PDB-4pgp: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pgp

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO ALASKENSIS G20 (Dde_0634, TARGET EFI-510120) WITH BOUND 3-INDOLE ACETIC ACID

要素

Extracellular solute-binding protein, family 7

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4pgp.ent.gz	575.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pgp_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pgp_full_validation.pdf.gz	505.1 KB	表示
XML形式データ	4pgp_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	4pgp_validation.cif.gz	68.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/4pgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/4pgp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xwv-d 4nap-4 2xnb-d 2wx9-d 3acw-d 4nap-1 4p1l-2 3o4s-d 3vje-1 2xxk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510102

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein, family 7

B: Extracellular solute-binding protein, family 7

C: Extracellular solute-binding protein, family 7

D: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.286, 145.536, 97.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein, family 7 分子量: 36869.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア) 株: G20 / 遺伝子: Dde_0634 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q315G1
#2: 化合物	ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸分子量: 175.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₂ / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein (68.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-INDOLE ACETIC ACID); Reservoir (0.2 M di-Ammonium Hydrogen Citrate pH 5.0, 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Ethylene Glycol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→43.46 Å / Num. obs: 61615 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / R_pim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 190054 / Scaling rejects: 41

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
2.25-2.31	3	1.03	1	13031	4330	0.675	92
10.31-43.46	3.2	0.043	7.8	1814	566	0.028	79.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.25→35.742 Å / FOM work R set: 0.7201 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2618	3129	5.09 %
R_work	0.2023	58368	-
obs	0.2054	61497	92.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.78 Å² / B_iso mean: 38.33 Å² / B_iso min: 7.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→35.742 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9460	0	88	422	9970
B_iso mean	-	-	26.23	34.62	-
残基数	-	-	-	-	1237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	9747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.438	13267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1479
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.83	3532

