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万見
- PDB-4azy: Design and Synthesis of BACE1 Inhibitors with In Vivo Brain Reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azy
タイトルDesign and Synthesis of BACE1 Inhibitors with In Vivo Brain Reduction of beta-Amyloid Peptides (COMPOUND 10)
要素BETA-SECRETASE 1
キーワードHYDROLASE / AMINOISOINDOLE / ALZHEIMER'S DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7F3 / ACETATE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Swahn, B.M. / Kolmodin, K. / Karlstrom, S. / von Berg, S. / Soderman, P. / Holenz, J. / Berg, S. / Lindstrom, J. / Sundstrom, M. / Turek, D. ...Swahn, B.M. / Kolmodin, K. / Karlstrom, S. / von Berg, S. / Soderman, P. / Holenz, J. / Berg, S. / Lindstrom, J. / Sundstrom, M. / Turek, D. / Kihlstrom, J. / Slivo, C. / Andersson, L. / Pyring, D. / Ohberg, L. / Kers, A. / Bogar, K. / Bergh, M. / Olsson, L.L. / Janson, J. / Eketjall, S. / Georgievska, B. / Jeppsson, F. / Falting, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
著者: Swahn, B.M. / Kolmodin, K. / Karlstrom, S. / von Berg, S. / Soderman, P. / Holenz, J. / Berg, S. / Lindstrom, J. / Sundstrom, M. / Turek, D. / Kihlstrom, J. / Slivo, C. / Andersson, L. / ...著者: Swahn, B.M. / Kolmodin, K. / Karlstrom, S. / von Berg, S. / Soderman, P. / Holenz, J. / Berg, S. / Lindstrom, J. / Sundstrom, M. / Turek, D. / Kihlstrom, J. / Slivo, C. / Andersson, L. / Pyring, D. / Rotticci, D. / Ohberg, L. / Kers, A. / Bogar, K. / von Kieseritzky, F. / Bergh, M. / Olsson, L.L. / Janson, J. / Eketjall, S. / Georgievska, B. / Jeppsson, F. / Falting, J.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4906
ポリマ－45,8221
非ポリマー6685
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.540, 76.390, 104.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 1 / BACE1 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP2 / ASP 2 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 ...BACE1 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP2 / ASP 2 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / MEMAPSIN-2 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 2


分子量: 45822.445 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 43-453 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-7F3 / (1S)-4-fluoro-1-(4-fluoro-3-pyrimidin-5-ylphenyl)-1-[2-(trifluoromethyl)pyridin-4-yl]-1H-isoindol-3-amine


分子量: 467.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H14F5N5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 56 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 57 TO LYS
Has protein modificationY
配列の詳細PROPEPTIDE NUMBERED 484-502

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 5
詳細: 11% PEG6K, 90 MM NAAC PH 5.0, 18 MM TRIS PH 8.5, 135 MM NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→35.87 Å / Num. obs: 36601 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PREVIOUSLY DETERMINED BACE1 STRUCTURE BASED ON PDB ENTRY 1FKN

1fkn


解像度: 1.79→35.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9379 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
詳細: NUMBER OF LIBRARIES USED : 8. REFINEMENT NOTE: 1 IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3431. ...詳細: NUMBER OF LIBRARIES USED : 8. REFINEMENT NOTE: 1 IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3431. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACT CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2105 1824 4.99 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.1775 36544 99.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5769 Å20 Å20 Å2
2--0.6288 Å20 Å2
3---4.9482 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→35.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2951 0 47 402 3400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124247HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1040SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes459HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3114HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion395SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3904SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 143 4.84 %
Rwork0.2643 2814 -
all0.2667 2957 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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