PDB-4ovt: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ovt

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM OCHROBACTERIUM ANTHROPI (Oant_3902), TARGET EFI-510153, WITH BOUND L-FUCONATE

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Ochrobactrum anthropi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software / struct_keywords / struct_site Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_keywords.text / _struct_site.details
改定 1.5	2020年7月1日	Group: Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ovt.cif.gz	368.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ovt.ent.gz	307 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ovt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ovt_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ovt_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	4ovt_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	4ovt_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n8g-3 4pdh-d 4mco-2 6sde-d 4n8g-4 4n91-d 6st1-2 4n17-d 4p1l-1 2xyw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510153

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.109, 123.234, 164.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-561- HOH
2	1	A-579- HOH
3	1	A-584- HOH

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 37126.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ochrobactrum anthropi (バクテリア) 株: ATCC 49188 / 遺伝子: Oant_3902 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6X5V3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖	ChemComp-LFC / 6-deoxy-L-galactonic acid / L-フコン酸タイプ: L-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.59 % / Mosaicity: 0.94 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Protein (57.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM L-Fuconate); Reservoir (0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Acetate pH 4.5, 1.26 M Ammonium Sulfate); Cryoprotection (20% diethylene glycol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→98.594 Å / Num. all: 77268 / Num. obs: 77268 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.15 Å² / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.181 / R_sym value: 0.16 / Net I/av σ(I): 4.037 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 1132887

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	14.3	0.844	0.788	0.9	159020	11102	0.22	0.844	0.788	3.8	98.2
1.9-2.01	14.5	0.558	0.519	1.3	152639	10533	0.145	0.558	0.519	5.7	98.5
2.01-2.15	14.7	0.408	0.378	1.9	145654	9905	0.106	0.408	0.378	7.5	98.7
2.15-2.32	14.8	0.301	0.276	2.1	137770	9297	0.078	0.301	0.276	9.8	98.9
2.32-2.55	14.9	0.225	0.202	3.7	127720	8568	0.058	0.225	0.202	11.8	99.2
2.55-2.85	14.9	0.179	0.159	4.6	116149	7804	0.046	0.179	0.159	15	99.3
2.85-3.29	14.9	0.142	0.125	5.3	102841	6923	0.036	0.142	0.125	20	99.5
3.29-4.02	14.8	0.106	0.092	6.7	87056	5894	0.027	0.106	0.092	28.2	99.7
4.02-5.69	14.6	0.073	0.056	10.9	67652	4621	0.019	0.073	0.056	34.3	99.8
5.69-29.216	13.9	0.072	0.043	14.6	36386	2621	0.019	0.072	0.043	33	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.216 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8933 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1795	3903	5.05 %
R_work	0.1478	73353	-
obs	0.1494	77256	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.52 Å² / B_iso mean: 18.3272 Å² / B_iso min: 3.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4760	0	34	735	5529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	6682
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.937	1904

