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万見
- PDB-6j2v: GABA aminotransferase from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j2v
タイトルGABA aminotransferase from Corynebacterium glutamicum
要素PLP-dependent aminotransferases
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
4-aminobutyrate aminotransferase, bacterial / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...4-aminobutyrate aminotransferase, bacterial / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLZ / PLP-dependent aminotransferases
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hong, J. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase in complex with a PLP-GABA adduct from Corynebacterium glutamicum.
著者: Hong, J. / Kim, K.J.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLP-dependent aminotransferases
B: PLP-dependent aminotransferases
C: PLP-dependent aminotransferases
D: PLP-dependent aminotransferases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,95416
ポリマ－198,8804
非ポリマー2,07412
水24,6451368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26170 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area50070 Å2
2
A: PLP-dependent aminotransferases
B: PLP-dependent aminotransferases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4778
ポリマ－99,4402
非ポリマー1,0376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26510 Å2
手法PISA
3
C: PLP-dependent aminotransferases
D: PLP-dependent aminotransferases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4778
ポリマ－99,4402
非ポリマー1,0376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.725, 70.495, 97.017
Angle α, β, γ (deg.)106.570, 96.480, 110.660
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PLP-dependent aminotransferases


分子量: 49720.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl0479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NT35, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLZ / 4-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]BUTANOIC ACID / 4-[[(2-メチル-5-[(ホスホノオキシ)メチル]-3-ヒドロキシピリジン-4-イル)メチル]アミノ]酪酸


分子量: 334.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N2O7P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.1M BIS-Tris (pH6.5), 0.2M Sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 119202 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 3.541 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 409512
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.933.10.29558010.870.1940.3541.65695.4
1.93-1.973.10.26358560.9010.1720.3151.77195.4
1.97-2.013.20.23259350.930.1490.2771.90696
2.01-2.053.30.20758700.9430.1320.2462.04496.3
2.05-2.093.30.19458750.9510.1230.232.14696.6
2.09-2.143.40.16860060.960.1050.1992.29596.7
2.14-2.193.40.14759720.9720.0910.1732.39396.9
2.19-2.253.40.13859260.9720.0860.1632.58696.8
2.25-2.323.40.1359230.9770.080.1532.71797.2
2.32-2.393.40.1259530.980.0740.1412.7697
2.39-2.483.40.11159750.9820.0690.1313.07197.3
2.48-2.583.40.10559640.9840.0650.1243.15697.1
2.58-2.73.50.09660080.9860.0590.1133.5897.5
2.7-2.843.50.08760060.9880.0530.1033.89897.9
2.84-3.023.50.08260130.9890.050.0974.24998
3.02-3.253.60.07660390.9910.0460.0894.78898.5
3.25-3.583.70.06760630.9920.040.0785.23198.9
3.58-4.093.70.06160530.9930.0360.0715.98199
4.09-5.163.70.05761050.9940.0340.0676.11899
5.16-503.50.06258590.990.0390.0736.40195.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.203 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.136
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 5902 5 %RANDOM
Rwork0.1459 ---
obs0.1484 113299 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.84 Å2 / Biso mean: 23.485 Å2 / Biso min: 11.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.46 Å20.94 Å2
2--0.62 Å2-0.1 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→33.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12800 0 136 1368 14304
Biso mean--29.21 34.92 -
残基数----1760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01313140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.6417868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3991.5728848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6551756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60221.429616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.229151988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.60715104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022676
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 409 -
Rwork0.196 7907 -
all-8316 -
obs--91.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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