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- PDB-6vrt: LT1009 humanized antibody Fab fragment in complex with calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vrt
タイトルLT1009 humanized antibody Fab fragment in complex with calcium
要素
  • Sonepcizumab antibody Fab fragment, heavy chain
  • Sonepcizumab antibody Fab fragment, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / fab / calcium / S1P
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.555 Å
データ登録者Fleming, J.K. / Huxford, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (United States)CHE-1112547 米国
引用ジャーナル: Antibodies / 年: 2020
タイトル: Ion binding properties of a naturally occurring metalloantibody
著者: Farokhi, E. / Fleming, J.K. / Erasmus, M.F. / Ward, A.D. / Wu, Y. / Gutierrez, M.G. / Wojciak, J.M. / Huxford, T.
履歴
登録2020年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Sonepcizumab antibody Fab fragment, heavy chain
L: Sonepcizumab antibody Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0555
ポリマ－47,8792
非ポリマー1763
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.802, 114.408, 133.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-301-

SO4

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要素

#1: 抗体 Sonepcizumab antibody Fab fragment, heavy chain


分子量: 24332.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Sonepcizumab antibody Fab fragment, light chain


分子量: 23546.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 uL 12 mg/mL Fab + 1 uL 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 1.5 M lithium sulfate monohydrate, 10 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00008 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 22135 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.55-2.595.811070.771100
2.59-2.646.910870.7151100
2.64-2.697.310930.521100
2.69-2.757.410750.4571100
2.75-2.817.511060.3771100
2.81-2.877.510900.3061100
2.87-2.947.510760.2591100
2.94-3.027.511000.2321100
3.02-3.117.510840.1881100
3.11-3.217.510850.1531100
3.21-3.337.511190.131100
3.33-3.467.510880.1141100
3.46-3.627.511200.1021100
3.62-3.817.411160.0951100
3.81-4.057.510920.0941100
4.05-4.367.511070.0881100
4.36-4.87.411200.0821100
4.8-5.497.411360.0751100
5.49-6.927.311280.0631100
6.92-506.912060.034199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14-3260-000)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.14-3260-000)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I9G

3i9g


解像度: 2.555→48.231 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 1130 5.11 %
Rwork0.2088 --
obs0.2114 22124 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.555→48.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 7 28 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1424695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8762048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5554-2.67170.46411430.35292540X-RAY DIFFRACTION97
2.6717-2.81250.4161580.33292569X-RAY DIFFRACTION100
2.8125-2.98870.38251270.29072596X-RAY DIFFRACTION100
2.9887-3.21940.33121320.29272612X-RAY DIFFRACTION100
3.2194-3.54330.34541420.24382625X-RAY DIFFRACTION100
3.5433-4.05580.26821380.20582630X-RAY DIFFRACTION100
4.0558-5.1090.19981340.1482673X-RAY DIFFRACTION100
5.109-48.23990.17881560.16992749X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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