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- PDB-3tre: Structure of a translation elongation factor P (efp) from Coxiell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tre
タイトルStructure of a translation elongation factor P (efp) from Coxiella burnetii
要素Elongation factor P
キーワードTRANSLATION / Protein synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide biosynthetic process / translation elongation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor P/YeiP, conserved site / Elongation factor P signature. / Translation elongation factor P / Translation elongation factor P/YeiP, central / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P, C-terminal / Translation elongation factor P/YeiP / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P, C-terminal ...Translation elongation factor P/YeiP, conserved site / Elongation factor P signature. / Translation elongation factor P / Translation elongation factor P/YeiP, central / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P, C-terminal / Translation elongation factor P/YeiP / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P, C-terminal / Elongation factor P (EF-P) OB domain / Elongation factor P (EF-P) KOW-like domain / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor P
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.899 Å
データ登録者Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6271
ポリマ－21,6271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.619, 82.619, 79.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor P / EF-P


分子量: 21626.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_1816, efp / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83AR4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M potassium thiocyanate 16% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.899→50 Å / Num. all: 13462 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-2.952.40.5317020.376199.9
2.95-32.40.3536730.418199.9
3-3.062.40.2776730.405199.3
3.06-3.122.40.2186430.4071100
3.12-3.192.40.1736860.4721100
3.19-3.272.40.1346910.491199.4
3.27-3.352.40.1266270.568199.8
3.35-3.442.40.1196640.773196.7
3.44-3.542.40.1056530.916198.6
3.54-3.652.40.0846701.01199.6
3.65-3.782.40.0726431.124195.3
3.78-3.942.30.0746451.336194
3.94-4.112.40.0426491.107199.4
4.11-4.332.40.0366731.13199.1
4.33-4.62.40.0346611.316199.5
4.6-4.962.40.0336951.27199.3
4.96-5.464.40.0966591.221100
5.46-6.244.70.0986501.032199.7
6.24-7.864.60.0756821.0121100
7.86-504.10.0536621.437197.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YBY

1yby


解像度: 2.899→41.31 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7507 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2714 327 4.76 %RANDOM
Rwork0.2354 ---
all0.2371 7236 --
obs0.2371 6869 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.3 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 263.95 Å2 / Biso mean: 102.8239 Å2 / Biso min: 38.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.34 Å2-0 Å20 Å2
2---2.34 Å20 Å2
3---4.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.899→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 0 0 1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1981425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.681387
LS精密化 シェル解像度: 2.8987→3.6517 Å / Total num. of bins used: 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 179 -
Rwork0.2548 3243 -
all-3422 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3256-0.58240.25792.14220.06180.92790.38660.13360.705-0.20060.1776-0.04110.31590.10760.00220.75920.02870.03410.47180.14010.520446.3032-10.02117.1447
21.15821.1486-1.34841.3134-1.29931.50150.23780.091-0.0298-0.11920.1158-0.0790.00510.55810.00250.61650.04440.060.3690.09620.470845.5219-16.32988.3324
30.9641-0.77430.77320.7053-0.34651.51150.6879-1.0438-0.64090.07640.23181.31420.9156-1.00350.11460.88030.0280.34610.44320.17350.898338.06763.1177-9.9284
40.65170.4638-0.31521.17860.00461.1694-0.38110.2638-0.09910.04220.03740.28810.93050.0858-0.45041.0767-0.1873-0.12130.29080.46520.295438.62183.3327-18.828
50.56330.3304-0.16380.21440.28714.14070.3439-0.2418-0.3129-0.34980.010.96590.24370.1160.34760.98510.02060.11180.36160.29321.439535.768-5.7767-16.171
61.2587-0.2969-0.30321.61140.80170.4606-0.11541.3343-1.9571.2048-0.46992.196-0.0590.6598-0.02730.9087-0.01890.18510.95360.10930.991835.51891.1182-12.1925
71.6237-0.2198-0.01170.79490.47370.2891.3297-2.73620.92880.3307-0.2177-0.62990.2375-0.55510.03090.8558-0.03680.28181.32090.21181.101835.0116-2.6653-9.3906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:30)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 31:66)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 67:74)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 75:91)A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 92:106)A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 107:118)A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 119:131)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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