PDB-4ydj: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ydj

タイトル

Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 44-VRC13.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120

要素

Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01
LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Antibody (抗体) /

HIV-1

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell /

viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.308 Å

データ登録者

Zhou, T. / Moquin, S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors.
著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...

履歴

登録	2015年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月17日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ydj.cif.gz	863.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ydj.ent.gz	734.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ydj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4ydj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4ydj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rwyC 4rx4C 4ydiC 4ydkC 4ydlC 4ye4C 4yflC 3se9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cse-1 4rfn-1 3b9k-2 2v5o-d 6m3c-2 6vy6-d 6q20-d 5t33-d 4qti-d 5ezo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160

H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

I: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160

A: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

B: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

ヘテロ分子

180 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160

H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160

A: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

B: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	293.796, 67.053, 93.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#2: 抗体	HEAVY CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01 分子量: 25534.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	LIGHT CHAIN OF ANTIBODY 44-VRC13.01 分子量: 22175.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 GI

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160

分子量: 39211.434 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-122, 201-303, 325-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31

#4: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 387分子

#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9.5% PEG 8000, 15% isopropanol, 0.1M imidazole, pH 6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 81592 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 52.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.141 / Χ²: 1.587 / Net I/av σ(I): 13.386 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 410786

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	3.2	0.833	3838	0.886	95.2
2.34-2.38	3.7	0.849	3994	0.862	97.6
2.38-2.43	4.2	0.862	3965	0.915	99.1
2.43-2.48	4.6	0.791	4041	0.917	99.7
2.48-2.53	5	0.767	4040	0.943	99.9
2.53-2.59	5.2	0.696	4058	1.008	99.8
2.59-2.66	5.3	0.57	4075	1.059	100
2.66-2.73	5.3	0.493	4026	1.151	99.9
2.73-2.81	5.3	0.42	4069	1.275	99.8
2.81-2.9	5.3	0.335	4089	1.424	99.8
2.9-3	5.3	0.276	4075	1.598	100
3-3.12	5.4	0.243	4050	1.745	99.9
3.12-3.26	5.3	0.205	4086	2.061	99.9
3.26-3.44	5.3	0.183	4098	2.292	99.8
3.44-3.65	5.3	0.16	4113	2.412	100
3.65-3.93	5.3	0.147	4146	2.314	99.9
3.93-4.33	5.4	0.132	4109	2.215	99.8
4.33-4.95	5.4	0.121	4185	2.117	99.6
4.95-6.24	5.5	0.11	4203	1.761	99.5
6.24-50	5.2	0.092	4332	1.649	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1702	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SE9

3se9

解像度: 2.308→38.3 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2495	4075	5 %	Random selection
R_work	0.2233	77390	-	-
obs	0.2246	81465	98.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 334.7 Å² / B_iso mean: 98.2266 Å² / B_iso min: 30.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.308→38.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11354	0	747	375	12476
B_iso mean	-	-	97.94	63.66	-
残基数	-	-	-	-	1476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.731	16328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1897
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.909	4307

