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- PDB-4iqn: Crystal structure of uncharacterized protein from Salmonella ente... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iqn
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein from Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. 14028s
要素(Putative cytoplasmic ...) x 3
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-BIOLOGY / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROGRAM FOR THE CHARACTERIZATION OF SECRETED EFFECTOR PROTEINS / PCSEP / reductive METHYLATION
機能・相同性Domain of unknown function (DUF5066) / Protein of unknown function DUF5066 / Domain of unknown function (DUF5066) / SMI1/KNR4-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative cytoplasmic protein / Putative cytoplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. 14028s
著者: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年1月23日ID: 4HG1
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative cytoplasmic protein
C: Putative cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2845
ポリマ－78,9833
非ポリマー3002
水9,836546
1
A: Putative cytoplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3051
ポリマ－26,3051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4662
ポリマ－26,3591
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5132
ポリマ－26,3181
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.138, 95.477, 69.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Putative cytoplasmic ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative cytoplasmic protein


分子量: 26305.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: D0ZRV8, UniProt: A0A0F6B4U8*PLUS
#2: タンパク質 Putative cytoplasmic protein


分子量: 26359.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0ZRV8, UniProt: A0A0F6B4U8*PLUS
#3: タンパク質 Putative cytoplasmic protein


分子量: 26318.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0ZRV8, UniProt: A0A0F6B4U8*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 548分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 79623 / Num. obs: 76983 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 41.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique all: 3773 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-CollectCOLLECTデータ収集
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXDE位相決定
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→31.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.131 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.102
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19568 3848 5 %RANDOM
Rwork0.13496 ---
all0.13799 72717 --
obs0.13799 72717 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å2-0 Å2-1.44 Å2
2--2.96 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 20 546 5948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9957940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.839312536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.395723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70525.292308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46715905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8751538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.41311238
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.2575141
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.303511504
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 269 -
Rwork0.175 5052 -
obs-5229 93.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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