877 ---
obs0.23102 47682 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0 Å21.12 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6600 0 0 233 6833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.959212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0635859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61824.286266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.886151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.311529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215077
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 200 -
Rwork0.305 3381 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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