PDB-2wjo: human Bace (beta secretase) in complex with Cyclohexanecarboxylic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wjo

タイトル

human Bace (beta secretase) in complex with Cyclohexanecarboxylic acid (2-(2-am ino-6-phenoxy-4H-quinazolin-3-yl)-2 -cyclohexyl-ethyl)- amide

要素

BETA-SECRETASE 1

キーワード

HYDROLASE / ZYMOGEN / MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mathieu, M. / Dupuy, A.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Molecular Shape and Medicinal Chemistry: A Perspective.
著者: Nicholls, A. / Mcgaughey, G.B. / Sheridan, R.P. / Good, A.C. / Warren, G. / Mathieu, M. / Muchmore, S.W. / Brown, S.P. / Grant, J.A. / Haigh, J.A. / Nevins, N. / Jain, A.N. / Kelley, B.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wjo.cif.gz	93.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wjo.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wjo_validation.pdf.gz	810.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wjo_full_validation.pdf.gz	823.7 KB	表示
XML形式データ	2wjo_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	2wjo_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fkn 1m4h 1py1 1sgz 1tqf 1ujj 1ujk 1w50 1w51 1xn2 1xn3 1xs7 1ym2 1ym4 2b8l 2b8v 2fdp 2va5 2va6 2va7 2vie 2vij 2viy 2viz 2vj6 2vj7 2vj9 2vkm 2vnm 2vnn 2wez 2wf0 2wf1 2wf2 2wf3 2wf4
類似構造データ	3dv5-2 2va5-d 1w51-d 2f3f-3 5qd7-2 4lxk-3 2ph8-d 2vj7-d 4d8c-1 4k9h-3 2ohu-d 4j17-d 3k5d-2 5qd3-1 3dv1-3 4fsl-1 1sgz-3 4lxm-1 5v0n-3 6e3z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: BETA-SECRETASE 1

ヘテロ分子

46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.182, 126.547, 105.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	BETA-SECRETASE 1 / BETA SECRETASE / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE APP CLEAVING ...BETA SECRETASE / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 2 / MEMAPSIN-2 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP 2 / ASP2 分子量: 45991.715 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 58-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: DROSOPHILA (ハエ) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-QUD / 2-AMINO-3-{(1R)-1-CYCLOHEXYL-2-[(CYCLOHEXYLCARBONYL)AMINO]ETHYL}-6-PHENOXYQUINAZOLIN-3-IUM 分子量: 473.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₇N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID (2-(2-AM INO-6-PHENOXY-4H-QUINAZOLIN-3-YL)-2 -CYCLOHEXYL-ETHYL)-AMIDE ...CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID (2-(2-AM INO-6-PHENOXY-4H-QUINAZOLIN-3-YL)-2 -CYCLOHEXYL-ETHYL)-AMIDE (QUD): EXAMPLE 20 OF PATENTS WO06-017844 AND WO06-017836
配列の詳細	PRESENCE OF PROPEPTIDE (-3 TO 0) AND CTERMINAL HISTAG (400 TO 408)

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 11% PEG8000 50MM HEPES PH7.5 200MM NACL 15% GLYCEROL 10% ACETONITRILE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→74.95 Å / Num. obs: 21507 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.559 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
BUSTER-TNT	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
AMoRE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: IN-HOUSE APOSTRUCTURE

解像度: 2.5→74.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2402	1684	7.8 %	RANDOM
R_work	0.1922	-	-	-
obs	0.196	21476	97.37 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.34068135 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.96959044 Å²	0 Å²
3-	-	-	24.31027179 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→74.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2989	0	35	156	3180

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.65 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2892	266	7.7 %
R_work	0.2347	3188	-
all	0.2388	3454	-
obs	-	-	97.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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