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- PDB-4qti: Crystal structure of human uPAR in complex with anti-uPAR Fab 8B12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qti
タイトルCrystal structure of human uPAR in complex with anti-uPAR Fab 8B12
要素
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • anti-uPAR antibody, heavy chain
  • anti-uPAR antibody, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / allosteric regulation / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of proteolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / cell projection / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Immunoglobulins ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, B. / Yuan, C. / Luo, Z. / Huang, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Stabilizing a flexible interdomain hinge region harboring the SMB binding site drives uPAR into its closed conformation.
著者: Zhao, B. / Gandhi, S. / Yuan, C. / Luo, Z. / Li, R. / Gardsvoll, H. / de Lorenzi, V. / Sidenius, N. / Huang, M. / Ploug, M.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-uPAR antibody, heavy chain
L: anti-uPAR antibody, light chain
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1773
ポリマ－79,1773
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.554, 95.403, 189.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 anti-uPAR antibody, heavy chain


分子量: 24032.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 anti-uPAR antibody, light chain


分子量: 23642.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / U-PAR / uPAR / Monocyte activation antigen Mo3


分子量: 31501.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAUR, MO3, UPAR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q03405
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 48% MPD, 100mM Tris, 100mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→94.77 Å / Num. obs: 16359 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.9 %
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.8 % / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FD6

