PDB-1yby: Conserved hypothetical protein Cth-95 from Clostridium thermocellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yby

タイトル

Conserved hypothetical protein Cth-95 from Clostridium thermocellum

要素

Translation elongation factor P

キーワード

TRANSLATION / conserved hypothetical protein / Clostridium thermocellum / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide biosynthetic process / translation elongation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAS /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zhao, M. / Zhou, W. / Chang, J. / Habel, J. / Kataeva, I. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein Cth-95 from Clostridium thermocellum
著者: Zhao, M. / Zhou, W. / Chang, J. / Habel, J. / Kataeva, I. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. / Florence, Q. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Ljundahl, ...

履歴

登録	2004年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yby.cif.gz	88.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yby.ent.gz	65.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1yby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1yby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xeh-d 1ooa-2 5wb8-1 5wfn-1 6nl1-3 7bml-d 4i6z-d 5wfn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Cth-95

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Translation elongation factor P

B: Translation elongation factor P

48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.915, 55.476, 88.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.84, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Translation elongation factor P / EF-P / translation initiation factor 5A / eIF-5A 分子量: 24174.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48857307, UniProt: A3DDQ3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 1.5M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.6, sitting drop, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39625 / % possible obs: 97 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.887

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
1.85-1.92	0.541	3863	1.291	94.8
1.92-1.99	0.356	4039	1.38	99.8
1.99-2.08	0.237	4031	1.094	100
2.08-2.19	0.208	4072	1.175	100
2.19-2.33	0.193	3461	2.108	85.1
2.33-2.51	0.129	4063	1.505	100
2.51-2.76	0.096	4089	1.762	100
2.76-3.16	0.075	4080	2.302	100
3.16-3.99	0.063	3744	3.109	91.1
3.99-50	0.055	4183	2.974	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.41 / 反射: 9289

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.91-20	0.41	522
6.56-9.91	0.48	816
5.22-6.56	0.45	1031
4.46-5.22	0.41	1194
3.96-4.46	0.4	1262
3.6-3.96	0.3	1167
3.32-3.6	0.44	1590
3.09-3.32	0.43	1707

Phasing dm

FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.51 / 反射: 14346 / Reflection acentric: 13393 / Reflection centric: 953

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-19.795	0.84	0.84	0.68	638	532	106
4.6-7.4	0.8	0.82	0.59	1995	1800	195
3.7-4.6	0.81	0.83	0.64	2336	2161	175
3.3-3.7	0.72	0.73	0.54	2258	2119	139
2.8-3.3	0.48	0.49	0.4	4409	4187	222
2.6-2.8	0.19	0.19	0.19	2710	2594	116

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.95→27.735 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.27 / WR_factor R_work: 0.23 / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2704	1054	3.093 %	thin shells
R_work	0.2275	-	-	-
all	0.229	-	-	-
obs	0.22883	34080	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.504 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.655 Å²	0 Å²	-0.311 Å²
2-	-	0.467 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.131 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2726	0	5	198	2929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.963	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.764	3	5872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.337	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.758	25.41	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.822	15	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.603	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.113	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.208	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.886	1.5	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.58	2	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.814	2	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.439	3	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	3	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.774	4.5	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.742	4.5	3499

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.95-2	0.289	62	0.252	2497	2559
2-2.055	0.274	93	0.251	2439	2532
2.055-2.114	0.28	62	0.247	2347	2409
2.114-2.179	0.28	82	0.237	2265	2347
2.179-2.25	0.353	57	0.267	1918	1975
2.25-2.328	0.475	47	0.276	1884	1931
2.328-2.415	0.273	93	0.251	2030	2123
2.415-2.513	0.359	62	0.246	2017	2079
2.513-2.624	0.253	62	0.258	1909	1971
2.624-2.751	0.3	62	0.255	1839	1901
2.751-2.898	0.333	31	0.248	1802	1833
2.898-3.072	0.3	62	0.229	1636	1698
3.072-3.281	0.27	62	0.228	1547	1609
3.281-3.54	0.272	31	0.222	1484	1515
3.54-3.871	0.252	31	0.2	1062	1093
3.871-4.318	0.199	62	0.18	1126	1188
4.318-4.966	0.168	31	0.157	1089	1120
4.966-6.034	0.267	31	0.202	923	954
6.034-8.338	0.244	24	0.239	750	774
8.338-27.735	0.237	7	0.243	462	469

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