PDB-4nap: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nap

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from Desulfovibrio alaskensis G20 (DDE_0634), target EFI-510102, with bound d-tryptophan

要素

Extracellular solute-binding protein, family 7

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4nap.ent.gz	597.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nap_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nap_full_validation.pdf.gz	482.4 KB	表示
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CIF形式データ	4nap_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pgn-2 4pgp-3 4pgp-1 3ae0-1 4pbq-3 4pgp-4 3ezv-d 4p1l-2 5i7i-2 5lpv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510102

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リンク

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登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein, family 7

B: Extracellular solute-binding protein, family 7

C: Extracellular solute-binding protein, family 7

D: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

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35.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

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3

C: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

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4

D: Extracellular solute-binding protein, family 7

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.117, 144.571, 96.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein, family 7 分子量: 35107.547 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 30-340 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio alaskensis (バクテリア) 株: G20 / 遺伝子: Dde_0634 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q315G1
#2: 化合物	ChemComp-DTR / D-TRYPTOPHAN / D-トリプトファンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein (50 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-TRYPTOPHAN); Reservoir (0.1 M Sodium Citrate, 20 %(v/v) iso-Propanol, 20 %(w/v) PEG 4000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→144.571 Å / Num. all: 69245 / Num. obs: 69245 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.2-2.32	5.2	0.585	1.3	52660	10121	0.585	100
2.32-2.46	5.3	0.375	2.1	50392	9553	0.375	100
2.46-2.63	5.3	0.258	3	47747	9035	0.258	100
2.63-2.84	5.3	0.175	4.4	44338	8361	0.175	100
2.84-3.11	5.3	0.109	7	41077	7750	0.109	100
3.11-3.48	5.3	0.069	10.2	36774	6950	0.069	100
3.48-4.02	5.3	0.055	12.3	32482	6169	0.055	99.6
4.02-4.92	5.2	0.037	16.4	27199	5195	0.037	99.6
4.92-6.96	5.2	0.036	16.4	20953	4019	0.036	99.2
6.96-144.571	4.9	0.03	20	10261	2092	0.03	92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→31.426 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7983 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2154	3099	5.13 %	RANDOM
R_work	0.1627	-	-	-
obs	0.1655	60459	99.45 %	-
all	-	60459	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.35 Å² / B_iso mean: 44.2214 Å² / B_iso min: 9.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9487	0	60	350	9897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	9780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.379	13309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.735	3552

