PDB-3naa: Crystal structure of Fab15 Mut5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3naa

タイトル

Crystal structure of Fab15 Mut5

要素

Fab15 Mut5 heavy chain
Fab15 Mut5 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / antibody canonical structure / thermal stability / non-X-pro cis peptide bond / antibody engineering

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Luo, J. / Feng, Y. / Gilliland, G.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-evolution of antibody stability and Vk CDR-L3 canonical structure
著者: Luo, J. / Feng, Y. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2010年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年3月31日	Group: Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle ...entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3naa.cif.gz	194.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3naa.ent.gz	153.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3naa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3naa_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3naa_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	3naa_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	3naa_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3naa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3naa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3na9SC 3nabC 3nacC 3ncjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oaw-2 2f19-d 3o6l-d 1keg-d 3f58-d 2fx8-3 1xf2-2 1cbv-d 2a6k-2 6xuk-d 1lo2-2 3nac-d 2r0w-d 1i8m-2 6vrt-d 5vkk-1 1lo0-1 4mhh-5 2igf-d 1yeg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab15 Mut5 light chain

H: Fab15 Mut5 heavy chain

ヘテロ分子

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.534, 74.784, 65.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Fab15 Mut5 light chain 分子量: 23239.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab15 Mut5 heavy chain 分子量: 24501.354 Da / 分子数: 1 / Mutation: V34I, G35S, E95Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 495分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.58 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日
放射	モノクロメーター: Accel Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30.559 Å / Num. all: 55410 / Num. obs: 55410 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.61 % / B_iso Wilson estimate: 28.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.01 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5481 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NA9

3na9

解像度: 1.7→30.559 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1999	2788	5.08 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.1791	54885	97.97 %	-
all	-	54886	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.574 Å² / k_sol: 0.397 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9187 Å²	-0 Å²	-4.0868 Å²
2-	-	3.2956 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3356	0	17	489	3862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	4753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.089	1252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	606

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7293	0.2762	143	0.2641	2402	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7293-1.7608	0.2753	131	0.2512	2583	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7608-1.7946	0.2476	127	0.2395	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7946-1.8312	0.2661	122	0.2242	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8312-1.8711	0.2577	145	0.2191	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8711-1.9146	0.2234	139	0.2153	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9146-1.9624	0.2267	147	0.204	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9624-2.0155	0.2184	135	0.1887	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0155-2.0748	0.1879	160	0.1765	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1417	0.2291	145	0.1707	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1417-2.2183	0.1858	130	0.1694	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2183-2.3071	0.2056	162	0.1711	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.412	0.2104	166	0.1752	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.412-2.5391	0.2236	120	0.1697	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5391-2.6981	0.2007	142	0.1696	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6981-2.9063	0.2084	138	0.1729	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9063-3.1985	0.1696	140	0.1632	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1985-3.6607	0.1703	140	0.1472	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6607-4.6095	0.1417	142	0.1427	2585	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6095-30.5636	0.2124	114	0.188	2329	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7868	0.2076	-0.2461	0.7649	-0.7631	1.6397	-0.0058	-0.2636	0.0998	0.2618	-0.0085	-0.0993	-0.1167	-0.0028	-0	0.2303	-0.0054	-0.0166	0.2042	-0.0084	0.1983	36.4283	5.4409	24.3594
2	1.8663	-0.563	0.3306	1.0467	-0.4818	0.6939	-0.0731	0.0608	0.1628	-0.0231	0.0374	0.0034	-0.0349	0.1069	0	0.1497	-0.0039	0.0091	0.1248	0.0045	0.1564	9.036	8.9132	0.3307
3	2.4105	1.1112	0.9047	0.5181	0.3511	1.1765	0.1592	-0.7145	-0.3329	0.2482	-0.0608	-0.1294	0.2393	-0.2102	0	0.3063	-0.0261	-0.0092	0.4199	0.1074	0.2409	22.5773	-6.9638	36.3886
4	2.4409	0.3066	-0.1072	2.3394	0.0914	1.0659	0.0128	0.23	-0.1278	-0.2855	0.0296	0.0491	0.0606	-0.0475	-0	0.0908	-0.0046	-0.006	0.041	-0.0127	0.1031	7.5481	-6.2996	1.1594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resseq 1:109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resseq 110:214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and resseq 1:112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and resseq 113:225

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