PDB-4ygo: Dodecameric structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ygo

タイトル

Dodecameric structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae in intermediate state

要素

Spermidine n1-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SpeG / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

polyamine catabolic process / spermine catabolic process / spermidine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Substrate-Induced Allosteric Change in the Quaternary Structure of the Spermidine N-Acetyltransferase SpeG.
著者: Filippova, E.V. / Weigand, S. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.5	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ygo.cif.gz	442.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ygo.ent.gz	366.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ygo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ygo_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ygo_full_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示
XML形式データ	4ygo_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	4ygo_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4ygo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4ygo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jlyC 5cnpC 3eg7 PDB 未公開エントリS 4jjx 4mhd 4mi4 4mj8 4ncz 4r57 4r87 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cx8-1 4r9m-1 6vfm-1 4jly-1 5ix3-1 5ug4-1 7kwx-1 4jjx-1 5wif-1 6d72-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp01616

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

D: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

E: Spermidine n1-acetyltransferase

F: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

D: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

E: Spermidine n1-acetyltransferase

F: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

D: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

E: Spermidine n1-acetyltransferase

F: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
249 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.118, 135.793, 72.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.572187, -0.040617, -0.819116), (0.048787, -0.99869, 0.015441), (-0.81867, -0.031127, 0.573419)	4.72499, 178.90036, 2.0502
3	given	(-0.158355, -0.781637, -0.603298), (0.77485, -0.477083, 0.414727), (-0.611989, -0.401791, 0.6812)	70.63577, 131.01723, 35.26604
4	given	(0.62751, -0.758127, -0.177412), (0.747195, 0.522282, 0.411001), (-0.218931, -0.390469, 0.894205)	67.11399, 40.35147, 33.76793
5	given	(0.63343, 0.743532, -0.214305), (-0.759131, 0.543445, -0.358311), (-0.149952, 0.389651, 0.908673)	-64.79691, 39.72213, -32.54556
6	given	(-0.234689, 0.709998, -0.663946), (-0.707463, -0.593172, -0.384244), (-0.666646, 0.379539, 0.641508)	-60.5214, 141.73587, -32.84689

#1: タンパク質	Spermidine n1-acetyltransferase 分子量: 20703.385 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q9KL03
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.01 M CaCl2, 0.1 M Tris HCl, 20% Methanol, 25 % MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 46610 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 54.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
BLU-MAX		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EG7

