PDB-4oan: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oan

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from rhodopseudomonas palustris HaA2 (RPB_2686), TARGET EFI-510221, with density modeled as (S)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((S)-2-Acetolactate)

要素

TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/PROTEIN TRANSPORT / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics / MEMBRANE PROTEIN-PROTEIN TRANSPORT complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bbr-d 4ovs-2 5jzn-1 7awc-d 5swh-2 2a4l-d 4xld-d 6e6e-2 6hzu-2 4yzh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510221

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.064, 59.609, 61.005
Angle α, β, γ (deg.)	62.620, 71.240, 67.180
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit 分子量: 37364.867 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-339 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_2686 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2IWM2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-X2X / (2S)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoic acid / (S)-2-アセト乳酸分子量: 132.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.9 詳細: Protein (29.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.2 M Sodium Thiocyanate pH 6.9, 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir with 20% Glycerol), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→53.334 Å / Num. all: 129995 / Num. obs: 129995 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 9.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.35-1.42	3.9	0.532	1.4	73193	18628	0.532	92.6
1.42-1.51	3.9	0.374	1.9	69562	17655	0.374	93.1
1.51-1.61	3.9	0.25	2.8	66209	16787	0.25	94
1.61-1.74	3.9	0.171	4.1	61985	15721	0.171	94.5
1.74-1.91	3.9	0.113	6.2	57243	14524	0.113	95.2
1.91-2.13	3.9	0.069	10.3	51896	13243	0.069	95.9
2.13-2.46	3.9	0.047	15.2	45476	11728	0.047	96.5
2.46-3.02	3.8	0.036	19.1	38243	9975	0.036	96.9
3.02-4.27	3.8	0.027	24.2	29063	7697	0.027	96.7
4.27-50.729	3.6	0.026	25	14623	4037	0.026	93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX	AUTOSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.35→31.401 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.9171 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1625	6523	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1429	-	-	-
all	0.1439	129985	-	-
obs	0.1439	129985	94.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.15 Å² / B_iso mean: 13.9507 Å² / B_iso min: 4.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→31.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4846	0	25	914	5785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.281	6827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.731	1824