2fd6


解像度: 3→94.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 66.07 / SU ML: 0.518 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29625 823 5 %RANDOM
Rwork0.24961 ---
obs0.25196 15488 94.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 118.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2---3.93 Å2-0 Å2
3---3.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→94.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5290 0 0 0 5290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.9487353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.701311304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43624.292233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88915899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2391531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8857.3482754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8847.3482753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25211.0163432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.25211.0163433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.577.5052661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5677.5052659
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.71411.193921
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.48457.2185738
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.48457.2215739
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 58 -
Rwork0.366 1111 -
obs--93.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.366-0.59896.61350.0932-0.74958.2772-0.46841.33640.73360.0394-0.2118-0.0448-0.44911.74230.68020.5045-0.09520.00460.5292-0.0860.7518-9.242721.1868-38.0014
221.93647.79999.95752.81043.59034.6543-0.17980.1914-0.2007-0.17940.11320.0152-0.32140.02540.06660.5934-0.0154-0.17330.2825-0.00190.4009-30.546124.2251-47.0688
326.7339-4.1406-1.00350.73110.43080.90350.30160.81140.6153-0.0332-0.1328-0.12270.106-0.0598-0.16870.5522-0.075-0.02560.03930.0040.3262-20.792817.9772-46.2186
42.4572-2.5898-1.80638.83432.46561.5408-0.0032-0.8028-0.4036-1.1736-0.02710.7976-0.08420.49140.03030.51460.037-0.11960.41830.10680.534-16.434212.8607-37.1836
55.6641-3.6314-1.322315.885514.018213.16710.68770.2098-0.584-1.461-1.05150.7901-1.0517-1.02780.36380.43530.0497-0.27120.29150.27740.5985-30.036817.553-31.8605
614.3994-2.65167.5772.31832.380411.85340.0418-0.1682-0.3387-0.06180.0050.18120.0354-0.0887-0.04680.4702-0.0026-0.15180.1111-0.0180.3102-18.07734.5888-40.8575
77.45075.77898.59018.89785.158310.4310.2538-0.55770.0761-0.1907-0.00781.18560.4866-0.8197-0.2460.5218-0.0995-0.06890.42370.09230.7385-33.29368.2667-37.7809
824.8956-4.1515-12.05966.68860.45866.25350.2877-0.4660.8022-0.19050.22070.3906-0.14760.178-0.50840.4265-0.0825-0.12790.09570.00990.11-18.992611.7816-45.9045
97.5313-4.17113.16825.8671-1.49273.5683-0.37810.00280.0240.10290.28320.3244-0.21630.05120.09490.3345-0.1020.04510.05610.02340.0751-22.920114.9135-36.3456
105.9307-5.23461.92235.7531-1.99281.88370.2526-0.4018-0.4776-0.76730.1740.57680.3106-0.5129-0.42650.4895-0.0562-0.03820.24830.05920.1276-26.329624.6614-39.2673
117.04532.4633-3.847214.992324.648849.9601-0.1703-0.2604-0.1002-0.5317-0.56670.403-0.7782-0.7520.7370.56850.0725-0.08770.25840.07210.3825-42.992751.5949-35.9876
1217.9255-9.9711-11.130111.0151.654810.6760.0945-1.44530.95330.37820.5511-0.4827-0.41971.0809-0.64560.4976-0.00260.03310.46180.00610.3903-37.837458.695-19.1465
1315.9925-3.7556.61583.4535-5.56038.98880.9307-0.1299-0.2796-0.3351-0.10570.51280.60690.0987-0.8250.4145-0.19810.06790.43370.12010.3782-40.740847.6681-35.0566
145.192-5.249-1.11839.4407-2.32673.1441-0.06350.4612-1.00140.3088-0.67020.3992-0.09570.0590.73370.6663-0.1303-0.02820.1496-0.00340.3296-33.786539.3313-41.227
153.06330.8765-2.361212.9082-8.05988.8779-0.0427-0.1504-0.1618-0.06610.3020.1021-0.18870.7898-0.25930.3448-0.02190.01560.3275-0.02320.2189-30.147550.1469-30.6948
1610.72460.6178.26580.631-0.40997.7031-0.35760.00310.06250.12570.57570.21-0.4181-0.8908-0.21810.62880.0096-0.00570.6530.05570.4431-41.098936.0339-37.9904
171.80510.58950.531919.66610.59445.74620.366-0.7990.4322-0.1587-0.46960.0027-0.0639-0.32550.10360.5807-0.04190.12840.444-0.06450.3303-34.595555.9014-25.773
181.231-1.10611.64161.029-1.50242.2146-0.20330.05730.24170.2147-0.0145-0.0871-0.33350.07080.21790.5671-0.03180.03910.30990.06820.5595-35.548162.2746-31.631
198.05046.86944.221113.50240.31723.6521-0.10350.28230.1366-0.4018-0.0881-0.0572-0.02560.33570.19160.6003-0.0111-0.09170.30770.11690.1928-31.319545.6443-45.1814