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3359	0.2801	135	0.2141	2576	2711	100
2.3359-2.3742	0.2623	144	0.187	2659	2803	100
2.3742-2.4152	0.2523	130	0.1852	2627	2757	100
2.4152-2.4591	0.2774	122	0.1806	2594	2716	100
2.4591-2.5063	0.215	134	0.1765	2657	2791	100
2.5063-2.5575	0.2637	141	0.1787	2583	2724	100
2.5575-2.6131	0.2421	147	0.173	2599	2746	100
2.6131-2.6738	0.2282	139	0.1776	2628	2767	100
2.6738-2.7406	0.227	130	0.1712	2639	2769	100
2.7406-2.8147	0.2336	141	0.1704	2598	2739	100
2.8147-2.8975	0.2504	135	0.1723	2620	2755	100
2.8975-2.9909	0.2211	148	0.1799	2609	2757	100
2.9909-3.0977	0.2349	155	0.1741	2609	2764	100
3.0977-3.2216	0.2395	147	0.1768	2598	2745	100
3.2216-3.3681	0.2652	124	0.1685	2647	2771	100
3.3681-3.5454	0.2552	153	0.1595	2623	2776	100
3.5454-3.7672	0.2183	147	0.191	2564	2711	99
3.7672-4.0575	0.1801	129	0.1446	2582	2711	99
4.0575-4.4648	0.1519	157	0.1305	2621	2778	100
4.4648-5.1085	0.1709	155	0.1204	2619	2774	99
5.1085-6.4271	0.1883	132	0.1572	2623	2755	99
6.4271-31.4286	0.2171	154	0.1629	2485	2639	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8814	0.5604	0.0185	4.7897	-0.8544	1.2469	-0.1213	0.064	0.3023	0.0666	0.2374	0.1908	-0.2112	-0.0007	-0.1129	0.2275	-0.0022	0.0211	0.2816	0.0241	0.3016	19.1358	17.2406	54.0803
2	5.4638	-1.5765	0.3047	5.4189	-0.6501	1.4564	-0.0538	-0.1551	0.159	0.0553	0.2521	0.7114	0.0363	-0.2906	-0.1446	0.1771	-0.0037	0.0067	0.268	0.0499	0.2944	11.2978	8.5908	53.2904
3	3.5668	-0.1505	-0.7087	3.5606	-0.1195	4.3364	0.0057	-0.1686	0.2607	0.3172	0.1195	-0.7508	-0.2608	0.4796	-0.0947	0.2875	0.0146	-0.0539	0.3819	-0.0592	0.4728	34.3073	0.9378	62.7557
4	3.6636	-2.0973	1.2028	5.0918	-1.4894	3.662	-0.0787	0.054	0.364	-0.3232	0.3629	0.5587	-0.3755	-0.453	-0.2579	0.2065	-0.0275	-0.0196	0.315	0.1111	0.4216	12.2849	15.7717	50.7387
5	1.0362	-0.2668	0.9038	1.5556	-1.0214	2.4159	-0.0828	0.3648	0.02	-0.4623	0.0264	-0.7193	0.3537	0.4842	0.044	0.326	-0.0086	0.1232	0.4528	-0.0538	0.4811	32.1703	-2.2031	50.2485
6	6.0432	-1.6999	1.2975	4.9512	-0.4278	5.4387	-0.0134	-0.0421	-0.0907	0.1492	0.1568	0.8196	0.3095	-0.7002	-0.1796	0.1945	-0.0366	0.0271	0.2557	0.0289	0.3429	8.6966	-4.2847	60.1309
7	0.9491	-0.0821	0.1762	3.0036	0.9527	0.9075	0.0197	0.1521	0.0651	-0.2978	0.0764	-0.3621	-0.1873	0.2052	-0.0877	0.1717	-0.0159	0.0471	0.1713	-0.0193	0.1685	31.9109	32.4914	91.1066
8	2.4348	0.7714	-0.0573	2.4355	0.5772	3.6358	0.0295	0.0409	0.0728	-0.124	-0.1413	0.4676	-0.1848	-0.4557	0.0974	0.1372	0.0082	0.0163	0.2321	-0.0199	0.242	14.6668	18.2485	82.36
9	4.7174	3.5554	0.1349	7.5845	-0.2134	2.4335	0.0463	-0.0904	0.1683	0.2335	-0.0658	-0.1747	-0.1622	0.0795	0.0704	0.07	0.02	0.0458	0.2333	-0.025	0.0872	29.8311	25.1025	89.1846
10	5.8427	2.0386	0.1579	4.4008	0.5835	3.3411	0.0407	-0.2656	-0.2369	0.3015	-0.0138	-0.3001	0.0339	-0.0065	-0.0364	0.1406	0.0581	-0.0181	0.1744	-0.0403	0.0801	27.9538	29.9078	99.1621
11	7.7776	-3.5434	-3.8927	1.6294	1.7195	4.6828	-0.2885	-0.5019	-0.4431	0.2469	-0.0395	0.4951	0.9341	-0.1315	0.3297	0.1575	-0.0674	0.061	0.2371	0.0223	0.5557	12.9602	6.4039	88.8249
12	3.4467	0.7416	1.7783	3.207	0.5843	4.3017	0.0159	0.372	-0.4458	0.0537	0.3385	-0.4266	0.1343	0.5656	-0.2955	0.1745	0.057	0.0639	0.2282	-0.0522	0.3762	38.4923	11.701	84.5161
13	3.8399	0.4957	1.1211	2.4491	0.7242	2.395	-0.2824	0.2037	-0.1315	-0.0174	0.2415	0.3139	-0.0808	-0.0256	0.0614	0.3616	-0.0666	-0.0146	0.2844	0.0962	0.3539	28.0856	31.9862	42.1964
14	2.0159	1.5598	1.0838	5.6534	0.0897	1.7471	-0.1103	0.2737	-0.297	-0.407	0.1568	-0.6407	0.0765	0.3149	-0.0444	0.3122	-0.016	0.0181	0.3438	0.0387	0.3106	41.5215	41.3241	39.4444
