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万見
- PDB-4n6d: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n6d
タイトルCrystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Desulfovibrio salexigens DSM2638 (Desal_3247), Target EFI-510112, phased with I3C, open complex, C-terminus of symmetry mate bound in ligand binding site
要素TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP periplasmic solute binding family / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4955
ポリマ－38,2801
非ポリマー1,2154
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.703, 68.249, 108.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit / TRAP periplasmic solute binding protein


分子量: 38280.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio salexigens (バクテリア)
株: ATCC 14822 / DSM 2638 / NCIB 8403 / VKM B-1763 / 遺伝子: Desal_3247 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6C297
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid


分子量: 558.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 40 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Tryptophan, reservoir: 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.5, 20% w/v PEG3000, soak for 5 minutes in 250 mM IC3, 20% PEG3350, 100 mM ...詳細: 40 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Tryptophan, reservoir: 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.5, 20% w/v PEG3000, soak for 5 minutes in 250 mM IC3, 20% PEG3350, 100 mM HEPES, pH 7.0, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. all: 36699 / Num. obs: 36699 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Χ2: 2.083 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.738.10.23715541.106184.9
1.73-1.769.40.20617171.199193.4
1.76-1.7911.90.18217681.327196.7
1.79-1.8312.60.16418211.517199.9
1.83-1.8712.20.15518011.635197.5
1.87-1.9112.60.13118321.514199.6
1.91-1.9612.60.11418051.678198.2
1.96-2.0212.50.09818421.752199.6
2.02-2.0712.60.08818241.877199
2.07-2.1412.40.07618462.002199.2
2.14-2.2212.40.07118342.084199.9
2.22-2.3112.40.06518412.106199.6
2.31-2.4112.40.06318512.193199.7
2.41-2.5412.40.05918732.342199.9
2.54-2.712.60.05618632.3841100
2.7-2.9112.90.0518862.4111100
2.91-3.213.50.04318902.3381100
3.2-3.6614.10.03619102.1321100
3.66-4.6114.10.03419122.53199.7
4.61-10013.30.0420294.173198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.701→21.982 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.9061 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1836 1834 5.01 %RANDOM
Rwork0.1453 ---
all0.1472 36641 --
obs0.1472 36641 98.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.68 Å2 / Biso mean: 18.3755 Å2 / Biso min: 5.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→21.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 37 421 2955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2133543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.271984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.74650.20851380.16072264240285
1.7465-1.79790.21151370.15762583272096
1.7979-1.85590.21561370.14992670280799
1.8559-1.92220.19551250.14972638276399
1.9222-1.99910.22571390.14882707284699
1.9991-2.090.18721420.13842666280899
2.09-2.20010.17261470.13192686283399
2.2001-2.33780.16291350.131627092844100
2.3378-2.5180.18591340.131527232857100
2.518-2.7710.17931540.147527142868100
2.771-3.17090.15721220.150827742896100
3.1709-3.99110.17351430.142227962939100
3.9911-21.98350.18981810.156928773058100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9631-0.38670.13230.8302-0.31230.3457-0.0245-0.02250.0565-0.00480.02670.0099-0.0125-0.0329-0.00460.0703-0.00680.00080.0665-0.01310.07159.754736.2962-0.3152
20.30080.25170.3011.22610.14940.9528-0.0043-0.1216-0.01480.1745-0.05250.33840.1373-0.25340.03940.1452-0.01560.04730.1707-0.01680.14799.272219.354521.9447
30.2889-0.20630.28850.4239-0.28120.7634-0.0296-0.06680.05680.01030.0133-0.00810.0278-0.06620.020.0695-0.00450.00060.0812-0.01430.081911.153832.19989.1118
40.3741-0.0391-0.05140.6577-1.09262.8819-0.0284-0.05080.09540.1838-0.0337-0.0375-0.27210.11160.02660.1165-0.0056-0.00650.0838-0.01590.11317.259340.48211.0295
50.0311-0.0687-0.04440.12210.07910.5535-0.0621-0.0077-00.10070.03580.0380.17040.27570.01080.10490.03110.0070.13910.00450.111120.228215.46812.0293
61.32720.3638-0.25840.9504-0.05830.12840.0082-0.1270.02410.11460.0525-0.2471-0.02510.1991-0.05280.08820.011-0.00770.1391-0.00210.162132.519125.09784.2769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 146 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 215 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 216 through 248 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 249 through 285 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 286 through 318 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 319 through 346 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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