[日本語] English
万見
- PDB-5xnx: Crystallographic structure of the enzymatically active N-terminal... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnx
タイトルCrystallographic structure of the enzymatically active N-terminal domain of the Rel protein from Mycobacterium tuberculosis
要素Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
キーワードHYDROLASE / TRANSFERASE / RelA / Mycobacterium tuberculosis / HD DOMAIN / HELIX BUNDLE / Synthetase domain / (p)ppGpp / Stringent response
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / stringent response / peptidoglycan-based cell wall / kinase activity / manganese ion binding / GTP binding ...guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / stringent response / peptidoglycan-based cell wall / kinase activity / manganese ion binding / GTP binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ACT domain profile. / ACT domain / HD domain profile. / ACT-like domain / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / HD domain / Beta-grasp domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Singal, B. / Balakrishna, A.M. / Manimekalai, M.S.S. / Nartey, W. / Gruber, G.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Crystallographic and solution structure of the N-terminal domain of the Rel protein from Mycobacterium tuberculosis
著者: Singal, B. / Balakrishna, A.M. / Nartey, W. / Manimekalai, M.S.S. / Jeyakanthan, J. / Gruber, G.
履歴
登録2017年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
B: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
C: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
D: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,6787
ポリマ－178,6054
非ポリマー733
水00
1
A: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
ヘテロ分子

D: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3514
ポリマ－89,3022
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_764-y+2,x-y+1,z-1/31
Buried area2010 Å2
ΔGint-27.7 kcal/mol
Surface area36370 Å2
手法PISA
2
B: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
C: Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3273
ポリマ－89,3022
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-20.6 kcal/mol
Surface area35930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.710, 161.710, 75.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 14 - 344 / Label seq-ID: 14 - 344

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.505483, -0.86281, 0.006756), (-0.862676, -0.505525, -0.015355), (0.016664, 0.001933, -0.999859)160.64583, 280.89453, 22.03163
3given(0.497242, -0.867576, -0.007904), (0.867599, 0.497164, 0.009983), (-0.004731, -0.011821, 0.999919)162.5316, 0.1541, -49.22021
4given(-0.4967, -0.86788, 0.008597), (-0.867917, 0.496638, -0.008486), (0.003095, -0.011677, -0.999927)242.09531, 140.41252, -0.22162

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA


分子量: 44651.188 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-394 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: relA, Rv2583c, MTCY227.18 / プラスミド: pET9D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WHG9, GTP diphosphokinase, guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8M succinic acid, pH 7.0, 0.2M MgCl2, 0.2-0.4M Trimethylamin-N-oxide, 20% w/v Benzamidine hydrochloride hydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.247
11-K, -H, -L20.252
11K, H, -L30.249
11-h,-k,l40.252
反射解像度: 3.7→20 Å / Num. obs: 23372 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.9874 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / CC1/2: 0.962 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vj7

1vj7


解像度: 3.7→10.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.741 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.733 / SU B: 112.217 / SU ML: 0.771 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36765 1104 5 %RANDOM
Rwork0.3502 ---
obs0.35105 21004 94.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 107.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2---12.14 Å2-0 Å2
3---24.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→10.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9446 0 3 0 9449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0199610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.95713083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.954320510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39651258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.67523.281381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.997151472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1621570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2047.5645086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2047.5655085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39111.3526326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.39111.3516327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.067.6464524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.067.6454525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.16711.4586758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.01871.35636865
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.01871.35536866
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3697 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.570.5
Bmedium positional0.660.5
Cmedium positional0.590.5
Dmedium positional0.570.5
Amedium thermal5.222
Bmedium thermal6.282
Cmedium thermal9.192
Dmedium thermal2.852
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.793 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 86 -
Rwork0.348 1624 -
obs--99.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39230.26570.03963.64330.48221.3655-0.10460.1637-0.09930.12110.1558-0.23040.1650.0706-0.05120.257-0.06380.06190.42660.01920.0579142.2875113.3291-4.3515
23.14681.39070.38171.44740.09922.1344-0.1244-0.0083-0.14960.2480.0040.0816-0.09590.02860.12050.2178-0.03420.05070.30990.03160.0467134.4082100.911428.9108
33.78990.94360.30581.7624-0.39951.38670.0769-0.1502-0.0976-0.0554-0.31010.0162-0.0001-0.04850.23330.2254-0.09090.04980.2454-0.04040.074787.924373.245346.6956
43.4254-1.4376-0.32821.76420.27730.87980.10930.2328-0.16810.1377-0.10690.05520.02240.1394-0.00240.2977-0.10510.07490.26820.01540.059673.377373.29663.4291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 374

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る