PDB-3u0a: Crystal structure of an Acyl-CoA thioesterase II TesB2 from Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u0a

タイトル

Crystal structure of an Acyl-CoA thioesterase II TesB2 from Mycobacterium marinum

要素

Acyl-CoA thioesterase II TesB2

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Acyl-CoA thioesterase II

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / fatty acid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Staker, B.L. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月25日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u0a.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u0a.ent.gz	166.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u0a_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u0a_full_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示
XML形式データ	3u0a_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	3u0a_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1c8uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vrr-d 4q8b-1 5oxl-d 4q89-1 3uae-d 6vl4-1 3zdw-d 6hsw-1 4ryx-d 4m8j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MymaA.00458.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

B: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

ヘテロ分子

63.9 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

B: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

B: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

B: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

B: Acyl-CoA thioesterase II TesB2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.130, 138.160, 81.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-CoA thioesterase II TesB2 分子量: 31489.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: tesB2, MMAR_2095 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2HN47
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MymaA.00458.a at 47 mg/ml, 1% PEG 3350, 1000 mM ammonium sulfate, 25% PEG 3350 cryo, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20168 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 38.506 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 20.29

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.5-2.56		0.456	4.2	9818	1493	100
2.56-2.64		0.415	4.7	9398	1431	100
2.64-2.71		0.344	5.6	9208	1401	100
2.71-2.8		0.284	6.7	8902	1353	99.9
2.8-2.89		0.226	8.4	8734	1331	100
2.89-2.99		0.181	10.2	8254	1256	100
2.99-3.1		0.143	13	8179	1249	100
3.1-3.23		0.115	15.9	7748	1184	99.9
3.23-3.37		0.088	19.8	7546	1151	100
3.37-3.54		0.074	23.4	7118	1097	100
3.54-3.73		0.068	26.2	6383	1038	97.7
3.73-3.95		0.054	31.3	6265	981	99.8
3.95-4.23		0.042	37.9	6011	934	100
4.23-4.56		0.039	41.6	5565	872	100
4.56-5		0.037	42.2	5048	801	99.6
5-5.59		0.045	36.5	4591	732	99.5
5.59-6.46		0.045	34.6	4006	654	99.5
6.46-7.91		0.034	40.1	3586	560	99.1
7.91-11.18		0.02	58.1	2730	440	98.9
	11.18	0.024	53.9	1227	210	77.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.7 Å
Translation	2.5 Å	19.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1c8u

1c8u

解像度: 2.5→19.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 16.874 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1022	5.1 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
obs	0.241	20154	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.567 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3875	0	49	109	4033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.95	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	6411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.286	5	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.2	23.191	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.401	15	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.685	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.475	59	-
R_work	0.402	1305	-
all	-	1364	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8264	-0.8101	0.2913	0.7798	0.8623	1.7411	0.0015	-0.6324	0.0849	0.0573	-0.0786	-0.0739	0.1387	-0.4413	0.0771	0.5219	-0.0461	0.0263	0.6826	0.018	0.369	38.441	17.713	38.677
2	1.6719	-0.3592	0.4965	0.1262	-0.2942	0.9295	0.0227	-0.2	0.1188	-0.034	0.01	-0.0362	0.0303	-0.0079	-0.0327	0.5012	-0.0048	-0.0023	0.4896	-0.0476	0.4157	33.628	20.991	27.709
3	8.452	0.559	1.6026	1.6089	1.815	2.1702	0.3255	-0.6852	-0.5521	0.0101	-0.1338	-0.1235	0.0689	-0.3067	-0.1918	0.4675	-0.1323	0.0728	0.6522	0.071	0.4029	8.392	13.231	37.446
4	0.9776	0.1183	0.1208	0.8488	1.1581	1.8384	0.1098	-0.0425	-0.0745	0.2248	-0.0436	-0.036	0.0837	-0.2028	-0.0662	0.4333	-0.018	0.035	0.5368	0.0038	0.4834	16.933	15.133	32.753
5	3.1214	-3.3893	-0.3548	9.7103	-2.0016	0.9904	-0.5324	-1.7807	-0.8906	0.3374	0.7251	1.4071	0.0716	0.6644	-0.1927	0.5704	0.1305	0.1918	1.2825	0.3399	0.7175	19.738	-4.366	27.329
6	0.1941	0.1972	-0.5293	0.2052	-0.5508	1.4785	0.0498	0.0687	0.092	0.0333	0.0845	0.0501	-0.0929	-0.2409	-0.1343	0.4889	0.0037	0.0152	0.5357	-0.0867	0.5135	18.758	16.796	26.617
7	2.5539	-2.3604	-0.2019	5.2426	1.4808	1.1648	-0.0813	-0.1687	-0.1382	0.1432	0.2518	0.0702	0.0039	-0.008	-0.1705	0.4437	-0.0738	0.0535	0.4397	0.0344	0.4597	18.627	11.616	25.243
8	1.525	0.4909	0.9402	0.3548	0.4736	0.7613	-0.0578	0.3816	-0.241	-0.0939	0.0665	0.0186	-0.1198	0.0712	-0.0087	0.4909	0.0127	-0.01	0.5671	-0.0231	0.438	38.294	11.641	4.311
9	2.1467	0.8004	-0.7629	0.4065	-0.5105	0.9552	0.0332	0.0342	0.0387	0.0766	-0.1159	-0.015	-0.0294	0.0422	0.0827	0.4834	0.036	-0.0053	0.4631	-0.027	0.4289	36.709	14.049	12.367
10	1.8937	-0.9418	0.7395	0.92	1.0104	4.4991	0.271	0.3481	0.2714	-0.3568	-0.4458	-0.1008	-0.5873	-0.6661	0.1748	0.5576	0.1723	0.0433	0.6868	0.0391	0.4433	11.726	20.742	-0.683
11	6.0024	-2.5508	-3.403	3.0829	3.3424	3.798	0.542	0.297	0.0436	0.1871	-0.4294	-0.0206	0.2639	-0.4202	-0.1126	0.7151	0.1634	-0.0643	0.5591	-0.0417	0.2717	18.479	15.305	0.371
12	1.2512	-1.3763	-0.3218	1.8454	0.5061	0.277	0.0889	0.1877	-0.0926	-0.4791	0.1153	0.1268	-0.2308	0.0646	-0.2042	0.6482	-0.1449	-0.0234	0.5561	0.0351	0.4415	23.015	22.323	7.217
13	1.1059	-0.9686	0.1168	0.8588	-0.0967	0.0694	0.0441	0.247	0.024	0.0587	-0.17	-0.0204	0.0776	-0.1	0.1258	0.5473	0.0388	0.0549	0.5926	-0.0296	0.4418	18.287	19.664	9.825
14	111.3498	-34.3843	1.874	14.5533	8.0313	18.8781	3.0963	0.7841	2.2442	-2.1988	-0.5955	-1.7618	-2.6071	-0.433	-2.5009	1.0061	0.1602	0.4507	0.0462	0.0531	0.6652	21.966	45.418	15.354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	161 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	208 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	216 - 252
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	253 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 59
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	60 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	118 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	162 - 183
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	184 - 229
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	230 - 271
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	272 - 278

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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