PDB-3tth: Structure of the spermidine N1-acetyltransferase (speG) from Coxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tth

タイトル

Structure of the spermidine N1-acetyltransferase (speG) from Coxiella burnetii

要素

Spermidine N1-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Central intermediary metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.298 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.3	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3tth_full_validation.pdf.gz	594 KB	表示
XML形式データ	3tth_validation.xml.gz	76.8 KB	表示
CIF形式データ	3tth_validation.cif.gz	93.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tth	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ix3-d 6cy6-d 3ld2-2 1s7k-d 6ije-d 6y5s-d 4m6a-5 3gj0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

D: Spermidine N1-acetyltransferase

E: Spermidine N1-acetyltransferase

F: Spermidine N1-acetyltransferase

G: Spermidine N1-acetyltransferase

H: Spermidine N1-acetyltransferase

I: Spermidine N1-acetyltransferase

J: Spermidine N1-acetyltransferase

K: Spermidine N1-acetyltransferase

L: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

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1

A: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

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2

B: Spermidine N1-acetyltransferase

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6

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7

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8

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9

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13

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

D: Spermidine N1-acetyltransferase

E: Spermidine N1-acetyltransferase

F: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine N1-acetyltransferase

B: Spermidine N1-acetyltransferase

C: Spermidine N1-acetyltransferase

D: Spermidine N1-acetyltransferase

E: Spermidine N1-acetyltransferase

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14

G: Spermidine N1-acetyltransferase

H: Spermidine N1-acetyltransferase

I: Spermidine N1-acetyltransferase

J: Spermidine N1-acetyltransferase

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L: Spermidine N1-acetyltransferase

ヘテロ分子

G: Spermidine N1-acetyltransferase

H: Spermidine N1-acetyltransferase

I: Spermidine N1-acetyltransferase

J: Spermidine N1-acetyltransferase

K: Spermidine N1-acetyltransferase

L: Spermidine N1-acetyltransferase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	177.887, 106.842, 143.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2
6	2
7	2
8	2
9	2
10	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 100:100 )
2	1	1	chain D and (resseq 100:100 )
1	1	2	chain B and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
2	1	2	chain C and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
3	1	2	chain E and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
4	1	2	chain F and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
5	1	2	chain G and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
6	1	2	chain H and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
7	1	2	chain I and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
8	1	2	chain J and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
9	1	2	chain K and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )
10	1	2	chain L and (resseq 5:26 or resseq 30:99 or resseq 101:167 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Spermidine N1-acetyltransferase 分子量: 20248.717 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: speG, CBU_1678 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83B40, diamine N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200 mM LiSO4, 100 mM Imid ph 8.0, 10% PEG 3000, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月25日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→100 Å / Num. all: 42035 / Num. obs: 41951 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 99.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.3-3.36	7.2	0.422	1	100
3.36-3.42	7.6	0.399	1	100
3.42-3.48	7.9	0.365	1	100
3.48-3.55	8.2	0.278	1	100
3.55-3.63	8.3	0.259	1	100
3.63-3.72	8.4	0.243	1	100
3.72-3.81	8.4	0.207	1	100
3.81-3.91	8.4	0.157	1	100
3.91-4.03	8.4	0.137	1	100
4.03-4.16	8.4	0.108	1	100
4.16-4.31	8.4	0.096	1	100
4.31-4.48	8.4	0.088	1	100
4.48-4.68	8.3	0.078	1	100
4.68-4.93	8.3	0.074	1	100
4.93-5.24	8.3	0.071	1	100
5.24-5.64	8.3	0.069	1	100
5.64-6.21	8.3	0.074	1	100
6.21-7.11	8.2	0.064	1	100
7.11-8.96	8	0.049	1	100
8.96-100	7.3	0.041	1	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.298→43.747 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.99 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2886	2113	5.05 %
R_work	0.2384	-	-
obs	0.2409	41866	99.61 %
all	-	43979	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 76.422 Å² / k_sol: 0.282 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.2969 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.9251 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.3336 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.298→43.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16372	0	30	6	16408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	16736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	22499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.674	6359
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2855

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	12	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	12	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
2	1	B	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.14
2	3	E	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.135
2	4	F	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
2	5	G	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
2	6	H	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.132
2	7	I	1328	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.118
2	8	J	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.133
2	9	K	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
2	10	L	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.14

