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Yorodumi- PDB-4ydj: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 4... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ydj | ||||||
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Title | Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 44-VRC13.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / HIV-1 | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.308 Å | ||||||
Authors | Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2015 Title: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors. Authors: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...Authors: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Schmidt, S.D. / Tran, L. / Yang, Z. / Druz, A. / Luongo, T.S. / Moquin, S. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Pancera, M. / Kirys, T. / Georgiev, I.S. / Gindin, T. / Peng, H.P. / Yang, A.S. / Mullikin, J.C. / Gray, M.D. / Stamatatos, L. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Cohen, M.S. / Haynes, B.F. / Casazza, J.P. / Connors, M. / Corti, D. / Lanzavecchia, A. / Sattentau, Q.J. / Weiss, R.A. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ydj.cif.gz | 863.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ydj.ent.gz | 734.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ydj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4ydj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4ydj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4rwyC 4rx4C 4ydiC 4ydkC 4ydlC 4ye4C 4yflC 3se9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#2: Antibody | Mass: 25534.984 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 22175.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Protein / Sugars , 2 types, 24 molecules GI
#1: Protein | Mass: 39211.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 43-122, 201-303, 325-486 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: 93TH057 / Gene: env / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293 GNTI- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q0ED31 #4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 6 types, 387 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-BU3 / ( #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 9.5% PEG 8000, 15% isopropanol, 0.1M imidazole, pH 6.5 PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 81592 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 52.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Χ2: 1.587 / Net I/av σ(I): 13.386 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 410786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SE9 Resolution: 2.308→38.3 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 334.7 Å2 / Biso mean: 98.2266 Å2 / Biso min: 30.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.308→38.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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