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.2852	0.4062	121	0.3426	2641	2762	91
2.2852-2.3227	0.3332	140	0.3132	2678	2818	93
2.3227-2.3627	0.3341	148	0.2849	2660	2808	93
2.3627-2.4056	0.3389	136	0.2667	2640	2776	91
2.4056-2.4519	0.3407	130	0.2599	2658	2788	94
2.4519-2.5019	0.3373	133	0.2568	2643	2776	91
2.5019-2.5563	0.2891	141	0.2444	2618	2759	92
2.5563-2.6158	0.2962	146	0.2436	2664	2810	93
2.6158-2.6812	0.298	122	0.2429	2598	2720	91
2.6812-2.7536	0.3292	153	0.2371	2682	2835	93
2.7536-2.8346	0.3088	131	0.231	2616	2747	92
2.8346-2.9261	0.3076	138	0.2235	2676	2814	93
2.9261-3.0306	0.3033	164	0.2212	2607	2771	92
3.0306-3.1519	0.2705	137	0.2094	2706	2843	93
3.1519-3.2952	0.278	141	0.2093	2715	2856	95
3.2952-3.4688	0.3069	149	0.1966	2665	2814	94
3.4688-3.686	0.2494	150	0.1784	2727	2877	95
3.686-3.9702	0.254	138	0.168	2699	2837	94
3.9702-4.3691	0.1956	139	0.157	2710	2849	94
4.3691-4.9999	0.1926	169	0.1449	2665	2834	93
4.9999-6.2937	0.2008	155	0.1789	2634	2789	91
6.2937-35.7463	0.2216	148	0.1741	2466	2614	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4026	-0.8954	-0.2303	3.0511	-0.789	0.3713	0.0673	0.1253	-0.1962	-0.1993	-0.0168	0.2396	0.2239	0.0796	-0.0664	0.5341	0.0095	-0.0306	0.3439	-0.0066	0.1738	19.3806	-12.0206	-54.655
2	2.0979	-0.1216	0.7011	2.7919	-0.4377	3.2101	0.0787	0.2299	0.0056	-0.585	-0.14	-0.4941	-0.1136	0.3519	0.0797	0.5093	0.0066	0.1041	0.4337	-0.0133	0.2527	35.176	3.1542	-63.8261
3	3.546	1.3347	-0.6127	2.58	-1.014	1.2302	-0.2164	0.0108	-0.5437	-0.5216	0.1558	-0.0775	0.0586	0.0554	0.0479	0.4631	0.0162	-0.0114	0.3206	-0.0311	0.269	24.9201	-7.4713	-56.2445
4	5.8517	1.5723	-0.8877	3.0294	-0.221	1.9204	0.0221	-0.9948	-0.1779	0.1131	-0.2472	-0.2693	-0.0091	0.2481	0.1506	0.4431	0.0957	-0.0335	0.3404	0.0765	0.204	27.2701	-6.6313	-45.2506
5	4.1157	-0.5013	0.1108	2.6018	-1.2248	1.4465	-0.0642	-0.1323	0.4553	-0.1348	0.2337	0.1057	-0.3917	-0.1418	-0.2247	0.4901	0.004	0.0108	0.3073	-0.0359	0.1695	18.8793	10.5602	-59.3907
6	2.9298	-0.7339	-0.7379	3.4277	0.7954	1.3986	-0.0801	0.1254	-0.3827	0.2587	0.1727	-0.4329	0.2396	-0.0255	-0.034	0.1675	-0.0075	-0.0243	0.1903	-0	0.4965	32.9641	-35.8223	-94.0458
7	1.5568	0.151	0.3161	2.0213	0.7647	0.7036	-0.0319	0.1952	-0.353	0.3397	0.1793	-0.6307	-0.0585	0.1204	-0.0845	0.1321	-0.0143	-0.0518	0.2634	-0.0222	0.4939	40.3874	-20.4807	-90.2014
8	2.134	-0.0888	-0.1863	1.3328	0.2003	1.8753	0.0764	-0.1439	0.3224	0.1941	0.0164	0.229	0.0697	-0.1693	-0.1395	0.142	0.0194	-0.0038	0.2764	0.0467	0.3475	19.6949	-13.6224	-83.9612
9	2.3249	0.293	-0.5143	1.7862	1.3536	1.9728	-0.1585	0.1681	-0.3619	-0.1669	0.2975	-0.2836	-0.0518	0.1086	-0.0913	0.0747	-0.0238	-0.0114	0.2486	0.0111	0.4121	33.1533	-24.862	-97.7057
10	4.1888	0.5763	-0.0948	1.7358	0.478	0.6665	0.1605	-0.0295	0.1598	0.0394	0.0563	-0.1661	0.0355	-0.0911	-0.184	0.1916	-0.0365	-0.0057	0.223	0.0528	0.3916	36.3153	-6.0844	-87.6932
11	2.1063	-1.9225	-0.5781	3.9263	-0.3379	0.6698	-0.0933	-0.1266	0.2492	0.095	0.1207	-0.2524	-0.0407	0.0817	-0.0314	0.5113	-0.0022	-0.0077	0.3749	0.0066	0.1924	39.305	-35.1668	-41.8991
12	2.6528	-0.0536	-0.0465	0.9057	-0.4378	1.8681	0.3305	0.5714	0.1923	-0.7719	-0.188	-0.392	-0.087	0.1466	-0.126	0.9214	0.0364	0.2204	0.5539	0.0478	0.4489	50.7567	-40.6146	-62.0934
13	3.1359	-0.5681	-0.2134	2.8412	-0.6737	0.6789	-0.0206	-0.0042	-0.1425	-0.073	0.0993	0.1655	-0.0409	-0.0564	0.0158	0.5221	0.0091	0.0154	0.2731	0.0342	0.21	34.6982	-38.7655	-46.0749
14	1.684	-0.6332	0.5222	1.6275	-0.6829	2.2888	-0.1044	0.201	-0.1964	-0.5052	-0.1016	-0.4289	0.0568	0.1022	0.2752	0.6744	0.0083	0.0055	0.4031	-0.0034	0.2846	50.357	-53.7089	-49.1427
15	0.8088	-0.5378	-0.3974	2.7602	0.2362	1.0404	-0.0327	-0.1332	0.1041	0.1408	0.1152	0.0673	-0.0833	0.1262	-0.0751	0.1223	-0.0151	0.0145	0.2308	0.0477	0.3684	41.675	20.5531	-92.1348
16	2.8777	-0.2041	-0.4785	2.2729	0.1546	2.6357	-0.0277	0.1092	0.1609	-1.035	-0.1074	-0.7599	-0.0807	0.2726	0.1224	0.4846	-0.0227	0.1458	0.2625	0.0423	0.2879	53.3624	17.0989	-111.0467
17	1.8728	-0.8612	-1.0416	3.3793	0.254	3.2921	-0.1876	0.0991	-0.0772	-0.2145	0.0696	0.4183	-0.0072	-0.2411	0.1508	0.1571	-0.0567	-0.0605	0.2256	0.0706	0.4226	37.2792	17.1715	-96.6134
18	1.8389	-0.125	0.222	3.0373	-1.2694	2.5933	-0.0313	-0.014	-0.345	-0.593	-0.1702	-0.3658	0.3147	0.2565	0.1391	0.2832	0.0473	0.0448	0.2559	0.0336	0.4787	52.2243	2.5621	-98.5042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 149 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 150 through 218 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 219 through 251 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 288 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 289 through 339 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 32 through 92 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 93 through 149 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 150 through 229 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 230 through 287 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 288 through 339 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 32 through 149 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 150 through 230 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 231 through 287 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 288 through 339 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 32 through 157 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 158 through 226 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 227 through 287 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 288 through 339 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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