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- PDB-1keg: Antibody 64M-2 Fab complexed with dTT(6-4)TT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1keg
タイトルAntibody 64M-2 Fab complexed with dTT(6-4)TT
要素
  • 5'-D(*TP*(64T)P*TP*T)-3'
  • Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-2 Fab (heavy chain)
  • Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-2 Fab (light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / protein-DNA complex / DNA photoproduct / immunoglobulin / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / NICKEL (II) ION / DNA
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Sato, K. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the DNA (6-4) photoproduct dTT(6-4)TT in complex with the 64M-2 antibody Fab fragment implies increased antibody-binding affinity by the flanking nucleotides.
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Sato, K. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the 64M-2 Antibody Fab Fragment in Complex with a DNA dT(6-4)T Photoproduct formed by Ultraviolet Radiation
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O.
#2: ジャーナル: Photochem.Photobiol. / 年: 1991
タイトル: Simultaneous Establishment of Monoclonal Antibodies Specific for Either Cyclobutane Pyrimidine Dimer or (6-4)photoproduct from the Same Mouse Immunized Ultraviolet-irradiated DNA
著者: Mori, T. / Nakane, M. / Hattori, T. / Matsunaga, T. / Ihara, M. / Nikaido, O.
履歴
登録2001年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月29日Group: Database references
改定 1.42012年3月28日Group: Database references
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN There is a C6-C4 bond between 64T residue 2 and T residue 3 of chain A. The 64T linked to ...HETEROGEN There is a C6-C4 bond between 64T residue 2 and T residue 3 of chain A. The 64T linked to T is referred to as DT(6-4)T.
Remark 999SEQUENCE THE NUCLEOTIDE SEQUENCES WHICH ENCODE FOR CHAINS L AND H ARE LISTED IN GB ENTRIES E08525 ...SEQUENCE THE NUCLEOTIDE SEQUENCES WHICH ENCODE FOR CHAINS L AND H ARE LISTED IN GB ENTRIES E08525 (22-330) AND E08524 (7-330) RESPECTIVELY. The residue numbering of chains L and H is non-sequential.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*(64T)P*TP*T)-3'
L: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-2 Fab (light chain)
H: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-2 Fab (heavy chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6904
ポリマ－48,6323
非ポリマー591
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.567, 137.274, 49.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*(64T)P*TP*T)-3'


分子量: 1189.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The chain was synthesized by coupling thymidines to both sides of dT(6-4)T which was purified from ultraviolet-radiated dTpT.
#2: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-2 Fab (light chain)


分子量: 23762.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 株: Balb/c
#3: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-2 Fab (heavy chain)


分子量: 23679.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 株: Balb/c
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, nickel chloride, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2NiCl211
3Tris-HCl11

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.6 Å / Num. all: 18057 / Num. obs: 17570 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1607 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EHL

1ehl


解像度: 2.4→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1740 10 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.207 17221 --
obs0.207 17221 86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 77 1 70 3456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.44
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 62 10.5 %
Rwork0.276 --
obs--29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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