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- PDB-4jjx: Dodecameric structure of spermidine N-acetyltransferase SpeG from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jjx
タイトルDodecameric structure of spermidine N-acetyltransferase SpeG from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
要素Spermidine n1-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine catabolic process / spermine catabolic process / spermidine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spermidine N(1)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A Novel Polyamine Allosteric Site of SpeG from Vibrio cholerae Is Revealed by Its Dodecameric Structure.
著者: Filippova, E.V. / Kuhn, M.L. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Ballicora, M.A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9273
ポリマ－62,9273
非ポリマー00
水46826
1
A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase

A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase

A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase

A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,70812
ポリマ－251,70812
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area31500 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area84300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.524, 131.524, 72.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Spermidine n1-acetyltransferase


分子量: 20975.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KL03
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 45% Ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→30 Å / Num. all: 15565 / Num. obs: 15565 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 68.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.82→2.87 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1469 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EG7

3eg7
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.83→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 36.217 / SU ML: 0.321 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26479 774 5 %RANDOM
Rwork0.19372 ---
obs0.19729 14686 98.21 %-
all-14686 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å2-0 Å2
2---1.64 Å20 Å2
3---3.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 0 26 4314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9345938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98923.977264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.32315771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9361535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023439
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.903 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 54 -
Rwork0.303 1048 -
obs--96.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5466-0.14332.205210.04882.06633.78140.02670.3549-0.292-0.1404-0.1540.6296-0.206-0.1370.12730.1233-0.0050.05670.1494-0.10280.2623-17.0793-21.617313.1656
23.75791.68821.168911.9817-2.52074.74940.5883-0.46040.81780.9233-0.38911.1032-0.9697-0.0043-0.19920.4165-0.05550.22420.1987-0.14230.2942-17.5816-12.761224.6033
31.77381.2322-2.81834.945-3.227510.62180.26860.10250.2088-0.0884-0.30980.0647-0.46830.31640.04120.07070.03360.0140.1165-0.06440.2831-18.3107-28.096518.9647
42.5584-2.0672-2.14852.32040.74453.41950.1310.2335-0.3361-0.2064-0.25120.4281-0.0298-0.01490.12010.1193-0.057-0.08890.1137-0.03560.2116-26.9803-32.860727.2077
55.706-0.07491.65753.0302-0.53793.54030.07080.14650.08280.035-0.02490.390.4162-0.3889-0.04590.143-0.0834-0.01750.07860.01240.06925.4406-22.592221.2337
64.7317-0.31482.96462.6896-2.638212.6526-0.06880.3108-0.3309-0.4689-0.0607-0.1211-0.2307-0.29910.12950.1350.03220.0270.069-0.0530.063613.8261-29.147319.885
74.81049.54520.309521.3558-8.409433.7762-0.5849-0.0860.2436-1.3638-0.42320.2190.74270.76191.00810.42260.25350.06710.3926-0.13060.233614.6595-38.956810.0602
83.52212.1725-0.59222.8904-0.2712.92880.06730.4485-0.4419-0.14160.0017-0.34960.17530.3546-0.0690.04670.074-0.01890.1783-0.06110.088814.1374-40.193326.7441
98.84788.73373.41149.20496.283515.8949-0.3260.3161-1.3257-0.17610.76-1.3140.96932.0496-0.4340.38890.23390.17220.9249-0.11350.664931.0654-38.51824.2964
104.39721.96490.743116.58252.48390.72620.7458-1.22110.16550.6008-0.90150.07890.0554-0.1230.15570.2939-0.17040.01350.5190.00460.10363.9308-26.406259.8358
118.06654.36211.02634.3142.8638.94070.6204-0.170.64840.0105-0.2913-0.33370.4854-0.007-0.32910.32630.01940.18640.20830.06980.339811.2084-20.806349.4374
120.5714-0.2485-2.2526.2349-4.390126.81060.0916-0.2042-0.0654-0.00330.15540.72080.6224-0.3822-0.2470.0972-0.14290.03680.2692-0.10550.2553-0.5603-26.876954.805
132.2871.97382.75333.00771.267512.60710.0613-0.45860.12870.5666-0.40240.17720.1089-0.37760.34110.2374-0.02830.04340.1641-0.02170.01773.1697-36.272652.865
145.8725-0.30231.04540.98550.00283.39970.4331-0.4276-0.47770.3781-0.2753-0.14060.5808-0.4045-0.15780.2837-0.1932-0.10820.16030.07990.10928.3161-42.770945.6432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3A54 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4A105 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6B58 - 93
7X-RAY DIFFRACTION7B94 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8B101 - 167
9X-RAY DIFFRACTION9B168 - 171
10X-RAY DIFFRACTION10C2 - 23
11X-RAY DIFFRACTION11C24 - 48
12X-RAY DIFFRACTION12C49 - 66
13X-RAY DIFFRACTION13C67 - 108
14X-RAY DIFFRACTION14C109 - 170

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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