PDB-4n17: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4n17

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Burkholderia ambifaria (BAM_6123), Target EFI-510059, With bound beta-D-galacturonate

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP periplasmic solute binding family / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Zhao, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月14日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC 4lnmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n15-d 4ovr-1 4ovr-2 4pdd-2 4pdh-d 3fxb-2 7l0g-4 7l0f-1 2pfy-4 4iqn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510059

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.152, 101.369, 55.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-533- HOH
2	1	A-754- HOH

#1: タンパク質

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit / TRAP periplasmic solute binding protein

分子量: 36906.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia ambifaria (バクテリア)
株: ATCC BAA-244 / AMMD / 遺伝子: Bamb_6123 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0B2F6

#2: 糖

ChemComp-GTR / beta-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / β-D-ガラクトピラヌロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGalpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 59.1 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-galacturonic acid, reservoir: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% w/v PEG8000 (MCSG1 B6), cryoprotection: 4:1 50% w/v ...詳細: 59.1 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-galacturonic acid, reservoir: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% w/v PEG8000 (MCSG1 B6), cryoprotection: 4:1 50% w/v PEG3350:reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.13 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 59.1 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-galacturonic acid, reservoir: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% w/v PEG8000 (MCSG1 B6), cryoprotection: 4:1 50% w/v ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月17日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→100 Å / Num. all: 43587 / Num. obs: 43587 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 14.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Χ²: 0.995 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.53	4.4	0.588	1974	0.738	1	91.8
1.53-1.55	5.7	0.546	2093	0.805	1	96.5
1.55-1.58	6.5	0.533	2180	1.091	1	100
1.58-1.62	7.9	0.446	2155	0.908	1	100
1.62-1.65	7.9	0.383	2169	0.893	1	100
1.65-1.69	7.9	0.326	2182	0.918	1	100
1.69-1.73	8	0.284	2146	0.963	1	100
1.73-1.78	8	0.253	2183	1.08	1	100
1.78-1.83	8.1	0.22	2168	1.171	1	100
1.83-1.89	8	0.202	2186	1.457	1	100
1.89-1.96	8.4	0.175	2176	1.413	1	100
1.96-2.04	8.5	0.143	2187	1.338	1	100
2.04-2.13	8.6	0.118	2191	1.276	1	100
2.13-2.24	8.8	0.102	2189	1.245	1	100
2.24-2.38	8.9	0.088	2186	1.156	1	100
2.38-2.56	9	0.073	2204	0.98	1	100
2.56-2.82	9	0.058	2214	0.798	1	100
2.82-3.23	9	0.046	2217	0.655	1	100
3.23-4.07	8.9	0.041	2259	0.513	1	100
4.07-100	8.5	0.04	2328	0.434	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LNM

4lnm

解像度: 1.501→24.415 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8729 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2015	2137	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1703	-	-	-
all	0.1719	42548	-	-
obs	0.1719	42548	97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.86 Å² / B_iso mean: 20.6846 Å² / B_iso min: 6.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→24.415 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	16	326	2659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.338	3286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.176	893

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.501-1.5356	0.2832	78	0.2931	1730	1808	62
1.5356-1.574	0.2961	143	0.2562	2511	2654	93
1.574-1.6166	0.3015	135	0.2339	2749	2884	100
1.6166-1.6641	0.2524	140	0.2107	2768	2908	100
1.6641-1.7178	0.223	136	0.1967	2751	2887	100
1.7178-1.7792	0.2221	155	0.1922	2750	2905	100
1.7792-1.8504	0.2193	132	0.1713	2765	2897	100
1.8504-1.9346	0.1968	153	0.1755	2756	2909	100
1.9346-2.0366	0.1905	160	0.1722	2752	2912	100
2.0366-2.1641	0.1737	142	0.1662	2756	2898	100
2.1641-2.3311	0.2045	145	0.1595	2778	2923	100
2.3311-2.5654	0.1826	147	0.1574	2795	2942	100
2.5654-2.9361	0.2418	145	0.1628	2807	2952	100
2.9361-3.6971	0.1878	152	0.1528	2837	2989	100
3.6971-24.4179	0.1698	174	0.1565	2906	3080	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7785	0.357	-0.2483	0.8246	0.0112	0.8637	-0.0021	0.0916	0.2832	0.0052	-0.0514	-0.1149	-0.2837	0.143	0.0218	0.0975	-0.0199	-0.0187	0.1106	0.0571	0.1394	34.9677	27.2549	3.3974
2	1.6852	0.7094	0.415	0.8447	0.3125	0.7952	-0.0794	0.1089	0.109	-0.0351	-0.017	-0.2021	-0.166	0.2053	0.0274	0.1248	-0.0494	-0.0133	0.1854	0.0536	0.1586	35.6402	24.677	-2.8012
3	0.7968	0.1106	0.1023	0.6316	0.149	0.6519	0.0209	0.0226	-0.0237	0.1475	-0.0397	-0.0323	0.2108	0.0781	0.0154	0.1284	0.0083	-0.0013	0.072	0.0005	0.0751	32.5107	11.4392	10.722
4	0.6359	0.1631	-0.2993	0.5901	-0.0963	0.4534	-0.0251	-0.0432	-0.0776	0.412	-0.1526	0.4362	0.2042	-0.2458	0.0185	0.145	-0.1486	0.2349	0.1087	-0.0362	0.1956	14.083	3.0529	7.6539
5	0.6462	0.2427	0.1929	0.8068	-0.0013	0.614	-0.1638	0.3187	0.0452	-0.138	0.0676	0.2174	0.0901	-0.3151	0.0665	0.0749	-0.0583	0.0005	0.1918	-0.0355	0.1217	13.8587	14.6689	2.0803
6	1.3743	0.1412	-0.1206	0.5303	0.2468	0.5118	-0.105	0.1914	0.0292	0.0717	-0.0046	0.0611	0.1085	-0.0257	0.0362	0.0699	-0.0101	0.0084	0.1185	-0.0003	0.0775	26.9649	15.677	7.1716
7	2.2233	0.0631	-0.1511	0.5135	0.0396	0.7261	0.0388	0.0132	0.1153	0.0266	-0.0605	0.0434	-0.0974	0.041	0.0234	0.0822	0.0054	-0.0094	0.0955	-0.0168	0.105	30.1738	25.6232	12.4729
8	0.9543	-0.6515	-0.0128	1.1098	0.3102	0.1322	-0.1759	-0.1961	-0.0823	0.5331	-0.0158	0.2329	0.5069	-0.1117	-0.0825	0.4966	-0.0113	0.1238	0.2066	-0.0114	0.1796	15.3209	4.9291	18.6734
9	1.4573	-0.7618	-0.0776	1.2529	-0.5636	2.0721	0.176	0.1456	-0.1026	-0.2539	-0.0996	0.0659	0.1644	0.1112	0.0662	0.3125	-0.0189	-0.0847	0.1276	0.0579	0.115	35.5768	1.4826	21.6581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 56 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 72 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 153 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 191 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 216 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 217 through 249 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 250 through 284 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 285 through 311 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 312 through 327 )	A

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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