+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5oxl | |||||||||
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Title | PepTSt in complex with dipeptide Ala-Leu | |||||||||
Components | Di-or tripeptide:H+ symporter | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Alpha-helical membrane protein / MFS fold / membrane protein / peptide transporter | |||||||||
Function / homology | Function and homology information oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptococcus thermophilus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.66 Å | |||||||||
Authors | Martinez Molledo, M. / Quistgaard, E.M. / Loew, C. | |||||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2018 Title: Multispecific Substrate Recognition in a Proton-Dependent Oligopeptide Transporter. Authors: Martinez Molledo, M. / Quistgaard, E.M. / Flayhan, A. / Pieprzyk, J. / Low, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5oxl.cif.gz | 195 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5oxl.ent.gz | 156 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5oxl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5oxl_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5oxl_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 5oxl_validation.xml.gz | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5oxl_validation.cif.gz | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/5oxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/5oxl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5oxkC 5oxmC 5oxnC 5oxoC 5oxpC 5oxqC 6eiaC 4d2bS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 53648.074 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (bacteria) Strain: ATCC BAA-250 / LMG 18311 / Gene: dtpT, stu0970 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: Q5M4H8 |
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-Non-polymers , 8 types, 49 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-78N / ( #6: Chemical | ChemComp-78M / ( | #7: Chemical | ChemComp-ALA / | #8: Chemical | ChemComp-LEU / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: lipidic cubic phase Details: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.15 M ammonium phosphate monobasic, 18% (v/v) PEG 400, 5 mM Ala-Leu |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.966 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.66→46.27 Å / Num. obs: 19071 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 49.82 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1076 / Net I/σ(I): 9.58 |
Reflection shell | Resolution: 2.66→2.75 Å / Redundancy: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 2881 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 96.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4D2B Resolution: 2.66→46.266 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.73
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.66→46.266 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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