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3084-2.3355	0.3643	121	0.3241	2226	2347	84
2.3355-2.364	0.3107	115	0.3129	2548	2663	96
2.364-2.3939	0.3141	134	0.293	2650	2784	98
2.3939-2.4254	0.3249	149	0.2889	2579	2728	99
2.4254-2.4586	0.2884	144	0.2773	2637	2781	99
2.4586-2.4937	0.2646	122	0.2655	2688	2810	100
2.4937-2.531	0.3047	137	0.2791	2653	2790	100
2.531-2.5705	0.2845	156	0.2743	2672	2828	100
2.5705-2.6126	0.2779	153	0.288	2628	2781	100
2.6126-2.6577	0.3133	144	0.2711	2657	2801	100
2.6577-2.706	0.3111	145	0.2675	2670	2815	100
2.706-2.758	0.3175	147	0.2785	2673	2820	100
2.758-2.8143	0.3065	167	0.2632	2648	2815	100
2.8143-2.8755	0.2903	161	0.2682	2642	2803	100
2.8755-2.9423	0.3216	127	0.2533	2677	2804	100
2.9423-3.0159	0.2853	133	0.2515	2700	2833	100
3.0159-3.0974	0.2478	147	0.2473	2648	2795	100
3.0974-3.1885	0.31	131	0.2491	2719	2850	100
3.1885-3.2914	0.303	128	0.2481	2687	2815	100
3.2914-3.4089	0.2631	148	0.2441	2677	2825	100
3.4089-3.5453	0.2512	156	0.2251	2694	2850	100
3.5453-3.7066	0.2344	136	0.214	2709	2845	100
3.7066-3.9018	0.2419	130	0.2187	2723	2853	100
3.9018-4.146	0.2256	153	0.2077	2691	2844	100
4.146-4.4656	0.229	134	0.18	2749	2883	100
4.4656-4.9142	0.1913	128	0.1712	2727	2855	100
4.9142-5.6234	0.1917	149	0.1809	2755	2904	100
5.6234-7.0776	0.2427	133	0.2265	2792	2925	99
7.0776-38.3048	0.2302	147	0.2089	2871	3018	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7277	0.5956	0.7587	8.4794	2.8792	2.9518	-0.1219	-1.3946	0.0174	0.4752	-0.0733	-0.051	-0.5273	-0.1521	0.1541	1.3449	-0.1844	-0.1275	1.6803	0.3488	0.8609	-22.5912	28.3104	-24.1784
2	5.3777	1.0775	-1.217	4.1737	-0.0768	5.825	-0.1096	-1.3819	-1.2363	0.6334	0.1121	-0.1866	0.5109	0.1716	0.0659	0.8373	-0.0178	-0.015	1.3334	0.4896	0.9698	-19.1236	21.4947	-35.7415
3	4.9836	1.5078	0.4953	3.2352	1.2122	4.2962	-0.159	-0.6342	0.1591	0.276	-0.0061	-0.3497	0.3618	0.7381	0.1689	0.3744	0.0803	-0.0923	1.092	0.1881	0.67	-16.2703	33.388	-45.0315
4	0.3233	-1.1652	0.3615	9.3592	2.9548	8.8752	-0.311	-0.2609	0.6688	-0.2037	0.504	-1.8741	-0.7922	1.3311	-0.0005	0.4257	-0.0799	-0.0949	1.0318	0.0828	1.1702	-11.3678	43.8395	-52.0326
5	2.001	5.2363	2.334	8.1905	-2.5293	3.0497	-0.2027	0.8677	-2.0586	-0.6752	1.5635	-1.4667	-0.1079	0.9837	-1.2163	0.9921	0.211	0.2828	1.4406	-0.0348	1.3	-10.9303	27.7802	-63.9656
6	4.7261	-0.3578	-1.6768	4.78	0.2414	3.8337	-0.1821	-0.1291	0.6571	0.1195	-0.2874	-0.0109	-0.3164	0.2049	0.4429	0.4923	0.0262	-0.1378	1.0733	0.142	0.8819	-24.2633	45.0362	-49.622
7	6.1111	-2.1986	-6.4281	0.8029	2.3145	6.7614	-0.0173	2.5734	0.6093	-0.5579	0.2108	-0.5669	-1.3977	-2.0231	-0.0972	1.774	-0.1424	0.1474	1.4648	0.2193	1.1036	-10.6337	44.4442	-62.5885
8	5.7981	-4.8875	-2.2167	4.1728	1.8824	0.8752	-0.8841	0.8948	0.0944	1.0517	-0.0561	-0.0679	0.011	0.2929	0.8255	1.4451	-0.3185	-0.1481	1.6766	0.2721	1.3442	-4.8281	50.8431	-61.0336
9	4.1403	0.6686	-4.2387	6.3936	-1.1518	4.2362	-0.0509	1.0634	0.5557	-0.5278	0.0265	-0.67	-0.2461	-0.138	0.0493	0.6915	0.0572	-0.2859	1.0268	0.1734	1.1702	-23.4512	52.1849	-47.254
10	6.4863	-1.9155	-0.4158	8.6828	4.597	6.5266	0.099	-1.8389	1.1432	0.5687	0.5416	-1.063	-0.168	0.9894	-0.4652	0.5847	-0.0457	-0.028	1.312	-0.1053	0.9187	-16.444	46.1117	-41.4197
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12	4.5296	1.1725	-1.5549	2.7916	-1.2446	3.3904	-0.2036	-1.1428	-0.2954	-0.196	-0.1	-0.1744	1.1374	-0.2281	0.3733	0.6901	-0.0152	-0.0165	1.1159	0.2092	0.8981	-21.9059	26.2021	-42.4188
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18	7.9653	3.7663	1.9184	5.6913	0.7896	4.1241	0.4549	-1.5634	-0.3909	1.5708	-0.4935	-0.3248	-0.2944	-1.3836	-0.0047	1.3123	0.0758	0.0461	1.8593	0.3104	0.9061	-21.6545	-7.5072	20.8946
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20	4.9864	0.4697	1.5117	4.5	-0.4551	4.8818	-0.2682	-0.8613	0.287	0.2129	-0.0622	-1.1917	-0.2348	0.4093	0.37	0.4708	0.0937	-0.1409	1.0359	0.129	0.8925	-16.3666	3.5254	-2.4811
21	3.2801	0.9705	1.7875	4.6855	-0.8154	7.4427	-0.8158	0.644	1.9959	-0.4179	0.0553	-0.5637	-0.5833	-0.2471	0.6904	0.8531	0.0117	-0.3629	0.923	0.0902	1.0707	-16.4703	16.4884	-8.0385
22	0.199	1.12	0.444	9.1055	5.9136	5.2364	-0.0787	-1.6117	0.4008	1.1778	0.25	-1.4955	-0.0262	0.9356	-0.2184	0.7132	0.0236	-0.3025	1.4023	-0.2534	1.0673	-15.5068	12.8807	4.7263