3eg7
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 20.949 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25274	2408	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18011	-	-	-
obs	0.18368	44197	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.99 Å²	-0 Å²	-1.54 Å²
2-	-	0.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8611	0	8	144	8763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	8821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.935	11891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.052	3	18956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.202	5	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.805	24.011	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.511	15	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.158	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.979	3.934	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.978	3.934	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.069	5.889	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.069	5.889	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.532	4.203	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.532	4.204	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.846	6.211	6823
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.587	30.996	9704
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.58	30.961	9691
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.556 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	183	-
R_work	0.279	3013	-
obs	-	-	92.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6781	-1.7228	1.5014	5.8417	1.8488	5.8073	0.2397	0.4346	-0.1009	-0.5687	-0.12	-0.2076	0.0478	-0.5253	-0.1196	0.2143	-0.0482	0.0833	0.1998	-0.0143	0.0488	-29.276	-21.9357	0.3547
2	4.6487	0.5244	0.4213	4.5868	0.3416	0.4713	-0.3906	-0.3227	0.296	0.1921	0.1999	-0.0602	-0.1078	-0.1134	0.1907	0.2134	-0.0018	0.0179	0.1031	-0.0751	0.1721	-30.8919	-13.6603	11.396
3	4.6208	-0.0537	-0.9848	2.4528	-1.8783	7.63	0.0385	0.3263	-0.4523	-0.3648	0.0024	0.0651	0.5751	-0.0293	-0.0409	0.1455	-0.0235	0.0315	0.0739	-0.0188	0.1031	-32.0261	-25.6713	3.9822
4	7.8111	1.9539	-2.7102	5.0099	-1.7893	4.4943	0.1617	0.0295	-0.0768	0.1582	-0.5221	0.0511	0.2048	0.1605	0.3603	0.0807	-0.0563	0.0031	0.1421	-0.0189	0.1053	-44.5451	-27.9815	14.556
5	5.2207	3.2216	0.2426	5.299	-1.6946	4.8893	-0.2409	0.8218	0.0255	-0.7526	0.2909	0.3589	0.2746	-0.065	-0.0501	0.2932	-0.0064	0.026	0.3143	-0.0143	0.0918	-40.2016	-25.0044	-4.0128
6	1.3326	-0.2007	-0.0472	3.7303	-0.2663	2.5571	0.0118	0.3069	-0.0118	-0.555	-0.1075	0.4071	0.1108	-0.3267	0.0957	0.1108	-0.0599	-0.0537	0.2639	-0.0339	0.0512	-51.121	-21.0819	4.043
7	3.1507	0.4333	1.7779	7.4468	-1.6388	2.417	0.0436	-0.1088	-0.3544	-0.7465	-0.0208	-0.3828	0.1311	0.543	-0.0228	0.2488	-0.0133	0.121	0.4217	0.0684	0.1629	16.1105	-15.9292	24.8781
8	2.0143	-1.7931	2.772	5.5911	-0.4352	4.8652	0.2223	-0.0106	-0.1761	-0.2418	-0.1328	0.3597	0.2953	-0.0441	-0.0896	0.1519	0.0306	0.0873	0.1508	0.0931	0.165	7.9567	-23.2877	32.8345
9	0.5942	0.7998	-0.1539	2.2232	1.494	6.2684	0.0258	0.1157	0.0922	-0.1244	-0.0345	-0.175	-0.2716	0.4593	0.0088	0.0847	0.0357	0.0326	0.3118	0.0938	0.2086	15.9087	-11.3796	34.5745
10	6.2747	0.0391	-2.5655	8.4187	5.1612	7.0394	-0.1721	0.1636	-0.2125	-0.1327	0.1852	-0.6183	-0.2688	0.6531	-0.0131	0.0819	0.0274	0.0416	0.3739	0.0926	0.1541	27.0873	-13.7173	30.3925
11	1.133	-0.624	-0.0562	3.5553	-0.3787	1.5596	-0.1408	0.0269	0.0647	-0.0302	0.0637	-0.5745	-0.0121	0.4666	0.0771	0.0303	0.0052	0.0352	0.2965	0.0287	0.179	25.6544	-15.4438	44.7311
12	6.7367	2.6767	0.7379	2.7749	-0.4017	1.9904	0.0524	0.5002	-0.0098	-0.1452	-0.108	-0.1794	-0.0079	0.3137	0.0556	0.1542	-0.047	0.0455	0.1448	0.0242	0.17	2.7362	4.5954	17.5654
13	6.4756	-0.4456	0.6912	1.2479	1.12	3.1929	0.1004	-0.0665	-0.1697	0.2864	-0.0706	0.116	0.2483	0.228	-0.0298	0.1663	-0.0249	-0.0309	0.0567	-0.0022	0.1498	0.8716	-1.86	29.2734
14	3.8166	-1.67	-3.6016	2.0748	2.0752	6.9754	-0.0007	0.1817	0.257	-0.0984	0.202	-0.0403	-0.4453	0.1746	-0.2013	0.1352	-0.0969	-0.0241	0.1159	0.0189	0.1535	-2.0146	10.8774	24.3561
