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- PDB-4die: Crystal structure of a cytidylate kinase CmK from Mycobacterium a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4die
タイトルCrystal structure of a cytidylate kinase CmK from Mycobacterium abscessus bound to cytidine-5'-monophosphate
要素Cytidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / kinase / Mycobacterium / Cytidine monophosphate kinase / CK
機能・相同性
機能・相同性情報


(d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidylate kinase / Cytidylate kinase domain / Cytidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Cytidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytidylate kinase
B: Cytidylate kinase
C: Cytidylate kinase
D: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,13512
ポリマ－95,4624
非ポリマー1,6738
水2,594144
1
A: Cytidylate kinase
B: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5686
ポリマ－47,7312
非ポリマー8364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cytidylate kinase
D: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5686
ポリマ－47,7312
非ポリマー8364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2843
ポリマ－23,8661
非ポリマー4182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2843
ポリマ－23,8661
非ポリマー4182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2843
ポリマ－23,8661
非ポリマー4182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2843
ポリマ－23,8661
非ポリマー4182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.760, 96.520, 78.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cytidylate kinase / CK / Cytidine monophosphate kinase


分子量: 23865.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
株: ATCC 19977 / 遺伝子: cmk, MAB_2371 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MB31, (d)CMP kinase
#2: 化合物
ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MyabA.00663.a.A1 PW30208 at 27.9 mg/mL with 4 mM C5P and 4 mM ADP against JCSG+ screen condition E1, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M trisodium citrate with 25% ethylene glycol as cryo- ...詳細: MyabA.00663.a.A1 PW30208 at 27.9 mg/mL with 4 mM C5P and 4 mM ADP against JCSG+ screen condition E1, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M trisodium citrate with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 220703e1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 30667 / Num. obs: 30247 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 42.885 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.65-2.720.5413.079732224298.2
2.72-2.790.4833.419755216799.7
2.79-2.870.3774.269421210599.3
2.87-2.960.3354.739410208999.5
2.96-3.060.2855.69059201699.6
3.06-3.170.2067.58621191599.4
3.17-3.290.1728.978497189999.5
3.29-3.420.12911.497882177498.6
3.42-3.570.09315.277150170698.4
3.57-3.750.07118.826254156293.3
3.75-3.950.05922.956054149694.8
3.95-4.190.04926.66577148999.1
4.19-4.480.04130.636172140199.4
4.48-4.840.03833.045700130199.6
4.84-5.30.04229.285268120899.3
5.3-5.930.04826.114742110099.2
5.93-6.840.04329.09404195299.5
6.84-8.380.02543.01352282299.5
8.38-11.850.01661.57285064999.7
11.850.01663.45148735496.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 47.5 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.33 Å
Translation3 Å48.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3R8C

3r8c


解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.2301 / WRfactor Rwork: 0.1942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7626 / SU B: 23.447 / SU ML: 0.249 / SU R Cruickshank DPI: 0.715 / SU Rfree: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.715 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1520 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 30247 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.82 Å2 / Biso mean: 39.0239 Å2 / Biso min: 13.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.02 Å20 Å2-0.08 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5758 0 104 144 6006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9948132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18239013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9975815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98124.493207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60715863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7741546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021069
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 120 -
Rwork0.374 2052 -
all-2172 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54980.21460.50351.81610.27170.37020.0076-0.11010.18320.08-0.02030.04510.0829-0.07380.01270.03210.0024-0.00980.07720.00510.0342-18.037233.3539-0.5169
25.06834.02480.51534.89060.74261.1117-0.24630.46370.3614-0.28560.12950.1931-0.1446-0.21370.11680.0384-0.0025-0.04830.14670.0680.1152-19.504542.7616-8.5599
33.5783-2.57784.4257.5762-2.77655.53740.61460.1698-0.148-0.3274-0.351-0.70730.77960.1295-0.26360.1516-0.02490.0020.16890.01270.1857-0.961932.3538-10.267
42.08240.47662.56192.83562.10054.2588-0.2077-0.00940.4518-0.1820.0834-0.5201-0.1626-0.07160.12430.1249-0.0486-0.04730.13420.04590.27910.476348.2475-3.6988
51.55190.83510.07192.1397-0.2050.4277-0.021-0.1284-0.1103-0.0383-0.0392-0.1124-0.01520.0690.06030.02040.00770.01840.04920.00540.0731-17.7314-0.0678-4.0371
642.0227-16.137510.763220.3168-9.84665.081.5276-0.24051.98440.6207-1.22160.8633-0.0310.3934-0.30590.6513-0.08850.22090.2637-0.08550.4981-39.91595.6075-4.8993
72.52290.8984.33020.6410.98248.4128-0.83391.31610.1791-0.5580.88680.1191-0.23911.0858-0.05281.6209-0.70720.0172.29760.21921.0643-27.58017.9501-16.8213
85.6386-0.7982-4.50283.872-0.80858.4105-0.30910.1499-0.2456-0.00160.12150.1992-0.0824-0.0520.18760.0561-0.04680.00150.1103-0.01650.0559-33.9366-10.6533-8.207
94.42870.15161.12463.2097-1.0443.0355-0.17220.31980.2103-0.09690.0787-0.13140.13460.07430.09350.0184-0.0133-0.00550.0257-0.00060.1641-20.753534.0867-39.463
101.0935-0.4493-0.33032.5793-0.33870.4061-0.04980.20490.0352-0.0322-0.0485-0.27650.038-0.0510.09830.0516-0.01430.00490.06750.01570.0705-8.769117.8096-39.202
114.0853-3.2024-1.32834.1915-0.05791.554-0.2112-0.27960.36490.4630.1272-0.544-0.04660.06910.08410.0842-0.0213-0.07850.0564-0.01930.1648-10.160632.0766-31.5182
123.64030.24272.69852.0659-0.86833.07260.10910.079-0.08330.1610.07120.36160.0920.2562-0.18030.04470.06430.00960.1391-0.02380.1802-28.903528.2145-32.0459
132.3702-1.3323-0.02762.72650.42080.1337-0.0365-0.0042-0.23560.0870.08720.0391-0.02570.0203-0.05080.036-0.00540.02130.04070.00470.0835-13.0511-10.8138-34.6502
1418.0147-0.3038-12.587220.63387.116744.5940.89671.3389-0.2848-0.2883-1.0431-2.0466-0.8353-1.17610.14640.12230.06510.0270.17050.02530.39039.2133-5.1263-30.7575
1518.19844.3978-1.515839.2067-7.69621.53541.5028-0.95470.8751.7934-1.5648-0.261-0.38980.35440.0620.4903-0.0750.04910.535-0.29890.4934-0.5228-1.6723-21.2199
163.31770.0869-1.55664.40180.47880.7917-0.3872-0.1913-0.16220.50340.3713-0.52940.2430.13380.01590.12390.0832-0.05820.0959-0.01020.12742.2387-20.1696-29.4203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2A104 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3A141 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4A195 - 218
5X-RAY DIFFRACTION5B-1 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6B147 - 173
7X-RAY DIFFRACTION7B174 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8B188 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9C-1 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10C29 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11C104 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12C140 - 218
13X-RAY DIFFRACTION13D-1 - 144
14X-RAY DIFFRACTION14D145 - 174
15X-RAY DIFFRACTION15D175 - 183
16X-RAY DIFFRACTION16D184 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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