208.7345-6.9012-4.13467.08564.73153.3060.53150.06310.5994-0.1005-0.5155-0.0821-0.0123-0.5543-0.01590.55290.0511-0.00780.45870.15040.472-41.426957.9211-37.0243
210.44724.07340.739747.053810.33962.56330.13090.1104-0.01590.1238-0.8361.749-0.0726-0.52850.70510.41750.1274-0.06670.659-0.18290.6378-30.021513.2478-18.4898
2216.2782-7.50481.97045.45482.88347.4757-0.4288-0.76790.17970.41330.25710.01850.3461-0.19690.17160.59750.11080.14890.3968-0.00470.1774-22.76232.1357-9.2815
2315.340216.03448.015825.43389.691412.08180.36090.3239-0.48370.70970.4316-0.50360.44260.4621-0.79250.27360.14610.15260.290.11930.2035-23.735418.9808-10.3061
2411.9597-2.64015.35920.6012-1.16352.49750.05480.0834-0.54060.02380.05510.16710.14490.0568-0.10990.36730.02810.19690.34840.11860.2374-22.47538.0027-18.316
255.2296-6.51731.62338.5569-3.35774.6396-0.0294-0.26830.32570.12560.1652-0.334-0.19460.4079-0.13580.2404-0.04450.01550.18760.03040.0853-16.59520.9896-23.3457
267.07641.4757-3.99152.5745-3.57045.566-0.80040.099-0.4465-0.09860.3194-0.28550.3587-0.37430.4810.37650.00060.1780.40670.07230.1883-12.958318.3896-14.2128
272.1737-2.73980.54433.7147-1.31882.4713-0.2867-0.4392-0.10210.63330.4510.2219-0.26350.2981-0.16420.5460.03420.15650.37130.14160.1479-20.339319.7338-17.878
288.5191-6.5955-7.68725.40066.25458.1640.48980.0729-0.4795-0.7261-0.67890.4544-1.3979-0.70640.18910.7560.5585-0.00921.1296-0.05520.2378-26.864328.0433-16.8377
293.8485-2.3639-0.81623.1790.42180.1858-0.2021-0.0664-0.0927-0.08410.22910.96330.0642-0.0648-0.0270.60710.02910.05970.60550.14910.5259-44.405149.2658-25.9905
301.45031.63811.04792.14951.42980.97470.18850.1415-0.453-0.05980.0471-0.3175-0.1286-0.0533-0.23550.50930.1104-0.0320.57290.13740.578-48.114346.8799-33.6913
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560.10460.8895-0.84347.5974-7.19286.822-0.0945-0.0056-0.0046-0.94130.0233-0.05220.8118-0.06920.07120.8297-0.03290.02650.8689-0.02010.8371-5.0763-33.4702-8.2076
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587.7978-3.1802-7.94614.29067.710732.1607-0.3916-0.4280.76791.05460.3739-0.80420.4130.74410.01770.86530.1199-0.20250.8724-0.070.8526-8.9631-19.2998-3.6516
592.70712.38120.372510.76528.60538.24870.16760.6167-0.43430.35520.0374-0.31280.5611-0.4863-0.2050.58990.0755-0.06260.53390.04150.4905-7.3249-22.5691.2487
602.59475.42910.284219.8039-1.56250.58560.3202-0.24810.29311.3262-0.47680.2104-0.1298-0.03730.15660.43160.0719-0.17010.41040.05090.34381.9315-20.755213.8267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2H6 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3H17 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4H25 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5H40 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6H50 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7H60 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8H68 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9H82 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10H107 - 128
11X-RAY DIFFRACTION11H129 - 135
12X-RAY DIFFRACTION12H141 - 146
13X-RAY DIFFRACTION13H147 - 152
14X-RAY DIFFRACTION14H153 - 161
15X-RAY DIFFRACTION15H162 - 176
16X-RAY DIFFRACTION16H177 - 186
17X-RAY DIFFRACTION17H187 - 195
18X-RAY DIFFRACTION18H196 - 204
19X-RAY DIFFRACTION19H205 - 214
20X-RAY DIFFRACTION20H215 - 223
21X-RAY DIFFRACTION21L1 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22L11 - 17
23X-RAY DIFFRACTION23L18 - 24
24X-RAY DIFFRACTION24L25 - 35
25X-RAY DIFFRACTION25L36 - 53
26X-RAY DIFFRACTION26L54 - 69
27X-RAY DIFFRACTION27L70 - 96
28X-RAY DIFFRACTION28L97 - 108
29X-RAY DIFFRACTION29L109 - 125
30X-RAY DIFFRACTION30L126 - 135
31X-RAY DIFFRACTION31L136 - 144
32X-RAY DIFFRACTION32L145 - 152
33X-RAY DIFFRACTION33L153 - 159
34X-RAY DIFFRACTION34L160 - 164
35X-RAY DIFFRACTION35L165 - 174
36X-RAY DIFFRACTION36L175 - 186
37X-RAY DIFFRACTION37L187 - 192
38X-RAY DIFFRACTION38L193 - 198
39X-RAY DIFFRACTION39L199 - 207
40X-RAY DIFFRACTION40L208 - 212
41X-RAY DIFFRACTION41U1 - 5
42X-RAY DIFFRACTION42U6 - 23
43X-RAY DIFFRACTION43U24 - 31
44X-RAY DIFFRACTION44U32 - 36
45X-RAY DIFFRACTION45U37 - 47
46X-RAY DIFFRACTION46U48 - 53
47X-RAY DIFFRACTION47U54 - 69
48X-RAY DIFFRACTION48U70 - 79
49X-RAY DIFFRACTION49U80 - 99
50X-RAY DIFFRACTION50U100 - 105
51X-RAY DIFFRACTION51U106 - 124
52X-RAY DIFFRACTION52U125 - 164
53X-RAY DIFFRACTION53U165 - 181
54X-RAY DIFFRACTION54U182 - 199
55X-RAY DIFFRACTION55U200 - 228
56X-RAY DIFFRACTION56U229 - 234
57X-RAY DIFFRACTION57U235 - 248
58X-RAY DIFFRACTION58U249 - 255
59X-RAY DIFFRACTION59U256 - 267
60X-RAY DIFFRACTION60U268 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る