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- PDB-3upt: Crystal structure of a transketolase from Burkholderia pseudomall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upt
タイトルCrystal structure of a transketolase from Burkholderia pseudomallei bound to TPP, calcium and ribose-5-phosphate
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TPP / calcium-dependent / co-factor / e pentose phosphate pathway / Calvin cycle / tkt
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / THIAMINE DIPHOSPHATE / Transketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2011年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
B: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,16612
ポリマ－153,4552
非ポリマー1,71110
水14,790821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11610 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area40060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.980, 146.980, 142.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Transketolase


分子量: 76727.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I1195, tkt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SZA7, transketolase
#4: 糖 ChemComp-RP5 / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
b-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 829分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#5: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ButhA.01294.a.A1 at 38 mg/mL with 5 mM TPP, 5 mM ribose-5-phosphate, 5 mM CaCl2 against PACT screen condition G2, 0.2 M NaBr, 0.1 M BisTris propane pH 7.5, 20% PEG 3350 cryo-protected with ...詳細: ButhA.01294.a.A1 at 38 mg/mL with 5 mM TPP, 5 mM ribose-5-phosphate, 5 mM CaCl2 against PACT screen condition G2, 0.2 M NaBr, 0.1 M BisTris propane pH 7.5, 20% PEG 3350 cryo-protected with crystallant, compounds and 25% ethylene glycol; crystal tracking ID 227593g2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 61439 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.634 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 17.52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.4-2.460.5584.92533464471100
2.46-2.530.4985.52526414397100
2.53-2.60.4645.94507854245100
2.6-2.680.4096.72494684133100
2.68-2.770.3627.56484494048100
2.77-2.870.2949.16464343880100
2.87-2.980.25310.69445263742100
2.98-3.10.20213.36430093613100
3.1-3.240.17415.23412303489100
3.24-3.390.13519.26392933322100
3.39-3.580.11322.64376123204100
3.58-3.790.09127.45349062995100
3.79-4.060.07830.87330502845100
4.06-4.380.0734.2307352654100
4.38-4.80.06834.84280942451100
4.8-5.370.0733.26255572252100
5.37-6.20.08627.7922102199299.9
6.2-7.590.0732.4719221169799.9
7.59-10.730.04150.0914895134699.8
10.730.03651.1692766382.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UK1

3uk1


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.1626 / WRfactor Rwork: 0.1239 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8818 / SU B: 10.932 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.3216 / SU Rfree: 0.2122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2001 3115 5.1 %RANDOM
Rwork0.1509 ---
obs0.1534 61438 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.68 Å2 / Biso mean: 19.5631 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10046 0 86 821 10953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01910393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.94314172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23451340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37223.535447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.518151531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1621565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218027
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 202 -
Rwork0.191 3942 -
all-4144 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24390.058-0.10650.1059-0.12620.2111-0.00690.01850.0163-0.01070.0141-0.0062-0.00530.0385-0.00720.0154-0.01850.01250.066-0.00280.026654.513829.7458-43.6674
20.26460.1293-0.17380.0742-0.04770.2682-0.001-0.0108-0.0110.0017-0.0011-0.00020.00980.02190.00210.02170.00430.01130.03790.00640.027448.734321.332-31.5655
30.26210.0958-0.04680.48880.08990.23110.01770.0125-0.01140.0061-0.02610.05440.0085-0.02920.00840.0119-0.00860.00930.02790.01040.052118.894812.2374-21.9094
40.07090.00690.07510.19230.03080.32010.0088-0.01880.0277-0.00260.00790.0076-0.1053-0.0011-0.01680.0673-0.00710.02590.0091-0.00480.050129.701752.4649-22.0991
50.07450.06360.0280.16790.0480.3530.00730.02260.0354-0.01860.01960.0703-0.0532-0.0015-0.02690.0380.01520.00840.01620.02360.058422.778148.4777-35.3471
60.29230.1688-0.07240.45450.10980.2639-0.05520.04550.0112-0.04020.04630.07180.0154-0.03360.00890.0213-0.0181-0.02330.05060.02310.048514.516220.5143-49.5517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2A265 - 487
3X-RAY DIFFRACTION3A488 - 690
4X-RAY DIFFRACTION4B22 - 264
5X-RAY DIFFRACTION5B265 - 487
6X-RAY DIFFRACTION6B488 - 690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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