PDB-5qd2: Crystal structure of BACE complex with BMC017

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qd2

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC017

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5qd2.ent.gz	380.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qd2_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qd2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5qd2_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	5qd2_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd2	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	5qd7-1 2vkm-4 7b1p-d 2wf0-d 2wf2-d 5qd8-2 4gid-4 2xfk-d 4b70-d 5qco-1 1xn3-4 1m4h-2 4zsq-2 5qd6-1 5ygx-d 2wf4-d 2f3f-2 7dcz-d 3dv1-1 1sgz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.077, 103.090, 100.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E6J / (4S)-4-[(1R)-1-hydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-19-(methoxymethyl)-11,16-dioxa-3-azatricyclo[15.3.1.1~6,10~]docosa-1(21),6(22),7,9,17,19-hexaen-2-one 分子量: 546.697 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₂N₂O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD EXCESS OF BMC017 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (2.0% DMSO IN DROP). CRYO- PROTECTANT WAS 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25%(V/V)GLYCEROL, 2.0% DMSO, 1MM BMC017.

結晶

マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00003
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.894 Å / Num. obs: 55796 / % possible obs: 99.3 % / R_merge(I) obs: 0.082

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→46.89 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	2816	5.05 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.16	55796	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8903	0	120	286	9309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.916	12601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.305	5412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1615

