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- PDB-6cy6: Crystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cy6
タイトルCrystal structure of spermidine/spermine N-acetyltransferase SpeG from Escherichia coli in complex with tris(hydroxymethyl)aminomethane.
要素Spermidine N(1)-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SpeG / spermidine / GNAT / N-acetyltransferase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


diamine N-acetyltransferase complex / polyamine catabolic process / spermine catabolic process / spermidine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / coenzyme A metabolic process / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spermidine N(1)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Analysis of crystalline and solution states of ligand-free spermidine N-acetyltransferase (SpeG) from Escherichia coli.
著者: Filippova, E.V. / Weigand, S. / Kiryukhina, O. / Wolfe, A.J. / Anderson, W.F.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine N(1)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,05817
ポリマ－21,9201
非ポリマー1,13816
水1,892105
1
A: Spermidine N(1)-acetyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,694204
ポリマ－263,04012
非ポリマー13,654192
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z1
crystal symmetry operation6_655x-y+1,x,z1
crystal symmetry operation7_558y,x,-z+31
crystal symmetry operation8_678x-y+1,-y+2,-z+31
crystal symmetry operation9_768-x+2,-x+y+1,-z+31
crystal symmetry operation10_778-y+2,-x+2,-z+31
crystal symmetry operation11_658-x+y+1,y,-z+31
crystal symmetry operation12_568x,x-y+1,-z+31
Buried area75860 Å2
ΔGint-1536 kcal/mol
Surface area78120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.499, 107.499, 65.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Spermidine N(1)-acetyltransferase / SAT / Spermidine/spermine N(1)-acetyltransferase / SSAT


分子量: 21920.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: speG, b1584, JW1576 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: P0A951, diamine N-acetyltransferase

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非ポリマー , 6種, 121分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris, 50% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月15日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 22903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.048 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 51.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1109 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R9M

4r9m


解像度: 1.75→93.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.547 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20067 1144 5 %RANDOM
Rwork0.15352 ---
obs0.15587 21759 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0.16 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→93.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 65 105 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0981.9772133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00533381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0255182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24623.44887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.26615274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.061513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2372.035711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2252.026709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1483.028898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1463.034899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3172.737862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.282.724859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2043.9091230
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.60725.4021715
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.52625.121702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 88 -
Rwork0.19 1576 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4601-1.10690.02441.92140.45491.27160.00030.28860.0823-0.2386-0.01840.10210.0522-0.07160.0180.0517-0.0227-0.01450.03770.00190.01869.344273.674375.0326
24.2768-1.54481.02940.8942-0.02490.6119-0.0604-0.0758-0.33160.01370.02350.2149-0.0197-0.02470.03690.05350.00690.00080.02930.01560.114762.399965.327386.5084
31.14720.12250.13710.7625-0.28590.4026-0.03910.0892-0.0342-0.11020.04330.00840.09240.0317-0.00430.0745-0.0002-0.01560.0353-0.02090.023375.026267.465183.4306
43.8351.0702-0.90190.7564-0.35480.574-0.08240.0736-0.4012-0.0570.0119-0.1421-0.019-0.06260.07050.05040.0296-0.01150.0234-0.02010.066673.233752.762388.9859
52.1502-1.58970.72763.8788-2.12071.89170.15380.2428-0.1749-0.1305-0.2491-0.5750.10720.24270.09530.07270.0483-0.00810.1106-0.03640.293791.409563.508988.0334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2A25 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4A135 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5A163 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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