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2985-3.4163	0.3273	207	0.2862	3862	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4163-3.553	0.3369	214	0.2864	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.553-3.7147	0.355	212	0.2905	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7147-3.9104	0.3285	182	0.264	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9104-4.1552	0.2876	221	0.2283	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1552-4.4757	0.2361	216	0.2096	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4757-4.9256	0.257	216	0.1913	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9256-5.6371	0.2612	220	0.2046	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6371-7.0972	0.3345	222	0.2765	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0972-43.7504	0.2806	203	0.2405	4168	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9531	-0.0291	5.1113	7.4017	1.5737	9.9449	-0.5541	-1.5874	0.5447	0.6981	0.445	0.0179	-0.3009	0.5004	0.1842	0.6015	0.0337	0.1292	1.1154	-0.0679	0.6997	22.149	12.3165	-34.901
2	3.4957	1.3251	-1.5978	9.6455	8.8312	2.018	-0.635	-0.8271	0.8034	-0.4653	1.2105	-1.3997	-0.2585	1.168	-0.6917	0.5488	-0.0814	-0.0537	1.1425	-0.1478	1.0267	32.8028	12.6252	-46.3627
3	2.1315	-0.7215	-0.9645	1.1524	-0.4905	2.1675	0.0915	-1.2004	1.2638	0.2458	0.7968	-0.9923	-1.0584	2.1638	-0.6331	0.9025	-0.4825	0.0906	1.8604	-0.4481	1.2292	36.9428	21.365	-40.4295
4	7.643	2.4212	-0.7614	9.8773	-3.1409	8.1007	0.4579	0.6158	0.3669	-0.4629	-0.393	0.1508	-0.5486	0.4346	0.0728	1.3062	-0.0622	0.2109	0.6738	0.0312	0.7814	20.2049	15.4638	-70.0663
5	7.8617	0.0739	-7.9625	3.5767	4.8354	2.0464	0.8011	-0.9763	0.4428	-1.1233	-0.626	-0.742	-0.4613	0.0328	-0.1113	1.3463	-0.0763	0.2916	0.5937	0.258	0.8982	23.8372	25.6025	-58.6142
6	1.3536	-0.5065	1.52	2.6497	-1.027	1.5384	1.0116	1.1697	0.878	-1.0711	0.0004	-1.0226	-1.6376	2.0688	-0.0193	1.9759	-0.6039	0.9864	1.1791	0.4455	1.2602	33.4188	26.3746	-64.4376
7	9.0016	4.0792	1.3396	8.4133	1.9405	2.3839	0.1265	-1.1525	0.7196	-0.5067	-0.3186	0.5682	-0.9918	-0.7499	0.2012	0.9195	0.1115	0.0166	0.551	-0.0127	0.6531	0.174	24.7396	-34.9504
8	6.6251	-2.5016	-5.854	5.083	4.9763	2.0374	0.0235	-0.2293	1.2022	-1.1275	-0.4588	0.0608	-0.2854	-0.0968	0.5734	1.3537	-0.0207	0.0471	0.4451	-0.0276	1.1825	5.5775	34.1724	-46.2849
9	3.1838	-0.7221	0.8065	1.0718	-0.936	0.7309	0.3193	-2.068	1.8368	-0.5324	0.1508	0.1216	-1.8399	-0.849	0.0015	2.04	0.1667	0.0773	0.0079	-0.2426	1.3321	0.066	42.0204	-40.1667
10	8.5426	-1.9727	2.1013	6.1231	-2.097	7.9476	-0.0454	0.76	-0.5649	-0.2506	-0.0087	-0.3573	0.2506	0.2957	0.2181	1.3015	0.1976	0.2076	0.5972	0.1029	0.9899	-3.9165	25.048	-70.0818
11	9.7886	3.7535	-7.0836	7.4058	-6.9651	2.0492	0.6555	1.0485	1.4108	0.7574	-0.0101	-0.0742	-0.8455	-0.5764	-0.5263	1.1854	0.3155	-0.0413	0.6259	0.1724	1.0561	-10.2403	33.7218	-58.5317
12	1.7824	0.6108	0.526	0.644	0.7285	0.6211	-0.1095	1.4078	1.6313	-0.5458	-0.1296	-0.335	-1.1603	0.1891	0.2955	2.3911	0.4957	0.2406	0.3866	0.5691	1.535	-5.9036	42.2705	-64.3783
13	6.802	-1.4956	-2.6403	2.3377	3.1911	9.7786	-0.1008	-0.4765	-0.0021	0.9026	-0.033	0.2476	0.0465	-0.4115	0.2719	0.8361	0.2071	-0.0504	0.6928	-0.0202	0.7369	-22.1063	12.7715	-34.9245
14	1.7827	0.9838	0.7689	1.4776	-0.3328	1.2959	0.2779	0.1095	0.4788	0.153	-0.1317	0.4868	-0.634	-1.0421	-0.1111	0.9918	0.5857	0.0228	1.2206	-0.1761	0.9395	-35.1662	21.5173	-41.5039
15	2.4447	2.6961	3.3182	7.2226	0.3046	7.5979	-0.2725	0.8192	0.5736	-0.6969	0.0892	-0.0148	-0.5053	0.0055	0.1439	0.8766	0.2766	-0.0162	0.9134	0.068	0.7148	-23.5773	9.2278	-69.9181
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19	4.4267	-2.7516	3.5512	8.3351	-7.1968	2.0358	-0.4445	-0.6523	-0.1055	-0.2867	1.134	1.065	-0.2071	-1.0683	-0.5585	0.7484	0.1109	-0.1009	2.2523	-0.2895	0.8264	-35.5188	0.0711	12.4749
20	1.4813	0.9302	-0.4202	4.0985	-0.0934	0.2778	-0.3911	0.6869	0.1618	-1.3455	0.5241	0.8963	-0.4273	-1.561	-0.2348	1.2261	0.1886	-0.3454	2.4065	-0.1211	1.0224	-42.2345	6.0525	5.4329
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23	2.0009	2.0091	1.648	9.8796	-1.7728	2.0103	0.6705	1.0951	0.0285	-0.0514	0.2061	1.2563	1.5384	-0.9058	-0.8457	1.0514	0.1286	-0.154	1.2795	-0.2188	0.9195	-26.4371	-0.052	29.4051
24	2.0549	3.1035	-3.5336	2.0206	-5.5919	8.0835	-0.204	0.0214	-0.2305	0.0149	-0.3023	-0.4594	-0.2259	-0.1979	0.4201	0.7241	0.325	-0.1668	1.2326	-0.2733	0.9176	-17.3952	5.5521	29.9327