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.822	0.2723	130	0.2148	2572	2702	98
1.822-1.845	0.2136	126	0.1964	2596	2722	98
1.845-1.8693	0.2649	117	0.1825	2574	2691	98
1.8693-1.8949	0.2058	145	0.1754	2564	2709	98
1.8949-1.922	0.2105	139	0.1962	2581	2720	98
1.922-1.9506	0.1972	153	0.1646	2576	2729	98
1.9506-1.9811	0.1934	124	0.1541	2614	2738	98
1.9811-2.0136	0.2006	124	0.1437	2593	2717	98
2.0136-2.0483	0.1684	134	0.1456	2592	2726	98
2.0483-2.0855	0.2246	138	0.1551	2580	2718	98
2.0855-2.1256	0.1848	133	0.1379	2601	2734	99
2.1256-2.169	0.1843	132	0.1397	2573	2705	99
2.169-2.2162	0.1763	124	0.1365	2649	2773	99
2.2162-2.2677	0.1929	132	0.1529	2597	2729	99
2.2677-2.3244	0.1692	134	0.1291	2602	2736	99
2.3244-2.3872	0.1717	125	0.1296	2606	2731	99
2.3872-2.4574	0.1621	156	0.1251	2630	2786	99
2.4574-2.5367	0.1693	143	0.1284	2582	2725	99
2.5367-2.6273	0.1797	149	0.1324	2639	2788	99
2.6273-2.7324	0.177	147	0.1325	2618	2765	99
2.7324-2.8567	0.1975	156	0.1392	2633	2789	99
2.8567-3.0071	0.1964	128	0.1474	2643	2771	99
3.0071-3.1953	0.1723	158	0.1536	2621	2779	99
3.1953-3.4417	0.1932	142	0.1469	2675	2817	99
3.4417-3.7874	0.1565	135	0.1419	2667	2802	100
3.7874-4.3339	0.1376	166	0.1267	2661	2827	99
4.3339-5.4544	0.1485	155	0.1315	2707	2862	100
5.4544-29.2201	0.1983	158	0.193	2807	2965	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.62	0.1736	0.0658	0.7357	-0.045	0.5701	-0.0004	0.0903	-0.0241	-0.1782	0.0075	-0.0569	0.1723	-0.034	-0.0171	0.1111	0.0045	-0.0018	0.0479	-0.0134	0.078	31.8422	72.3349	65.8917
2	0.3245	0.0128	-0.0109	0.2454	-0.0019	0.5361	0.01	-0.0156	0.0738	-0.0153	-0.0297	0.0185	-0.0941	-0.3094	0.0194	0.064	0.0373	-0.0139	0.1355	-0.0072	0.1092	22.7236	85.0078	77.7132
3	0.1764	0.0601	0.061	0.1662	-0.0357	1.0888	0.0324	-0.0158	0.0632	-0.0121	-0.0175	0.0306	0.0768	-0.168	-0.0208	0.0519	0.0066	-0.005	0.0829	-0.0109	0.0853	26.006	78.7986	76.7255
4	0.8287	0.1442	-0.8602	0.4638	0.0705	3.4297	-0.0837	0.1521	-0.0812	-0.1473	0.0221	0.0159	0.2115	-0.1976	-0.025	0.1908	-0.0792	-0.0465	0.1632	-0.0224	0.1111	19.988	68.5258	64.0327
5	0.4811	-0.2058	0.218	0.3271	0.0324	0.546	0.0725	0.1159	-0.0442	-0.0224	-0.2208	0.1139	0.0461	-0.3745	-0.1245	0.0733	0.073	-0.0111	0.2987	-0.0434	0.1373	14.932	83.7885	83.7896
6	0.9804	0.0074	0.315	0.7964	0.0054	1.2796	0.0348	0.2268	-0.0267	-0.1191	-0.0147	-0.0059	0.0452	0.1588	-0.018	0.1151	0.0243	-0.0085	0.1414	0.0111	0.0974	43.6798	86.5646	29.9289
7	0.3937	-0.1582	0.0061	0.2194	-0.2121	0.5993	0.0072	0.0625	0.08	0.0264	-0.0063	-0.0154	-0.1704	-0.035	0.0071	0.1125	0.0144	-0.0111	0.0677	0.0351	0.0995	36.5259	97.8184	42.6462
8	0.2194	-0.1068	0.078	0.1533	0.0065	0.5569	-0.0196	0.0622	0.1312	0.0251	-0.0312	-0.0492	-0.2592	0.077	0.0343	0.1135	-0.0263	-0.0207	0.0829	0.0388	0.1158	46.3486	96.1212	46.2992
9	0.6729	0.0678	0.8219	0.3488	-0.1484	1.977	0.1097	0.1178	-0.0592	-0.0136	-0.05	0.0065	0.198	0.165	-0.0939	0.0961	0.0181	-0.0039	0.094	0.0147	0.1198	36.915	81.8435	40.2099
10	0.3288	0.0095	0.0523	0.2897	-0.3352	0.4127	0.0035	-0.1116	0.0055	0.0648	0.0092	0.1107	-0.2415	-0.0561	0.0107	0.1449	0.0422	-0.0085	0.0625	-0.0006	0.094	38.6431	97.6466	60.1103
11	1.9426	0.3451	0.4104	2.683	0.0888	0.901	-0.0129	0.0016	-0.006	0.0847	-0.0208	0.2886	-0.1438	-0.1389	-0.0494	0.2253	0.099	-0.0162	0.1447	0.0293	0.2398	24.7315	105.8885	47.2612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 80 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 216 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 217 through 249 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 250 through 273 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 274 through 324 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 80 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 81 through 173 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 174 through 249 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 250 through 284 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 285 through 306 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 307 through 324 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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