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Yorodumi- PDB-4xnz: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4xnz | |||||||||
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| Title | Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC06B in complex with HIV-1 clade A/E strain 93TH057 gp120 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / HIV-1 | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationIgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / host cell endosome membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.389 Å | |||||||||
Authors | Zhou, T. / Srivatsan, S. / Kwong, P.D. | |||||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2015Title: Maturation and Diversity of the VRC01-Antibody Lineage over 15 Years of Chronic HIV-1 Infection. Authors: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / ...Authors: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / Saunders, K.O. / Soto, C. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4xnz.cif.gz | 938.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4xnz.ent.gz | 791.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4xnz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4xnz_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4xnz_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 4xnz_validation.xml.gz | 80.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4xnz_validation.cif.gz | 106.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4s1qC ![]() 4s1rC ![]() 4s1sC ![]() 4xmpC ![]() 4xnyC ![]() 4xvsC ![]() 4xvtC ![]() 4jb9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 39211.434 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Human immunodeficiency virus 1 / Strain: 93TH057 / Gene: env / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293 GNTI- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q0ED31#2: Antibody | Mass: 25268.527 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01857*PLUS#3: Antibody | Mass: 23015.602 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01834*PLUS#4: Polysaccharide | #5: Sugar | ChemComp-NAG / Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.63 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 7% PEG 3350, 2.5% isopropanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.389→50 Å / Num. obs: 35035 / % possible obs: 87.8 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 105.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.598 / Net I/av σ(I): 22.551 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 217360 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4JB9 Resolution: 3.389→39.895 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.68 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 343.54 Å2 / Biso mean: 144.9489 Å2 / Biso min: 59.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.389→39.895 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




Human immunodeficiency virus 1
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation

















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