25	4.5832	-2.2255	1.2036	5.1213	-0.8345	2.0079	-0.1516	-0.9138	0.6758	1.662	0.1966	-0.5706	-0.446	-0.5141	0.0895	1.3436	0.8947	-0.3006	1.5831	-0.2143	0.9309	-27.4634	14.0737	40.6629
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29	3.184	0.6552	0.3692	1.9918	0.2216	0.8117	-0.7924	1.8945	1.0491	-0.8962	0.3492	0.2624	-1.8063	-1.0526	0.3544	2.1348	0.4764	-0.3852	1.9355	0.3001	1.1288	-15.2672	39.873	6.3897
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32	5.2298	-0.1624	0.2026	2.8096	-0.7944	2.2913	0.3322	-0.6758	1.5643	0.4167	-0.3391	0.4081	-2.0031	-0.6509	0.0518	2.0326	0.336	-0.2538	1.0388	-0.2063	1.1798	-9.4696	41.9228	30.3063
33	5.0359	-0.158	-2.6532	2.2145	-0.7089	4.5059	0.6194	1.2103	-0.5673	-1.1011	-0.5135	0.779	0.2368	0.0529	-0.0482	1.2742	-0.1636	-0.2855	1.4264	-0.1247	0.9466	15.9171	20.0247	0.921
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36	8.721	2.3205	3.347	6.7969	1.9925	8.7133	0.2312	-1.5011	0.07	1.1995	-0.4928	1.1995	0.3718	-0.4119	0.256	0.6986	-0.1822	0.24	0.9381	0.1705	0.7567	20.4367	17.3797	41.3575
37	7.141	1.2655	-0.25	7.1968	3.1972	10.0663	-0.683	0.1342	-0.5243	-0.2742	0.3085	0.4956	-0.9529	0.7166	0.3797	0.5652	-0.2649	-0.0323	0.9759	0.2229	0.8196	17.8118	16.9849	33.6025
38	4.1654	0.4988	-4.5182	9.7548	9.0539	2.0355	-0.3988	0.3379	0.6115	-2.5032	0.1132	-0.3364	0.5971	0.5267	-0.2149	-0.2831	-1.0358	-0.5049	1.4756	0.3723	0.8705	29.0099	19.6769	24.5363
39	2.7306	-0.1702	0.87	1.0162	-0.7592	1.6776	-0.4357	-0.2296	0.6664	0.3585	0.0062	-0.3482	-1.6469	1.1116	0.303	1.0681	-0.7473	-0.2568	1.5376	0.2113	0.8129	31.125	29.0446	30.3674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:76)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 77:91)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 92:168)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 5:76)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 77:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 92:168)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 5:76)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 77:91)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 92:167)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 5:76)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 77:91)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resseq 92:168)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resseq 5:76)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resseq 77:167)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resseq 5:76)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resseq 77:91)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resseq 92:168)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resseq 5:76)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resseq 77:91)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resseq 92:155)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resseq 156:169)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resseq 5:26)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resseq 27:40)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resseq 41:57)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resseq 58:76)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resseq 77:91)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resseq 92:168)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'I' and (resseq 5:91)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resseq 92:167)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'J' and (resseq 5:76)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'J' and (resseq 77:91)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'J' and (resseq 92:168)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'K' and (resseq 5:76)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'K' and (resseq 77:91)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'K' and (resseq 92:167)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'L' and (resseq 5:26)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'L' and (resseq 29:76)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'L' and (resseq 77:91)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'L' and (resseq 92:168)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)