PDB-4rwy: Crystal structure of VH1-46 germline-derived CD4-binding site-dir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rwy

タイトル

Crystal structure of VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody 8ANC131 in complex with HIV-1 clade B YU2 gp120

要素

(Antibody 8ANC131 ...) x 2
HIV-1 YU2 gp120

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 attachment protein / Broadly neutralizing antibody 8ANC131 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.128 Å

データ登録者

Acharya, P. / Luongo, T.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2015
タイトル: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors.
著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...

履歴

登録	2014年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rwy.cif.gz	457.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rwy.ent.gz	383 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rwy_validation.pdf.gz	493.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rwy_full_validation.pdf.gz	499.3 KB	表示
XML形式データ	4rwy_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	4rwy_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rx4C 4ydiC 4ydjC 4ydkC 4ydlC 4ye4C 4yflC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f9w-2 4rx4-2 4xnz-2 5cd5-d 5wi9-2 4ydl-2 6p8m-d 4xnz-1 4xny-d 4xvt-d 4xnz-3 5f9w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
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広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 YU2 gp120

H: Antibody 8ANC131 Heavy chain

L: Antibody 8ANC131 Light chain

ヘテロ分子

91.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.250, 67.137, 214.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	Antibody 8ANC131 Heavy chain 分子量: 24302.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody 8ANC131 Light chain 分子量: 23453.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 A

#1: タンパク質

HIV-1 YU2 gp120

分子量: 41695.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: Clade B YU2 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35961*PLUS

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 238分子

#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 6% w/v PEG 3000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl, 4% v/v 2,2,2 Trifluoroethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月6日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 43335 / % possible obs: 72.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 17.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.12-2.16	2.8	0.427	1.74	0.477	1	17.3
2.16-2.2	2.9	0.404	2.19	0.436	1	27.1
2.2-2.24	3.3	0.388	2.09	0.434	1	33.9
2.24-2.28	3.6	0.352	2.53	0.383	1	38.5
2.28-2.33	3.9	0.33	2.9	0.355	1	43
2.33-2.39	4.3	0.315	3.02	0.373	1	48.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1690)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.128→28.837 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2535	2138	4.94 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
all	0.2207	54558	-	-
obs	0.2207	43292	79.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.128→28.837 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6006	0	120	231	6357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745	8534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.584	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.128-2.1773	0.3463	54	0.3071	1056	X-RAY DIFFRACTION	31
2.1773-2.2317	0.3555	68	0.2992	1442	X-RAY DIFFRACTION	42
2.2317-2.2921	0.3408	90	0.2818	1621	X-RAY DIFFRACTION	48
2.2921-2.3595	0.2755	97	0.27	1851	X-RAY DIFFRACTION	54
2.3595-2.4356	0.323	104	0.279	2156	X-RAY DIFFRACTION	63
2.4356-2.5226	0.3484	134	0.2903	2483	X-RAY DIFFRACTION	73
2.5226-2.6235	0.3316	179	0.2852	2860	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6235-2.7428	0.3022	155	0.2747	3165	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7428-2.8873	0.3311	166	0.279	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8873-3.068	0.2831	162	0.2695	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.068-3.3046	0.3072	161	0.2582	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3046-3.6366	0.2959	177	0.2224	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6366-4.1615	0.2473	178	0.1943	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1615-5.2379	0.1785	212	0.1552	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2379-28.8397	0.2078	201	0.1876	3685	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4238	-0.459	-0.2153	3.3661	-0.5982	3.4645	-0.187	0.0056	0.3069	0.09	0.0203	0.1884	-0.671	-0.3925	0.149	0.7732	0.0438	-0.0341	0.3889	-0.0702	0.3394	-12.5268	0.3185	51.2921
2	1.6316	-1.1419	0.468	2.9559	-0.5764	2.478	-0.1209	0.0392	0.1253	0.0935	0.0096	0.1627	-0.2643	-0.3945	0.0882	0.6251	-0.0301	0.0051	0.3922	-0.0537	0.2881	-12.4541	-7.6999	44.053
3	3.7015	-0.885	1.0436	3.5113	0.0856	4.2303	-0.0312	-0.1839	-0.1746	0.2129	-0.0781	0.5718	-0.3483	-0.6683	0.1527	0.3612	-0.0845	0.0604	0.3244	-0.1283	0.3894	-20.4979	-21.9874	44.1967
4	2.2741	-0.3882	0.5321	2.8617	-0.1287	2.4248	0.0004	-0.0016	-0.3941	0.1134	-0.1635	0.4291	0.2682	-0.3419	0.1106	0.5178	-0.0924	0.0593	0.419	-0.1016	0.3854	-16.2742	-25.7478	44.3271
5	-0.0065	-0.0018	-0.002	0.0014	0.0001	0.0048	-0.1483	-0.0715	-0.0626	0.0194	-0.0495	-0.012	0.0851	0.0306	-0	0.556	-0.0209	-0.0102	0.5247	0.0314	0.3645	12.5529	-35.2179	28.7711
6	0.3766	0.1029	0.1252	0.4032	-0.0858	0.7792	-0.1356	0.0236	-0.3175	0.0083	-0.1878	-0.0467	0.0329	0.0686	-0.3372	0.4736	-0.0246	0.0089	0.1185	-0.0567	-0.1559	4.9597	-31.0723	26.5723
7	7.3694	1.1613	-3.1872	7.5022	-1.8361	2.1227	0.3815	1.1346	0.7285	-1.1126	0.3397	-0.097	-0.5426	0.1564	-0.7318	0.5733	-0.0567	0.1032	0.6616	-0.0102	0.413	27.743	-43.2268	-6.5268
8	4.3117	-0.5127	-0.7211	2.9049	-0.6817	4.3641	0.0382	0.0643	0.0211	0.0742	-0.1188	-0.2535	-0.2312	0.6789	0.0977	0.5202	0.0035	0.0042	0.4601	0.0222	0.2938	30.2856	-42.0689	2.7374
9	2.9294	-0.8064	-0.65	2.1626	-0.0794	4.2834	0.0743	0.626	-0.0171	-0.7448	-0.2252	0.1583	-0.4021	-0.752	0.0359	0.9526	0.174	-0.1116	0.5475	-0.0472	0.3402	-1.3041	-20.5064	6.7108
10	2.0111	1.976	0.0653	3.5757	-2.293	5.1406	0.3071	0.0095	0.5101	-0.3637	-0.3073	-0.1555	-1.239	-0.1527	-0.0195	0.8506	0.0345	0.0038	0.354	-0.0225	0.3694	6.9718	-14.5336	15.1932
11	0.9637	-0.1575	-0.6254	0.7542	1.2337	2.2966	0.1144	0.1997	-0.0059	-0.375	-0.1067	0.0135	-0.4786	-0.097	-0.0009	0.6839	0.0648	0.0031	0.4117	0.0321	0.2863	11.356	-34.4813	-0.1259
12	4.8522	-2.8057	0.0643	9.2156	-0.1683	5.4331	0.4216	0.6456	-0.1362	-0.9736	-0.5076	-0.1768	-0.1011	0.3119	0.1353	0.4805	0.0337	0.0616	0.5446	-0.0685	0.2183	15.3251	-46.3456	-14.7319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 258 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 259 through 327 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 328 through 492 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 18 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 125 through 145 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 146 through 216 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 1 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 39 through 61 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 62 through 188 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 189 through 214 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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