PDB-3gt0: Crystal structure of pyrroline 5-carboxylate reductase from Bacil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gt0

タイトル

Crystal structure of pyrroline 5-carboxylate reductase from Bacillus cereus. Northeast Structural Genomics Consortium Target BcR38B

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / BcR38B

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BcR38B
著者: Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2009年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gt0.cif.gz	54.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gt0.ent.gz	39.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/3gt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/3gt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qq5-d 5udn-d 2pa3-d 4f0d-d 2yy6-d 1t7w-d 2odf-3 2c1y-d 5w4v-2 5lad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BcR38B

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase

ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.980, 68.450, 149.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 分子量: 26952.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-247 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア) 株: DSM 31 / 遺伝子: BC_2977 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q81C08, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl pH 7.5. Reservoir solution: 100 mM CaCl2, 100 mM Na Acetate pH 5.0, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.97910, 0.97934

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月5日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.97934	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35350 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→18.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 8.969 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26186	924	5.2 %	RANDOM
R_work	0.23069	-	-	-
obs	0.23226	17876	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.161 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1611	0	0	38	1649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.214	1.979	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.745	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.167	27.627	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.515	15	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.562	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.033	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.032	1.5	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.391	2	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.82	3	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.166	4.5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	56	-
R_work	0.216	994	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.9649 Å / Origin y: 14.7056 Å / Origin z: 52.158 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0455 Å²	0.0588 Å²	0.0404 Å²	-	-0.1253 Å²	0.0254 Å²	-	-	-0.0415 Å²
L	3.126 °²	-0.871 °²	1.1758 °²	-	1.4315 °²	-1.0246 °²	-	-	2.1847 °²
S	-0.1743 Å °	-0.0653 Å °	0.574 Å °	0.2746 Å °	0.2223 Å °	0.1357 Å °	-0.4047 Å °	-0.2619 Å °	-0.048 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 338
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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