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- PDB-3dd6: Crystal structure of Rph, an exoribonuclease from Bacillus anthra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dd6
タイトルCrystal structure of Rph, an exoribonuclease from Bacillus anthracis at 1.7 A resolution
要素Ribonuclease PH
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Exoribonuclease / Bacillus anthracis (炭疽菌) / tRNA maturation / RNase Ph. / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Proteomics in Europe 2 (構造ゲノミクス) / SPINE-2
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA nucleotidyltransferase / tRNA nucleotidyltransferase activity / rRNA catabolic process / tRNA processing / RNA nuclease activity / rRNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease PH, bacterial-type / Ribonuclease PH, conserved site / Ribonuclease PH signature. / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 ...Ribonuclease PH, bacterial-type / Ribonuclease PH, conserved site / Ribonuclease PH signature. / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Rawlings, A.E. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J. / Structural Proteomics in Europe 2 (SPINE-2)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: The structure of Rph, an exoribonuclease from Bacillus anthracis, at 1.7 A resolution.
著者: Rawlings, A.E. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_database_related ...audit_author / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease PH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6876
ポリマ－28,2071
非ポリマー4805
水2,594144
1
A: Ribonuclease PH
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,12436
ポリマ－169,2436
非ポリマー2,88230
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation16_544y+1/3,x-1/3,-z-1/31
crystal symmetry operation17_434x-y-2/3,-y-4/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area24560 Å2
ΔGint-496 kcal/mol
Surface area56930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.750, 86.750, 179.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

21A-615-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease PH / E.C.2.7.7.56 / RNase PH / tRNA nucleotidyltransferase


分子量: 28207.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: Rph / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q81LA9, tRNA nucleotidyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Ammonium sulphate, K/Na tartrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.36 Å / Num. all: 28380 / Num. obs: 28380 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27.43 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3948 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OYR

1oyr


解像度: 1.702→34.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.834 / SU ML: 0.094 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, TLS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24414 1413 5 %RANDOM
Rwork0.21227 ---
obs0.21384 26895 98.42 %-
all-26895 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→34.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 25 144 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9752613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6315248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69924.33783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64615351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5231515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.761.51216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24621958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2353715
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4994.5654
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 81 -
Rwork0.3 1852 -
obs-1413 92.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81910.7353-4.07023.8236-0.2886.04110.46920.20560.1495-0.5351-0.41210.0104-0.21750.5088-0.05710.13490.0241-0.0935-0.0682-0.04230.22641.8606-5.385-18.8243
22.1578-0.04710.25531.9228-0.46731.4663-0.15360.3830.3588-0.18770.04420.08560.06750.10880.1094-0.0935-0.0216-0.0376-0.05340.0795-0.1563.2219-23.9341-40.1695
315.3988-0.27235.58594.80810.376414.40980.20460.2308-1.2823-0.0826-0.28021.22010.7501-0.42070.07560.1772-0.1524-0.03060.1302-0.06740.0503-6.7343-35.1039-53.2185
46.6308-1.39122.32190.5165-0.73841.0941-0.0812-0.0461-0.31870.35970.10670.42930.08440.0688-0.02550.10140.02830.02130.02610.0035-0.09654.8179-34.7273-22.751
52.7618-0.5116-1.0922.620.75372.202-0.00760.40580.6975-0.22920.02730.2235-0.3367-0.0276-0.0197-0.0337-0.0162-0.0968-0.07990.13610.1015-0.7878-10.9584-41.2868
62.97310.8649-0.93332.2401-0.24730.73060.1201-0.30680.73420.4484-0.07080.50150.0236-0.119-0.04930.03740.04210.064-0.0987-0.07780.2211-11.9582-16.1484-23.6883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1311 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2AA14 - 4624 - 56
3X-RAY DIFFRACTION2AA57 - 6467 - 74
4X-RAY DIFFRACTION2AA87 - 15197 - 161
5X-RAY DIFFRACTION3AA47 - 5657 - 66
6X-RAY DIFFRACTION4AA65 - 8675 - 96
7X-RAY DIFFRACTION5AA152 - 163162 - 173
8X-RAY DIFFRACTION5AA223 - 245233 - 255
9X-RAY DIFFRACTION6AA164 - 187174 - 197
10X-RAY DIFFRACTION6AA188 - 203198 - 213
11X-RAY DIFFRACTION6AA204 - 222214 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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