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Yorodumi- PDB-4r4n: Crystal structure of the anti-hiv-1 antibody 2.2c in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r4n | ||||||
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Title | Crystal structure of the anti-hiv-1 antibody 2.2c in complex with hiv-1 93ug037 gp120 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 attachment glycoprotein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.56 Å | ||||||
Authors | Acharya, P. / Louder, R. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2014 Title: Structural Definition of an Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity Response Implicated in Reduced Risk for HIV-1 Infection. Authors: Acharya, P. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Wu, X. / Yu, L. / Liu, T. / Huang, W. / Huang, C.C. / Kwon, Y.D. / Louder, R.K. / Luongo, T.S. / McLellan, J.S. / Pancera, M. / Yang, Y. / Zhang, B. ...Authors: Acharya, P. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Wu, X. / Yu, L. / Liu, T. / Huang, W. / Huang, C.C. / Kwon, Y.D. / Louder, R.K. / Luongo, T.S. / McLellan, J.S. / Pancera, M. / Yang, Y. / Zhang, B. / Flinko, R. / Foulke, J.S. / Sajadi, M.M. / Kamin-Lewis, R. / Robinson, J.E. / Martin, L. / Kwong, P.D. / Guan, Y. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Pazgier, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r4n.cif.gz | 3.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r4n.ent.gz | 3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r4n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/4r4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/4r4n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 38939.805 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Cell line (production host): 293S / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q0ED04*PLUS #2: Protein/peptide | #3: Antibody | Mass: 22912.578 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #4: Antibody | Mass: 23746.738 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #5: Sugar | ChemComp-NAG / Compound details | THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 14% PEG 3350, 1M sodium formate, 0.1M calcium chloride, and 100 mM sodium acetate pH 4.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 10, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.56→50 Å / Num. all: 102718 / Num. obs: 71903 / % possible obs: 70.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 3.78→4.07 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 52.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.56→49.145 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.97 / Phase error: 44.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.56→49.145 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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