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- PDB-2vj6: Human BACE-1 in complex with N-((1S,2R)-3-(((1S)-2-(cyclohexylami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vj6
タイトルHuman BACE-1 in complex with N-((1S,2R)-3-(((1S)-2-(cyclohexylamino)- 1-methyl-2-oxoethyl)amino)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl)-3-(ethylamino)-5-(2-oxo-1-pyrrolidinyl)benzamide
要素BETA-SECRETASE 1
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE / MEMAPSIN-2 / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VG5 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Clarke, B. / Demont, E. / Dingwall, C. / Dunsdon, R. / Faller, A. / Hawkins, J. / Hussain, I. / MacPherson, D. / Maile, G. / Matico, R. ...Clarke, B. / Demont, E. / Dingwall, C. / Dunsdon, R. / Faller, A. / Hawkins, J. / Hussain, I. / MacPherson, D. / Maile, G. / Matico, R. / Milner, P. / Mosley, J. / Naylor, A. / O'Brien, A. / Redshaw, S. / Riddell, D. / Rowland, P. / Soleil, V. / Smith, K. / Stanway, S. / Stemp, G. / Sweitzer, S. / Theobald, P. / Vesey, D. / Walter, D.S. / Ward, J. / Wayne, G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
著者: Clarke, B. / Demont, E. / Dingwall, C. / Dunsdon, R. / Faller, A. / Hawkins, J. / Hussain, I. / Macpherson, D. / Maile, G. / Matico, R. / Milner, P. / Mosley, J. / Naylor, A. / O'Brien, A. / ...著者: Clarke, B. / Demont, E. / Dingwall, C. / Dunsdon, R. / Faller, A. / Hawkins, J. / Hussain, I. / Macpherson, D. / Maile, G. / Matico, R. / Milner, P. / Mosley, J. / Naylor, A. / O'Brien, A. / Redshaw, S. / Riddell, D. / Rowland, P. / Soleil, V. / Smith, K. / Stanway, S. / Stemp, G. / Sweitzer, S. / Theobald, P. / Vesey, D. / Walter, D.S. / Ward, J. / Wayne, G.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3252
ポリマ－43,7611
非ポリマー5641
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.482, 76.762, 104.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 1 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE- ...BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 2 / MEMAPSIN-2 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP 2 / ASP2 / BACE-1


分子量: 43761.312 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 61-452 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-VG5 / N-[(1S,2R)-1-benzyl-3-{[(1S)-2-(cyclohexylamino)-1-methyl-2-oxoethyl]amino}-2-hydroxypropyl]-3-(ethylamino)-5-(2-oxopyrrolidin-1-yl)benzamide


分子量: 563.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H45N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 153 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 172 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 153 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 172 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 223 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 354 TO GLN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: CRYSTALS GROWN BY VAPOUR DIFFUSION AT 20C USING STREAK SEEDING, WITH 10% PEG8000 AND 0.1M GLYCINE PH 3.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 36075 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1443 4 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs-36043 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 41 379 3341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.112.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 28 /
Rfactor%反射
Rfree0.237 4 %
Rwork0.231 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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