PDB-3tqs: Structure of the dimethyladenosine transferase (ksgA) from Coxiel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqs

タイトル

Structure of the dimethyladenosine transferase (ksgA) from Coxiella burnetii

要素

Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

キーワード

TRANSFERASE / Protein synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.3	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・詳細版	3tqs_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
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CIF形式データ	3tqs_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q7t-1 6xwh-d 4e8b-d 4n13-d 2q7u-1 5gg7-2 3gt0-d 2wcw-1 4ypn-d 3omg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

C: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

D: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

119 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

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2

B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

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3

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4

D: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.007, 57.895, 112.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.010, 104.340
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine ...16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine transferase / 16S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase 分子量: 29663.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: rsmA, ksgA, CBU_1982 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q83AC2, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM NaCl, 20% PEG 3350, pH 7.5, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 64960 / Num. obs: 60608 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.98-2.01	1.9	0.066	2189	0.963	1	67.5
2.01-2.05	1.9	0.063	2769	0.889	1	86.1
2.05-2.09	2	0.059	3023	0.979	1	92.4
2.09-2.13	2	0.052	3039	0.971	1	93.1
2.13-2.18	2	0.048	2979	0.901	1	93.4
2.18-2.23	2	0.047	3108	0.914	1	93.6
2.23-2.29	2	0.046	2967	0.983	1	93.4
2.29-2.35	2	0.041	3075	0.922	1	94
2.35-2.42	2	0.039	3079	0.871	1	94.4
2.42-2.49	2	0.039	3062	0.974	1	94.9
2.49-2.58	2	0.038	3090	0.942	1	95
2.58-2.69	2	0.032	3119	0.98	1	95.4
2.69-2.81	2	0.034	3083	1.054	1	95.7
2.81-2.96	2	0.031	3158	0.952	1	96
2.96-3.14	2	0.03	3107	0.955	1	96
3.14-3.39	2	0.025	3165	0.995	1	97
3.39-3.73	2	0.023	3130	1.07	1	96.8
3.73-4.26	2	0.021	3203	1.131	1	97.3
4.26-5.37	2	0.021	3179	1.072	1	98.2
5.37-50	2	0.023	3084	1.246	1	95.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→17.75 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.5533 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 44.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	3048	5.05 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1866	60349	92.89 %
all	-	63397	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.176 Å² / k_sol: 0.393 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.98 Å² / B_iso mean: 14.8759 Å² / B_iso min: 2.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4574 Å²	-0.842 Å²	-0.5942 Å²
2-	-	-1.684 Å²	-0.2148 Å²
3-	-	-	3.1414 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→17.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7996	0	0	1104	9100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	11124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1276
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.212	3060