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5429	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5429	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5429	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5431	0.2562	120	0.1934	2532	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5431-2.5894	0.2299	150	0.1851	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6392	0.2616	140	0.1866	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6392-2.693	0.2508	145	0.1797	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.7516	0.2209	136	0.1754	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-2.8156	0.2324	126	0.1747	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.886	0.2168	162	0.173	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.964	0.2183	141	0.1727	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.0512	0.2553	140	0.1658	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0512-3.1497	0.243	152	0.1679	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2622	0.2274	138	0.166	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2622-3.3928	0.2325	160	0.1633	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.5472	0.2088	157	0.1599	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5472-3.7341	0.2135	137	0.1565	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7341-3.968	0.1844	128	0.139	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.968-4.2741	0.175	137	0.1348	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2741-4.7039	0.1757	139	0.12	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7039-5.3837	0.1459	124	0.1393	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3837-6.7796	0.2091	150	0.1697	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7796-46.902	0.1874	134	0.1766	2588	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1565	-0.2613	0.0542	0.4516	-0.0887	0.1346	-0.1422	-0.2686	0.3206	0.3521	0.0084	-0.2769	-0.2052	0.0035	0.0025	0.397	-0.0116	-0.0809	0.2963	0.0152	0.2004	42.8823	7.9349	27.761
2	0.6715	-0.0466	0.0273	0.9672	-0.1379	0.7035	-0.0762	0.1743	0.1946	-0.002	-0.027	-0.1353	-0.2398	0.0838	-0.0001	0.375	-0.0457	-0.0303	0.2933	0.0411	0.2388	43.2996	10.3899	15.0759
3	0.4424	0.1113	-0.2946	0.933	-0.1543	0.6173	0.0351	0.1828	-0.1169	-0.0155	0.1249	0.2612	-0.0768	-0.0614	0.0486	0.2299	0.0397	-0.0041	0.2521	0.0364	0.2693	23.2456	-8.4252	20.0307
4	0.8936	0.0545	0.3976	0.404	-0.2985	0.4934	-0.076	0.147	0.1189	0.3266	0.1501	0.1742	-0.2788	-0.1338	0.0648	0.3929	0.1186	0.0927	0.1388	0.0498	0.2226	22.7704	-4.8628	31.2134
5	1.6938	0.2107	0.7777	0.1866	0.3037	0.699	-0.0334	0.3114	0.3481	0.0736	0.0081	0.1225	-0.285	0.0615	-0.0405	0.3192	0.066	0.0122	0.1662	0.0051	0.2745	23.7507	-0.7741	23.3651
6	0.2312	-0.2925	0.2052	0.3164	-0.2163	0.2262	0.003	0.1594	-0.1621	0.0122	0.0618	0.1225	-0.1918	-0.2257	0.002	0.2587	0.0384	0.0466	0.2219	0.0022	0.1821	34.1127	-13.0122	24.6434
7	0.4394	0.394	-0.0356	0.8745	0.136	0.0504	0.4813	-0.5916	-0.3576	0.3183	-0.1779	-0.198	0.125	-0.2775	0.0825	0.3582	-0.0549	-0.0283	0.4249	0.1148	0.291	19.3294	11.2066	-1.7362
8	0.3409	-0.2578	0.1646	0.2729	0.025	0.3659	0.1471	-0.2967	-0.3902	-0.0238	-0.1127	0.2172	0.161	-0.4949	0.147	0.2081	-0.0522	-0.0057	0.5153	0.054	0.3055	6.1792	12.1526	-8.6787
9	0.4531	0.2862	-0.2007	0.192	-0.035	0.7767	0.1336	-0.2792	-0.0973	0.054	-0.0994	0.1099	-0.0024	-0.3559	-0.001	0.2652	-0.0022	-0.0409	0.317	0.0568	0.2615	16.0307	16.0305	-10.5733
10	0.6522	0.4009	0.0862	0.557	-0.14	0.7783	-0.0568	0.2667	-0.4469	-0.1429	0.1562	-0.1618	0.0316	0.1045	0.009	0.2113	-0.0183	-0.0014	0.2376	-0.12	0.3673	31.471	6.822	-27.1502
11	0.357	-0.1892	0.355	0.4614	0.0031	0.5369	0.1513	0.1822	-0.6152	-0.2084	-0.1185	-0.3261	0.1978	0.2495	0.2188	0.2538	0.0513	-0.0888	0.1035	0.0053	0.5824	36.497	0.4418	-18.6179
12	0.2448	-0.1027	-0.2325	0.0724	0.0573	0.3794	0.1179	-0.0605	-0.2418	0.1894	-0.1051	-0.165	0.0389	-0.166	0.0175	0.2331	-0.0382	-0.0458	0.1496	0.0248	0.351	28.432	8.2307	-18.7085
13	0.4171	0.3546	0.1879	0.2969	0.1571	0.0799	0.053	0.2284	-0.3907	-0.0651	0.0309	-0.0745	-0.0061	0.0928	-0.0007	0.2585	0.029	-0.0295	0.2644	0.0284	0.352	38.0171	14.2411	-21.0096
14	0.2723	-0.1738	-0.0867	0.1493	-0.0562	0.3257	0.0215	0.1994	-0.0434	0.0757	-0.0654	-0.0524	-0.1166	-0.5829	-0.0517	0.2276	-0.0223	-0.0267	0.3199	-0.0025	0.2371	-1.6858	-48.1678	35.5418
15	0.4545	0.0453	-0.0045	0.5549	-0.0429	0.714	-0.0376	-0.1357	-0.1466	0.1201	-0.0616	-0.0132	0.3214	-0.1775	0	0.3156	-0.0344	-0.0221	0.2971	0.0595	0.2992	3.7655	-54.5985	47.8665
16	0.2053	0.1384	-0.221	0.0847	-0.1379	0.21	-0.0726	0.2311	-0.0903	-0.0447	0.0241	0.0581	0.2629	-0.3005	0.0033	0.2459	0.0062	-0.046	0.2246	-0.0083	0.2396	7.5072	-49.0032	30.9437
17	0.5717	-0.0638	-0.3533	0.5148	-0.2337	0.3742	0.1548	-0.0622	-0.0262	0.0208	-0.1026	-0.0547	-0.0433	0.0354	0.0001	0.2281	0.0104	0.0116	0.2723	0.0056	0.2537	21.119	-32.1045	40.3684
18	0.508	0.3468	0.0819	0.9922	-0.1207	1.2972	0.2245	0.0727	0.1865	0.332	0.163	0.0254	-0.1088	-0.3544	1.0423	0.2345	0.105	0.1647	0.2891	0.112	0.2238	8.6577	-22.8393	41.4008
19	0.1933	0.114	-0.2242	0.2668	-0.0439	0.3453	0.0453	-0.0326	-0.0138	0.0502	-0.0609	-0.0381	-0.0398	0.0183	-0.0002	0.2008	0.0504	0.0082	0.2391	0.0334	0.2442	17.3924	-34.8131	32.8706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 21 THROUGH 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 267 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 317 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 318 THROUGH 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 25 THROUGH 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 94 THROUGH 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 267 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 268 THROUGH 317 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 318 THROUGH 349 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 350 THROUGH 385 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 25 THROUGH 135 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 136 THROUGH 183 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 184 THROUGH 252 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 253 THROUGH 327 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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