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- PDB-3t2n: Human hepsin protease in complex with the Fab fragment of an inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t2n
タイトルHuman hepsin protease in complex with the Fab fragment of an inhibitory antibody
要素
  • Antibody, Fab fragment, Heavy Chain
  • Antibody, Fab fragment, Light Chain
  • Serine protease hepsin
キーワードHYDROLASE / Type II transmembrane serine protease / SRCR domain / Substrates include pro-hepsin / pro-HGF / Laminin-332 / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


hepsin / pilomotor reflex / positive regulation of thyroid hormone generation / Signaling by MST1 / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / response to thyroid hormone / cochlea morphogenesis / MET Receptor Activation ...hepsin / pilomotor reflex / positive regulation of thyroid hormone generation / Signaling by MST1 / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / response to thyroid hormone / cochlea morphogenesis / MET Receptor Activation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of hepatocyte proliferation / host-mediated activation of viral transcription / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / potassium ion transmembrane transport / serine-type peptidase activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / peptidase activity / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease hepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Koschubs, T. / Dengl, S. / Duerr, H. / Kaluza, K. / Georges, G. / Hartl, C. / Jennewein, S. / Lanzendoerfer, M. / Auer, J. / Stern, A. ...Koschubs, T. / Dengl, S. / Duerr, H. / Kaluza, K. / Georges, G. / Hartl, C. / Jennewein, S. / Lanzendoerfer, M. / Auer, J. / Stern, A. / Huang, K.-S. / Kostrewa, D. / Ries, S. / Hansen, S. / Kohnert, U. / Cramer, P. / Mundigl, O.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Allosteric antibody inhibition of human hepsin protease.
著者: Koschubs, T. / Dengl, S. / Durr, H. / Kaluza, K. / Georges, G. / Hartl, C. / Jennewein, S. / Lanzendorfer, M. / Auer, J. / Stern, A. / Huang, K.S. / Packman, K. / Gubler, U. / Kostrewa, D. / ...著者: Koschubs, T. / Dengl, S. / Durr, H. / Kaluza, K. / Georges, G. / Hartl, C. / Jennewein, S. / Lanzendorfer, M. / Auer, J. / Stern, A. / Huang, K.S. / Packman, K. / Gubler, U. / Kostrewa, D. / Ries, S. / Hansen, S. / Kohnert, U. / Cramer, P. / Mundigl, O.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Other
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease hepsin
B: Serine protease hepsin
H: Antibody, Fab fragment, Heavy Chain
I: Antibody, Fab fragment, Heavy Chain
L: Antibody, Fab fragment, Light Chain
M: Antibody, Fab fragment, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,6826
ポリマ－174,6826
非ポリマー00
水5,675315
1
A: Serine protease hepsin
H: Antibody, Fab fragment, Heavy Chain
L: Antibody, Fab fragment, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3413
ポリマ－87,3413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
2
B: Serine protease hepsin
I: Antibody, Fab fragment, Heavy Chain
M: Antibody, Fab fragment, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3413
ポリマ－87,3413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.980, 66.580, 108.330
Angle α, β, γ (deg.)88.71, 94.30, 104.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serine protease hepsin / Transmembrane protease serine 1 / Serine protease hepsin non-catalytic chain / Serine protease ...Transmembrane protease serine 1 / Serine protease hepsin non-catalytic chain / Serine protease hepsin catalytic chain


分子量: 40491.793 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain (UNP residues 46-417) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPN, TMPRSS1 / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05981, hepsin
#2: 抗体 Antibody, Fab fragment, Heavy Chain


分子量: 23967.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody, Fab fragment, Light Chain


分子量: 22881.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 18% PEG 3350, 0.15 M MgSO4 and 0.01 M barium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9188 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月22日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→47.33 Å / Num. obs: 54655 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 59.85 Å2 / Net I/σ(I): 7.96
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8657 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8363 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.767 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.67 / SU Rfree Blow DPI: 0.314 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.326
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2752 2772 5.07 %RANDOM
Rwork0.2425 ---
obs0.2442 54655 98.67 %-
原子変位パラメータBiso max: 138 Å2 / Biso mean: 47.6298 Å2 / Biso min: 12.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1847 Å23.8432 Å23.0041 Å2
2---8.2036 Å2-1.5295 Å2
3----3.9811 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.479 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11434 0 0 315 11749
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5193SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes232HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1725HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11739HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1526SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13093SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11739HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16007HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.02
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3126 211 5.19 %
Rwork0.2705 3851 -
all0.2726 4062 -
obs--98.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24210.3169-0.65081.4582-0.55751.8896-0.06350.1489-0.05690.0506-0.0518-0.03130.03450.3520.1154-0.1132-0.02050.0776-0.0299-0.0287-0.218446.4924-36.9479-7.5503
21.3891-0.5504-0.36661.06640.30221.3322-0.2023-0.10360.0109-0.09050.07610.04870.032-0.33130.1263-0.1372-0.00750.09660.031-0.08-0.203616.9024-36.074817.9916
32.1839-0.21160.8070.6383-0.39581.35150.13110.027-0.13350.0498-0.0339-0.05910.0319-0.1297-0.0972-0.1278-0.04680.08180.0864-0.066-0.24373.4298-16.3837-38.3121
42.1410.05430.22030.2917-0.12330.95060.0806-0.0009-0.07620.0756-0.02760.1365-0.0358-0.0007-0.053-0.13410.05370.0690.0837-0.0419-0.216460.4595-15.542148.328
52.8583-0.38480.37580.3383-0.14610.48010.0556-0.06040.35480.1086-0.0877-0.00610.0349-0.05550.0321-0.0797-0.07770.08360.0617-0.0505-0.15145.9257-3.5204-25.2884
63.85830.635-0.14010.39710.25660.57880.06370.16890.3036-0.0151-0.0652-0.0069-0.048-0.01050.0014-0.11730.1210.05380.07480.0301-0.178757.5915-2.678435.6988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A48 - 472
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B48 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|* }H1 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4{ I|* }I1 - 308
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|* }L1 - 302
6X-RAY DIFFRACTION6{ M|* }M1 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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