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.98-2.0494	0.2787	272	0.1789	4595	4867	76
2.0494-2.1314	0.2452	297	0.1737	5775	6072	93
2.1314-2.2282	0.2393	299	0.1841	5763	6062	93
2.2282-2.3454	0.2525	292	0.1775	5784	6076	94
2.3454-2.492	0.2443	324	0.1746	5796	6120	95
2.492-2.6838	0.2666	317	0.1822	5863	6180	95
2.6838-2.9528	0.2643	293	0.1892	5944	6237	96
2.9528-3.3775	0.2569	325	0.1937	5926	6251	96
3.3775-4.2456	0.2309	336	0.1832	5968	6304	97
4.2456-17.75	0.2175	293	0.1859	5887	6180	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0112	-0.0107	0.0069	0.0089	-0.0068	0.0036	0.0056	0.0299	0.0152	0.0001	-0.0017	-0.0067	-0.0099	-0.0313	0.0156	-0.0717	0.0313	-0.0164	0.102	0.0072	0.0218	-21.0621	54.1862	21.0029
2	0.0045	0.0016	0.0002	0.0071	0.0023	0.0021	0.03	-0.0208	-0.0135	0.026	-0.0261	-0.008	-0.0022	-0.0061	0.0074	-0.0123	-0.0375	0.013	0.0587	0.0056	0.0752	-18.6744	56.5172	35.0531
3	0.0197	0.0144	0.0018	0.0334	0.0026	-0	0.028	0.0123	0.0497	0.0134	-0.0058	-0.0182	-0.0022	0.0024	0.0075	0.0422	0.0179	-0.0216	-0.0273	0.0316	0.0681	-12.0635	43.7183	26.2468
4	0.0169	-0.0137	0.0045	0.025	-0.022	0.0181	-0.0181	-0.0162	-0.0009	0.0064	0.0047	-0.0175	0.0159	0.0193	-0.0141	0.008	0.0541	-0.0294	-0.0522	0.0434	0.064	-7.3122	40.2989	18.9512
5	0.0167	0.0177	-0.0028	0.0274	-0.0009	0.002	-0.0299	-0.0265	0.0022	0.0432	0.004	-0.0576	-0.0275	-0.0102	-0.008	-0.0128	0.091	-0.058	0.012	0.0775	0.0399	3.7252	23.503	27.4402
6	0.0243	0.0095	0.0023	0	0.0006	0.0019	0.0354	-0.0332	0.0066	0.018	-0.0067	-0.0015	0.0149	0.0153	0.0636	-0.1422	-0.0751	-0.0219	0.0901	0.0493	-0.0265	12.6724	53.6966	55.0385
7	0.0207	-0.0035	-0.0092	0.0126	0.0058	0.0053	0.0157	0.0305	-0.0641	0.0284	-0.0377	0.0097	-0.0032	-0.0161	-0.0224	0.0487	-0.1142	-0.0797	0.0811	-0.0205	0.0291	6.5604	65.9677	56.5838
8	0.0045	0.0055	0.0001	0.0069	0.0001	0	0.0159	0.0017	0.0123	-0.0008	0.0035	0.009	-0.008	-0.0042	0.005	0.0429	-0.036	-0.0027	0.0662	0.0261	0.0154	-6.2249	72.1538	44.2135
9	0.0395	-0.0003	-0.013	0.0167	0.0024	0.0023	-0.025	0.0163	-0.02	0.0053	0.0311	0.0328	0.0236	-0.048	0.0033	0.0428	-0.0536	0.0682	0.0434	0.0322	0.0541	1.5264	68.6822	47.7794
10	0.0153	-0.0054	0.0043	0.0246	0.0087	0.0041	0.0046	-0.0403	-0.0027	0.0074	0.0088	0.0637	-0.0033	-0.001	0.0042	-0.0908	0.0073	-0.0092	0.0578	-0.0018	0.0251	-10.8616	86.2967	55.6758
11	0.001	-0.0021	0.0006	0.0046	-0.0017	0.0012	0.0117	0.0013	0.008	-0.0229	0.0026	-0.0167	-0.0229	0.003	-0.0001	0.0876	-0.0417	-0.009	-0.0206	-0.0003	0.0435	-21.0685	54.181	77.4705
12	0.0158	0.01	-0.0083	0.0143	0.0006	0.0081	0.0083	-0.0141	-0.0081	0.01	-0.0168	0.0106	-0.0152	-0.0045	0.0031	0.0871	0.0283	-0.01	0.0523	-0.0274	0.0266	-18.2773	57.1258	91.3263
13	0.085	-0.0066	-0.013	0.0232	-0.0024	0.0205	-0.0157	0.0105	0.0346	-0.0023	-0.0277	0.013	0.0306	-0.0386	-0.0211	0.038	-0.02	0.0141	0.1014	-0.0294	0.0174	-9.945	42.0107	81.3169
14	0.035	0.0105	0.0029	0.0163	0.0034	0.0021	-0.0153	0.0404	-0.0139	0.0264	0.0259	-0.0067	0.0044	0.0775	-0.0003	0.0676	-0.0242	0.0039	0.1086	-0.0078	0.004	-9.3939	41.6496	75.751
15	0.0078	0.0068	-0.0014	0.0524	-0.0218	0.029	-0.0068	-0.0292	0.007	0.0376	-0.01	-0.0858	-0.003	0.0393	0.0007	0.0717	-0.0473	0.008	0.007	-0.0167	0.0767	3.7173	23.4871	83.9181
16	0.0221	-0.0079	0.008	0.0097	0.0032	0.0079	-0.0079	0.0336	-0.0577	-0.012	-0.0198	0.0403	0.0126	-0.001	-0.0005	0.145	0.0272	0.0236	0.022	-0.0469	0.1082	12.5555	54.7437	-5.0569
17	0.0004	-0.0001	-0.005	0.0008	0.0032	0.0859	0.0004	-0.0218	0.0439	0.0099	-0.0123	0.0106	0.0623	0.028	-0.0072	0.0599	0.0606	0.0036	-0.0015	-0.0111	0.0862	13.62	56.7881	5.2767
18	0	-0.0033	-0.0008	0.0257	0.0135	0.0048	0.0104	0.0398	-0.0551	-0.0048	-0.0236	0.0395	-0.0054	-0.0267	0.0326	0.0525	0.1146	0.0671	0.0292	0.0021	0.0483	2.2094	66.2436	-2.5283
19	0.0119	-0.0036	0.0044	0.0277	0.0167	0.0115	-0.0022	-0.0026	0.0069	0.0146	0.0114	-0.0024	-0.0464	-0.0149	0.0041	0.06	0.0391	-0.0242	0.0256	-0.055	0.0652	0.1601	69.5087	-9.2814
20	0.0079	0.0024	0.0051	0.0225	0.0047	0.0037	-0.0272	-0.0044	-0.0011	0.0246	-0.0157	0.0547	0.0271	-0.0143	0.0003	0.1623	-0.0164	0.0227	0.0078	-0.0558	0.1052	-10.8761	86.3173	-0.7905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 12:58)	A	12 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 59:96)	A	59 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 97:139)	A	97 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 140:197)	A	140 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 198:258)	A	198 - 258
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 12:90)	B	12 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 91:136)	B	91 - 136
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 137:149)	B	137 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 150:197)	B	150 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 198:258)	B	198 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 12:58)	C	12 - 58
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 59:94)	C	59 - 94
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 95:152)	C	95 - 152
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 153:197)	C	153 - 197
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 198:258)	C	198 - 258
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 12:66)	D	12 - 66
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 67:106)	D	67 - 106
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 107:139)	D	107 - 139
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 140:197)	D	140 - 197
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 198:258)	D	198 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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