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- PDB-5udn: Phage-associated cell wall hydrolase PlyPy from Streptococcus pyo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udn
タイトルPhage-associated cell wall hydrolase PlyPy from Streptococcus pyogenes, space group P3121
要素Phage-associated cell wall hydrolase
キーワードHYDROLASE / lysin / d-alanyl-l-alanine endopeptidase / CHAP domain / Src Homology 3 domain superfamily / SH3 domain
機能・相同性Bacterial SH3 domain / SH3-like domain, bacterial-type / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / hydrolase activity / : / Phage-associated cell wall hydrolase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes MGAS5005 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.971 Å
データ登録者Edgar, R.J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI113253 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110787 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of phage-associated cell wall hydrolase PlyPy from Streptococcus pyogenes
著者: Edgar, R.J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2016年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phage-associated cell wall hydrolase
A: Phage-associated cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6776
ポリマ－57,3092
非ポリマー3684
水6,449358
1
B: Phage-associated cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8383
ポリマ－28,6541
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Phage-associated cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8383
ポリマ－28,6541
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.130, 122.130, 89.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2:156 or resid 172:256))
21(chain B and (resid 2:17 or resid 25:109 or resid 129:156 or resid 172:256))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASP(chain A and (resid 2:156 or resid 172:256))AB2 - 1561 - 155
12ARGARGGLUGLU(chain A and (resid 2:156 or resid 172:256))AB172 - 256171 - 255
21ALAALATHRTHR(chain B and (resid 2:17 or resid 25:109 or resid 129:156 or resid 172:256))BA2 - 171 - 16
22LEULEUGLNGLN(chain B and (resid 2:17 or resid 25:109 or resid 129:156 or resid 172:256))BA25 - 10924 - 108
23GLYGLYASPASP(chain B and (resid 2:17 or resid 25:109 or resid 129:156 or resid 172:256))BA129 - 156128 - 155
24ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 2:17 or resid 25:109 or resid 129:156 or resid 172:256))BA172 - 256171 - 255

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要素

#1: タンパク質 Phage-associated cell wall hydrolase


分子量: 28654.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS5005 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: M5005_Spy1001 / プラスミド: pET-21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C6FZU1, UniProt: J7M5V6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M acetate PH 4.5, 1.0M ammonium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月11日 / 詳細: Si(220)
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→68.291 Å / Num. obs: 54321 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.52 % / Biso Wilson estimate: 26.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsCC1/2% possible all
1.97-2.025.5631.111.6439760.60699.8
2.02-2.085.490.8172.330.7999.9
2.08-2.145.5720.7742.390.79499.9
2.14-2.25.5970.573.180.84599.9
2.2-2.285.3360.4784.060.92295.1
2.28-2.365.5970.424.270.89999.9
2.36-2.445.6140.3515.110.934100
2.44-2.545.6070.2965.980.953100
2.54-2.665.6030.2277.70.969100
2.66-2.795.540.1779.80.9899.9
2.79-2.945.6060.13112.780.989100
2.94-3.125.5750.09916.680.994100
3.12-3.335.5750.07122.360.997100
3.33-3.65.4780.05628.240.99899.8
3.6-3.945.2860.04733.160.99899
3.94-4.415.4280.03640.480.99999.9
4.41-5.095.3080.03143.970.99999.8
5.09-6.235.4350.03240.250.99999.8
6.23-8.815.4540.0341.850.999100
8.81-68.2915.1080.0256.730.99999.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.38 Å68.29 Å
Translation6.38 Å68.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIXdev_2481精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UDM

5udm


解像度: 1.971→68.291 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2238 5079 4.88 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2 ---
obs0.2012 54308 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.9 Å2 / Biso mean: 34.2854 Å2 / Biso min: 17.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.971→68.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 56 358 3816
Biso mean--36.37 34.57 -
残基数----438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7784780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8181966
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2514X-RAY DIFFRACTION7.768TORSIONAL
12B2514X-RAY DIFFRACTION7.768TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.971-1.99340.30121900.31373262345299
1.9934-2.01690.32541570.3133553512100
2.0169-2.04150.32131380.286133513489100
2.0415-2.06730.35081420.30913320346299
2.0673-2.09450.3841860.34233214340097
2.0945-2.12320.29421720.264733713543100
2.1232-2.15350.29242030.255132653468100
2.1535-2.18570.24991980.239533603558100
2.1857-2.21990.26741430.238733023445100
2.2199-2.25620.40561560.40523060321691
2.2562-2.29520.36871360.32283193332994
2.2952-2.33690.22071880.216332363424100
2.3369-2.38180.24272040.21633213525100
2.3818-2.43050.22052050.201233183523100
2.4305-2.48330.2431540.209733403494100
2.4833-2.54110.2561670.20083310347799
2.5411-2.60460.24861700.200133573527100
2.6046-2.67510.25641830.23270345399
2.6751-2.75380.22941650.19233361352699
2.7538-2.84270.18351720.180833143486100
2.8427-2.94430.22981870.191332843471100
2.9443-3.06210.20531880.183833253513100
3.0621-3.20150.22041230.179833913514100
3.2015-3.37030.21031510.174233613512100
3.3703-3.58140.22281510.17173331348299
3.5814-3.85790.17152170.17653197341498
3.8579-4.24610.16071800.14663287346798
4.2461-4.86040.13551320.13663322345499
4.8604-6.1230.18051500.15433318346899
6.123-68.33160.22921710.21593340351199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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