PDB-4ovs: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ovs

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM SULFUROSPIRILLUM DELEYIANUM DSM 6946 (Sdel_0447), TARGET EFI-510309, WITH BOUND SUCCINATE

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum deleyianum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / struct_site / symmetry Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ovs.cif.gz	377.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ovs.ent.gz	316.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ovs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uu7-d 4oan-2 6smb-2 5i5p-1 2vto-d 4gj5-1 5k4j-d 4mnc-d 1h00-d 2c6l-d 6q4c-d 4qtt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510309

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.637, 49.146, 96.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 37935.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurospirillum deleyianum (バクテリア) 株: DSM 6946 / 遺伝子: Sdel_0447 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D1AZL7
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.81 % / 解説: Plate like crystal, tends to stack
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (29.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM SUCCINATE); Reservoir (0.2 M Potassium Sodium Tartrate, 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% glycerol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→90.617 Å / Num. all: 56917 / Num. obs: 56917 / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.14 Å² / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.098 / R_sym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 7.698 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 356000

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	3.5	1.207	0.928	0.8	12689	3626	0.621	1.207	0.928	1.2	36.7
1.9-2.01	3.9	0.634	0.49	1.6	21567	5544	0.313	0.634	0.49	2.3	59.5
2.01-2.15	4.5	0.373	0.29	2.6	33413	7461	0.173	0.373	0.29	4.1	84.1
2.15-2.32	6.4	0.265	0.219	3.4	51825	8132	0.104	0.265	0.219	6.9	98.5
2.32-2.55	7.4	0.192	0.161	4.6	56158	7603	0.071	0.192	0.161	9.9	100
2.55-2.85	7.5	0.137	0.111	6.6	51740	6907	0.05	0.137	0.111	13.8	100
2.85-3.29	7.4	0.096	0.075	9.2	45599	6132	0.035	0.096	0.075	20.5	100
3.29-4.02	7.3	0.07	0.054	12	37848	5189	0.026	0.07	0.054	28.9	100
4.02-5.69	7.2	0.065	0.048	13	29234	4048	0.024	0.065	0.048	32.4	99.9
5.69-90.617	7	0.069	0.044	13.8	15927	2275	0.025	0.069	0.044	31.6	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→41.565 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.7875 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	2880	5.09 %
R_work	0.1829	53684	-
obs	0.1856	56564	82.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.72 Å² / B_iso mean: 37.9886 Å² / B_iso min: 15.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.565 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4904	0	17	545	5466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.363	6814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.811	1892