15	1.1609	1.3571	-0.4704	4.084	-4.5238	8.785	-0.0204	0.084	0.0815	-0.5387	-0.1814	-0.2107	0.0375	0.3091	0.2018	0.4821	-0.0642	0.1086	0.3033	0.0332	0.3431	9.8607	15.8525	17.752
16	6.2601	-0.4344	1.4353	0.5806	-0.9841	2.8762	-0.0968	0.2519	0.3929	-0.0462	-0.0834	-0.0605	-0.4201	0.2104	0.1802	0.287	-0.0809	-0.0131	0.0736	0.024	0.2153	1.7498	20.6319	28.4894
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23	3.0196	1.046	2.9711	0.7809	1.4353	4.5252	-0.2957	0.3427	0.2424	-0.2051	0.0561	-0.0137	-0.433	0.1576	0.2396	0.301	0.0573	-0.0561	0.0998	0.0658	0.1838	-33.8724	18.7677	12.8965
24	4.5937	1.4913	-0.4088	6.9286	0.8759	2.0045	0.0868	0.4689	-0.0535	0.0577	-0.3744	-0.7044	0.1203	0.17	0.2876	0.1501	-0.0366	0.0596	0.1841	0.0834	0.1793	-15.5718	-43.0494	8.3224
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28	4.3318	-1.3127	-0.01	0.4352	0.5036	8.8805	-0.1764	0.3335	0.0155	0.1019	-0.0899	0.0011	0.2655	-0.2426	0.2663	0.1975	0.0034	-0.0032	0.1587	-0.0281	0.1765	-30.0018	-63.1462	6.8979
29	6.0921	-2.5733	1.1952	3.6041	0.144	1.6005	0.4093	-0.2175	-0.7469	-0.1583	-0.1058	0.4502	0.3513	-0.0452	-0.3035	0.3645	-0.1143	0.0287	0.068	-0.039	0.1815	-34.4258	-57.6055	14.7736
30	5.8514	0.5342	1.4891	4.8811	-1.1152	4.7559	0.0203	0.7036	-0.7427	-0.3785	0.2016	0.2346	0.6067	-0.0937	-0.2219	0.213	0.0519	0.035	0.1691	-0.0419	0.1395	1.4047	-42.2714	22.9531
31	3.7303	-1.4268	-3.117	2.528	-0.3847	6.2309	-0.1311	0.5167	-0.1362	-0.1586	0.0003	0.1606	0.2701	0.0974	0.1309	0.229	0.0293	0.0547	0.3225	0.0161	0.118	4.9667	-37.6963	25.5576
32	2.5944	1.2841	1.1341	0.9547	1.7136	8.4097	0.0674	-0.0169	-0.0368	-0.1835	-0.0916	-0.1633	-0.1068	-0.3041	0.0242	0.3284	0.1263	0.1344	0.117	-0.0004	0.2012	6.7772	-42.664	40.8044
33	1.9977	0.1128	1.0425	1.9145	-0.0531	2.6311	-0.0107	0.4382	-0.2574	-0.2577	-0.1797	-0.2691	0.5054	0.5055	0.1903	0.3931	0.2448	0.178	0.3326	-0.0116	0.1887	13.5653	-48.0365	30.7446
34	8.7952	4.4296	-0.2534	3.6367	0.557	2.8656	0.2062	0.5744	-0.6755	-0.2423	0.1142	-0.5817	0.54	0.3047	-0.3204	0.4011	0.1808	0.0983	0.1254	-0.0398	0.2398	10.2977	-60.2399	35.1435
35	5.5778	3.4068	-0.2549	2.6505	-0.0671	1.1664	0.0148	0.3882	-0.7988	-0.3743	0.0377	-0.6318	0.3199	0.1703	-0.0525	0.4087	0.2129	0.1153	0.1687	-0.0569	0.3055	11.252	-55.3962	37.9744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	74 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	86 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	112 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	24 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	53 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	86 - 108
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	109 - 170
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	2 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	24 - 53
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	54 - 88
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	89 - 103
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	104 - 139
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	140 - 171
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	2 - 22
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	23 - 34
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	35 - 52
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	53 - 87
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	88 - 128
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	129 - 173
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	4 - 22
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	23 - 53
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	54 - 87
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	88 - 129
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	130 - 138
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	139 - 170
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	2 - 42
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	43 - 71
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	72 - 85
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	86 - 125
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	126 - 149
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	150 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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