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Yorodumi- PDB-4jly: Dodecameric structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jly | ||||||
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Title | Dodecameric structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae | ||||||
Components | Spermidine n1-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / spermidine / N-acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information spermidine catabolic process / spermine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / polyamine catabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar eltor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.882 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2015 Title: Substrate-Induced Allosteric Change in the Quaternary Structure of the Spermidine N-Acetyltransferase SpeG. Authors: Filippova, E.V. / Weigand, S. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jly.cif.gz | 443.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jly.ent.gz | 372.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jly.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jly_validation.pdf.gz | 486.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4jly_full_validation.pdf.gz | 504.4 KB | Display | |
Data in XML | 4jly_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4jly_validation.cif.gz | 50.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jly | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ygoC 5cnpC 3eg7 C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20975.646 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (bacteria) Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: VC_A0947 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q9KL03 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 M Ammonium Sulfate, 0.1 M tri-Sodium Citrate, 15 % PEG8000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2011 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.88→30 Å / Num. all: 30456 / Num. obs: 30456 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 22.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.88→2.95 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1452 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3EG7 3eg7 Resolution: 2.882→28.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 39.397 / SU ML: 0.339 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.448 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 84.087 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.882→28.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.882→2.957 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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