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.35-1.3653	0.2739	228	0.2415	4010	4238	93
1.3653-1.3814	0.2374	227	0.2291	4041	4268	92
1.3814-1.3983	0.2623	191	0.2181	3977	4168	93
1.3983-1.416	0.2278	220	0.2084	4061	4281	92
1.416-1.4346	0.2378	177	0.1994	4037	4214	93
1.4346-1.4542	0.2342	221	0.1919	4115	4336	93
1.4542-1.475	0.2092	199	0.1889	4043	4242	93
1.475-1.497	0.1794	197	0.1766	4061	4258	94
1.497-1.5204	0.2054	228	0.1669	4059	4287	93
1.5204-1.5453	0.1913	220	0.1599	4028	4248	94
1.5453-1.572	0.1678	225	0.156	4123	4348	94
1.572-1.6006	0.1669	225	0.1522	4072	4297	94
1.6006-1.6314	0.1706	225	0.1467	4068	4293	94
1.6314-1.6647	0.1727	234	0.1403	4103	4337	95
1.6647-1.7009	0.1577	195	0.1353	4149	4344	94
1.7009-1.7404	0.1625	243	0.135	4118	4361	95
1.7404-1.7839	0.1548	222	0.1267	4124	4346	95
1.7839-1.8322	0.1395	240	0.1249	4092	4332	95
1.8322-1.8861	0.1562	214	0.1264	4156	4370	95
1.8861-1.9469	0.1541	221	0.1299	4143	4364	96
1.9469-2.0165	0.1554	243	0.125	4126	4369	96
2.0165-2.0972	0.1428	210	0.1262	4211	4421	96
2.0972-2.1927	0.1458	213	0.1246	4236	4449	96
2.1927-2.3082	0.1502	205	0.129	4176	4381	96
2.3082-2.4528	0.159	208	0.13	4222	4430	97
2.4528-2.6421	0.1467	217	0.1314	4208	4425	97
2.6421-2.9078	0.1548	240	0.136	4185	4425	97
2.9078-3.3282	0.1562	225	0.1353	4236	4461	97
3.3282-4.1916	0.141	220	0.1298	4187	4407	97
4.1916-31.4092	0.148	190	0.149	4095	4285	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.034	0.0349	-0.0371	0.3145	0.117	0.1264	-0.0001	0.0009	-0.1572	0.0525	0.0329	-0.1444	0.1775	0.0803	-0.0149	0.099	0.0264	-0.0119	0.09	0.0013	0.1322	101.3862	52.2638	59.7951
2	1.0157	-0.1151	0.0843	0.5247	-0.1749	0.8946	-0.0286	0.0625	-0.0454	-0.0148	0.0485	-0.2151	-0.0424	0.0296	-0.0196	0.0955	0.0134	0.0195	0.1033	-0.0205	0.1619	104.5786	53.6691	54.1091
3	0.648	-0.1165	0.1603	0.5363	0.0359	0.5131	-0.0106	0.0005	0.022	-0.0023	-0.0108	-0.0858	-0.0309	0.0793	0.0224	0.055	-0.0026	0.0023	0.0688	0.0031	0.062	95.7985	71.0124	58.3877
4	0.3288	0.0316	0.1479	0.6911	0.0118	0.8033	-0.0068	-0.0445	0.0697	-0.0102	0.0039	0.0815	-0.1058	-0.0577	-0.0081	0.0624	0.0136	0.004	0.0777	-0.0085	0.0738	75.7477	75.4953	57.5501
5	0.5703	-0.1222	-0.004	0.3984	-0.1013	0.2849	-0.0231	-0.0345	0.0088	-0.0271	0.0193	0.0002	0.0072	-0.0128	-0.0061	0.0515	-0.0005	-0.0011	0.0507	-0.0026	0.0443	86.0427	64.8858	55.549
6	2.1976	-0.21	0.8324	0.4838	-0.1546	0.5727	0.0515	0.2892	0.0469	-0.1121	-0.0477	-0.0597	0.0612	0.1586	-0.0019	0.0858	0.0006	0.014	0.1038	-0.0079	0.0659	98.5796	63.133	46.9445
7	0.6249	0.2495	0.1641	1.1726	0.827	1.3677	-0.0337	-0.0464	0.0372	-0.0875	0.049	0.0008	-0.1334	-0.0651	-0.0238	0.0964	0.0058	-0.0166	0.0582	0.001	0.0685	76.9471	79.7576	47.114
8	0.9852	0.1142	-0.0084	0.8671	-0.0308	1.9968	0.0358	0.0035	0.0955	-0.0805	-0.0797	-0.1625	-0.1996	0.1899	0.0332	0.1319	-0.009	0.0057	0.0615	0.0013	0.1059	93.484	87.8939	55.7439
9	0.4976	0.0927	0.1446	0.4642	0.0599	0.5124	-0.0292	-0.05	0.0849	0.042	-0.0019	0.0062	-0.1588	-0.048	0.0217	0.1025	0.0066	0.0052	0.0606	-0.0057	0.0642	59.9147	53.9537	31.6029
10	0.4653	0.0194	-0.0525	0.4637	-0.17	0.7022	0.0011	0.0046	-0.0605	-0.0433	0.0186	-0.0138	0.0593	-0.0045	-0.0184	0.0707	-0.0042	0.0085	0.0561	-0.0034	0.0693	55.9094	34.0138	23.0859
11	0.5852	-0.0525	0.0177	1.6306	0.1351	0.1449	-0.0536	-0.027	0.121	-0.0724	-0.0007	-0.1841	-0.1855	0.0411	0.0243	0.145	-0.0257	-0.0096	0.0413	-0.0112	0.0786	64.5761	60.1181	31.4141
12	0.8934	0.9656	0.3091	2.5937	0.3641	0.5235	0.0242	-0.1046	0.0768	0.1605	-0.0497	0.1593	-0.033	-0.0736	0.0167	0.0774	0.0099	0.0205	0.0848	-0.0124	0.0621	52.5601	51.8067	39.1276
13	1.7125	-0.0566	-0.3931	0.6084	0.0919	0.6697	-0.0271	-0.1484	-0.1042	-0.0945	-0.0016	-0.0613	0.0846	0.0502	0.0243	0.0825	-0.0036	0.0044	0.0628	0.0213	0.1077	59.366	26.2087	32.5474
14	1.4915	0.3835	-0.7673	0.8687	-0.346	1.553	-0.07	-0.1795	-0.0657	0.1338	-0.0127	-0.063	-0.0486	0.2164	0.0599	0.0754	0.0024	-0.0129	0.1215	0.0184	0.1069	75.3188	37.6554	37.9092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 46 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 72 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 161 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 162 through 200 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 201 through 258 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 293 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 294 through 314 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 315 through 339 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 30 through 161 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 162 through 241 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 242 through 258 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 259 through 293 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 294 through 314 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 315 through 339 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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