23	6.4891	5.2831	-4.3659	9.0797	-6.9912	5.5906	-0.4062	-0.2289	0.1514	-1.4927	-0.1272	-0.7767	1.0309	0.4989	0.6251	0.6886	0.1278	-0.0729	0.8002	0.1075	0.8393	-22.0609	-0.8032	-16.5335
24	5.5501	-2.4644	-3.8584	3.8778	1.3021	2.7596	1.3703	0.1474	-0.3055	-0.0097	-1.0597	-0.314	0.4903	1.1634	-0.2437	0.6801	0.1685	-0.127	1.5444	0.2672	0.9362	-23.1458	-3.217	4.7066
25	0.5856	-0.5404	0.7006	3.0811	3.6222	8.0366	-0.1149	-1.1494	-0.2203	1.718	0.3256	0.0536	1.2178	-1.2581	-0.2548	1.2417	0.505	0.0993	2.1432	0.8109	1.3114	-19.6116	-17.7599	11.7738
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27	3.9594	2.0062	1.4484	7.3587	1.7631	3.5364	-0.072	0.1396	-0.089	0.112	-0.0994	-0.0489	0.0286	-0.0429	0.1718	0.2796	0.0078	0.0153	0.2068	0.0358	0.2434	-78.1722	18.2029	-43.7473
28	2.5157	-3.0833	1.1782	4.6169	-1.2897	8.1696	0.0576	1.0678	0.657	-0.2406	-0.0745	-0.1948	-0.0122	0.7979	0.0464	0.5932	0.0798	0.0504	0.48	0.1192	0.498	-50.3164	-1.2027	-31.2792
29	4.646	2.7275	0.6597	6.7355	1.1084	3.7454	0.0932	-0.3803	-0.5712	0.8195	-0.1013	-0.5111	0.5951	0.4467	-0.0138	0.7346	0.1051	-0.0506	0.4889	0.1197	0.4527	-47.8258	-3.7546	-20.6742
30	2.4599	-1.1475	2.0842	2.5978	-1.5206	4.3841	0.0818	-0.0731	-0.0936	0.1825	-0.0482	0.0013	0.2539	0.1598	-0.0404	0.4239	-0.0221	0.0519	0.2402	-0.0545	0.3406	-60.7928	4.3797	-33.9367
31	1.8548	1.7514	-2.2528	8.4358	-5.836	9.5526	0.2	0.0001	0.0555	0.341	-0.2832	-0.2074	-0.3748	0.2195	0.1004	0.326	-0.0253	-0.1038	0.3175	0.0062	0.3715	-64.1374	8.2602	-44.4829
32	6.2917	1.0822	-3.0117	2.6646	1.2683	2.7545	0.4164	0.6492	-0.1246	-0.9459	-0.2172	0.1058	0.7095	0.2396	-0.5894	0.569	-0.0473	-0.0196	0.3248	-0.0746	0.3319	-66.2046	2.7354	-52.212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'G' and (resid 44 through 82 )	G
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'G' and (resid 83 through 245 )	G
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 246 through 299 )	G
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'G' and (resid 327 through 349 )	G
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'G' and (resid 350 through 360 )	G
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'G' and (resid 361 through 391 )	G
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 392 through 397 )	G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 407 through 411 )	G
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 412 through 423 )	G
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 441 through 453 )	G
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 454 through 467 )	G
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 468 through 491 )	G
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 1 through 112 )	H
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 113 through 216 )	H
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 1 through 14 )	L
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 15 through 137 )	L
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 138 through 211 )	L
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'I' and (resid 44 through 82 )	I
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'I' and (resid 83 through 235 )	I
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'I' and (resid 236 through 385 )	I
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'I' and (resid 386 through 423 )	I
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'I' and (resid 441 through 453 )	I
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'I' and (resid 454 through 474 )	I
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'I' and (resid 475 through 483 )	I
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resid 484 through 492 )	I
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'A' and (resid 1 through 111 )	A
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'A' and (resid 112 through 216 )	A
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 1 through 14 )	B
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 15 through 75 )	B
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 76 through 129 )	B
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 130 through 197 )	B
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'B' and (resid 198 through 211 )	B

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関連情報:EMDBヘッダ

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