15	3.5226	-0.1438	0.399	0.5751	0.8991	3.5186	0.2399	-0.8862	-0.5806	1.0983	-0.3275	-0.7928	0.3024	0.3276	0.0485	0.8033	-0.067	-0.2423	0.6373	0.1276	0.5425	48.4137	42.8416	60.7133
16	4.5465	0.6184	0.1126	4.2781	-0.0469	3.2379	-0.1395	-0.0277	-0.07	-0.0113	0.07	0.214	0.4567	-0.1168	0.0897	0.3049	-0.0266	-0.0204	0.2188	0.1052	0.2217	32.3532	41.6305	42.5554
17	1.5652	-0.8364	-0.2358	1.7321	-1.5441	2.3648	0.0144	-0.5801	0.511	1.67	0.0736	-0.5848	-0.5316	-0.0198	0.0263	1.195	-0.1956	-0.1287	0.6921	-0.0545	0.3214	45.3176	53.6964	62.7767
18	6.4632	-1.8243	0.0903	3.4134	0.2996	2.5008	0.0272	0.0124	0.0932	-0.0999	-0.1492	-0.7037	-0.1636	0.65	0.0877	0.2985	-0.0881	0.0265	0.424	0.12	0.4609	46.924	56.696	37.4165
19	4.306	1.3575	2.4683	2.1294	1.173	3.2187	0.2312	0.0085	-0.2691	0.1741	-0.1117	-0.0568	0.2923	0.1314	-0.1339	0.173	0.0081	0.0248	0.0996	0.034	0.1853	28.0128	-23.2488	90.5306
20	1.6487	0.7493	0.7906	4.2703	0.2194	1.4275	-0.0192	0.1884	-0.1339	-0.1389	0.0196	-0.4214	0.061	0.3012	-0.0136	0.1842	0.0346	0.0306	0.2177	0.0148	0.1828	41.8285	-13.6914	87.1973
21	2.6544	-0.2002	1.465	1.7982	-0.4955	3.0273	0.0959	-0.2596	0.1346	0.5415	-0.0948	-0.2865	0.1393	0.441	0.0095	0.4237	-0.0059	-0.0919	0.3584	-0.0011	0.2722	46.8746	-12.5349	107.6618
22	3.6338	0.9306	2.6333	4.2187	1.4396	4.6404	0.0022	0.2612	0.1498	-0.2089	0.016	0.0793	0.2077	0.0934	-0.0184	0.1947	0.0317	0.0451	0.1171	0.0763	0.1277	33.3269	-15.4998	84.1803
23	1.1379	0.4518	1.5021	1.3033	0.1714	2.2717	0.1143	-0.6813	0.1515	1.2049	-0.0033	-0.0401	-0.6943	-0.3442	-0.0712	0.7357	-0.0242	-0.0406	0.3628	-0.0624	0.2075	35.1767	-6.8024	109.3562
24	5.0245	-0.8046	0.9363	2.5981	-1.8159	2.6449	-0.1437	0.1101	0.0649	0.4965	-0.2473	-0.2484	-0.2291	0.4205	0.4153	0.2707	-0.0434	-0.0088	0.2587	0.0676	0.4984	48.0972	2.1219	89.3527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 32:120)	A	32 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 121:152)	A	121 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 153:229)	A	153 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 230:264)	A	230 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 265:305)	A	265 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 306:339)	A	306 - 339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 31:150)	B	31 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 151:229)	B	151 - 229
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 230:244)	B	230 - 244
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 245:287)	B	245 - 287
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 288:302)	B	288 - 302
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 303:339)	B	303 - 339
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 32:71)	C	32 - 71
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 72:150)	C	72 - 150
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 151:229)	C	151 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 230:282)	C	230 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 283:310)	C	283 - 310
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 311:340)	C	311 - 340
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 32:73)	D	32 - 73
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 74:144)	D	74 - 144
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 145:229)	D	145 - 229
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 230:264)	D	230 - 264
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 265:302)	D	265 - 302
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 303:340)	D	303 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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