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8295	0.3498	48	0.3199	906	954	29
1.8295-1.8611	0.306	50	0.3083	1138	1188	37
1.8611-1.8949	0.3372	81	0.2858	1290	1371	42
1.8949-1.9314	0.346	66	0.2684	1584	1650	51
1.9314-1.9708	0.3489	100	0.2651	1780	1880	58
1.9708-2.0136	0.2886	107	0.2574	2069	2176	67
2.0136-2.0605	0.2872	111	0.2443	2390	2501	77
2.0605-2.112	0.3032	142	0.2314	2646	2788	86
2.112-2.1691	0.281	146	0.217	2818	2964	92
2.1691-2.2329	0.2813	165	0.2172	3029	3194	97
2.2329-2.305	0.2746	189	0.2143	3041	3230	99
2.305-2.3874	0.2891	188	0.2056	3043	3231	99
2.3874-2.483	0.2782	162	0.1929	3057	3219	99
2.483-2.5959	0.2589	168	0.1952	3068	3236	99
2.5959-2.7328	0.2236	149	0.1945	3105	3254	99
2.7328-2.904	0.2443	166	0.1988	3071	3237	99
2.904-3.1281	0.2638	187	0.1965	3054	3241	99
3.1281-3.4428	0.2308	176	0.1737	3070	3246	99
3.4428-3.9406	0.1808	162	0.146	3115	3277	100
3.9406-4.9634	0.187	154	0.1338	3190	3344	100
4.9634-41.5756	0.1867	163	0.1633	3220	3383	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6612	-0.0412	-0.7282	1.1337	0.0404	1.52	0.0702	-0.0452	0.1108	0.044	-0.0739	-0.1896	-0.187	0.1011	0.0083	0.2705	-0.0049	0.0212	0.1141	0.0021	0.2224	54.8805	25.4481	86.0692
2	1.7138	0.2722	-0.3643	0.618	-0.1035	1.5191	0.0581	0.4337	-0.0075	-0.2229	-0.0578	0.1053	-0.1025	-0.3589	0.0216	0.2677	0.0483	-0.0108	0.2782	-0.044	0.2269	36.4262	18.7159	78.4259
3	1.1287	0.0173	-0.1317	0.4828	-0.1421	0.6268	0.1224	0.2181	0.1303	-0.1607	-0.0736	0.1225	-0.4125	-0.5842	-0.0586	0.2903	0.1299	-0.0091	0.3389	-0.0108	0.2691	27.9253	27.7938	89.2749
4	2.0292	0.1729	-0.3138	0.798	0.2385	1.101	-0.0626	0.2899	-0.2149	-0.3148	-0.0336	-0.1541	-0.0159	0.0356	0.0632	0.2923	0.0277	0.0631	0.179	-0.0087	0.23	50.8468	17.5825	79.8692
5	2.0885	-1.5827	-1.2955	2.5098	1.4477	1.812	0.0221	-0.1434	-0.1215	0.0496	-0.0672	-0.1456	-0.1144	0.2436	0.0675	0.2603	0.0289	0.0106	0.2046	-0.0323	0.2197	34.9738	16.3339	102.4914
6	1.0652	0.4313	1.4789	1.6471	-0.236	2.541	0.0267	0.408	-0.0249	-0.0535	-0.1763	0.6402	0.065	-0.7633	-0.0399	0.1941	-0.0276	0.0101	0.5484	-0.083	0.3982	19.4425	14.1223	91.7842
7	0.6433	-0.2061	0.0458	0.7248	-0.456	0.6074	-0.027	0.3024	-0.1289	-0.129	0.1537	0.0991	0.0358	-0.5539	-0.0579	0.3563	0.1101	-0.1542	0.7994	-0.1958	0.4126	25.9487	12.1722	69.7032
8	1.2418	-0.3141	0.0667	1.0606	-0.4158	2.0245	-0.0023	0.0931	-0.1025	-0.1219	-0.0432	0.2077	0.1264	0.0047	0.0168	0.3104	-0.0203	0.0285	0.1316	-0.009	0.217	68.2899	20.1094	39.8195
9	0.9633	0.0349	-0.1601	0.6764	0.2582	1.9326	-0.0595	-0.0426	-0.0731	-0.0928	0.0313	-0.2208	-0.0423	0.8164	0.0157	0.2762	-0.005	0.0383	0.4218	0.0461	0.2754	88.8144	25.6853	47.3619
10	0.8635	-0.2434	0.0567	0.8784	-0.0309	0.7978	-0.1213	-0.2032	-0.165	-0.0045	-0.1269	-0.1673	0.4284	0.5636	0.1757	0.3092	0.1103	0.0457	0.3306	0.0719	0.2473	83.4462	17.0666	60.6995
11	1.2831	0.0468	0.6343	0.7828	0.11	2.2499	-0.0703	0.2646	-0.0336	-0.295	-0.0102	-0.0305	-0.3139	0.2194	0.1034	0.3369	-0.0142	0.0308	0.2071	0.015	0.2073	74.8725	28.2209	37.2564
12	0.6417	-0.8002	0.5432	3.3974	-1.5637	0.8152	-0.0444	0.0825	0.097	-0.0259	-0.0578	0.0016	-0.0709	-0.0293	0.1113	0.3678	0.0086	0.0278	0.2446	0.0419	0.2426	73.3755	28.8672	65.4691
13	1.2447	-0.186	-0.427	0.9069	0.1949	1.2797	-0.0069	-0.1956	0.2131	0.0644	0.045	-0.3135	-0.2914	1.1666	-0.0506	0.3228	-0.1261	-0.05	0.7267	0.0765	0.3804	96.5853	32.6555	55.7287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 72 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 161 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 162 through 225 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 270 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 271 through 287 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 288 through 308 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 309 through 330 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 72 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 73 through 181 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 225 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 226 through 270 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 271 through 287 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 288 through 330 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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