PDB-4ffc: Crystal structure of a 4-aminobutyrate aminotransferase (GabT) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ffc

タイトル

Crystal structure of a 4-aminobutyrate aminotransferase (GabT) from Mycobacterium abscessus

要素

4-aminobutyrate aminotransferase (GabT)

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Mycobacterium / GabT / pyridoxal phosphate binding / aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2012年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ffc.cif.gz	653.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ffc.ent.gz	533.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ffc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ffc_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ffc_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	4ffc_validation.xml.gz	80.4 KB	表示
CIF形式データ	4ffc_validation.cif.gz	123 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4ffc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4ffc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksSC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4atp-1 4atp-2 1sf2-d 4atq-3 6j2v-d 1szk-d 1szu-d 7jh3-2 6wj8-d 1szs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MyabA.01026.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-aminobutyrate aminotransferase (GabT)

B: 4-aminobutyrate aminotransferase (GabT)

C: 4-aminobutyrate aminotransferase (GabT)

D: 4-aminobutyrate aminotransferase (GabT)

ヘテロ分子

188 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.400, 67.530, 102.460
Angle α, β, γ (deg.)	78.060, 81.260, 77.440
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	4-aminobutyrate aminotransferase (GabT) 分子量: 47051.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_4207 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MIQ9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MyabA.01026.b.A1 PS00899 at 20 mg/mL against PACT F6 0.2 M sodium formate, 0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5, 20% PEG 3350, crystal tracking ID 233334f6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月9日 / 詳細: VariMax

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 158993 / Num. obs: 152966 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.198 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 29.14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.8-1.85		0.123	8.03	34838	10080	85.9
1.85-1.9		0.114	8.72	35640	10153	88.4
1.9-1.95		0.095	10.43	36037	10152	91
1.95-2.01		0.087	12.52	36464	10144	93.5
2.01-2.08		0.07	14.71	36644	10038	95.9
2.08-2.15		0.064	17.68	39196	9926	97.8
2.15-2.23		0.058	22.25	45339	9712	98.6
2.23-2.32		0.063	23.84	42783	9273	98.1
2.32-2.43		0.05	27.11	45846	8915	99
2.43-2.55		0.051	29.1	43138	8490	98.7
2.55-2.68		0.045	32.05	48373	8231	99.5
2.68-2.85		0.042	37.93	50847	7712	99.4
2.85-3.04		0.039	43.35	54707	7274	99.8
3.04-3.29		0.036	47.79	48080	6743	99.6
3.29-3.6		0.031	55.17	46952	6273	100
3.6-4.02		0.028	61.55	42425	5661	99.9
4.02-4.65		0.026	65.18	37110	4964	99.9
4.65-5.69		0.025	63.55	32092	4225	100
5.69-8.05		0.025	62.24	24541	3240	99.9
	8.05	0.022	70.77	12733	1760	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	41.81 Å
Translation	3 Å	41.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3oks

3oks

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.1597 / WR_factor R_work: 0.1345 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9226 / SU B: 3.447 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.1076 / SU R_free: 0.0995 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1669	7697	5 %	RANDOM
R_work	0.1381	-	-	-
obs	0.1396	145353	96.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 45.9 Å² / B_iso mean: 12.6276 Å² / B_iso min: 2.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	-0.39 Å²	0.2 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0.09 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12901	0	16	1912	14829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	13385
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.98	18299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	21545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.715	5	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.145	23.097	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.066	15	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.096	15	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2678

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	502	-
R_work	0.164	9563	-
all	-	10065	-
obs	-	-	85.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1102	0.0094	-0.0233	0.0589	-0.0257	0.1505	-0.0033	0.0304	-0.0293	0.0141	0.0027	-0.0116	0.0247	0.0065	0.0006	0.0111	0.0027	0	0.0283	-0.0175	0.0305	25.6993	-13.7358	12.3364
2	0.1149	-0.0005	0.059	0.0583	0.0359	0.152	-0.0122	0.0157	0.0154	0.0059	0.0016	0.0005	-0.0281	-0.0157	0.0106	0.0085	0.0038	-0.001	0.033	-0.0023	0.0201	6.5469	11.2156	12.3815
3	0.0247	0.0122	-0.0242	0.1507	-0.0118	0.1495	0.0134	0.0102	0.0021	0.0571	-0.0075	-0.0469	0.0472	0.0003	-0.0058	0.0589	0.003	-0.0182	0.0076	0.0051	0.0162	26.2202	-13.4924	59.3873
4	0.0343	-0.0162	0.0505	0.1465	0.0827	0.2158	0	0.0035	0.0113	0.0325	-0.0309	0.0103	0.0065	-0.0453	0.0309	0.0231	-0.0084	0.0107	0.0293	-0.0106	0.0115	6.1831	10.8621	59.4353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 446
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 502
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601 - 1088
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 446
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 997
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 447
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501 - 502
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601 - 1041
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 446
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 986

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関連情報:EMDBヘッダ

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