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- PDB-3swt: Crystal Structure of the Taurine catabolism dioxygenase, TauD fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3swt
タイトルCrystal Structure of the Taurine catabolism dioxygenase, TauD from Mycobacterium marinum
要素Taurine catabolism dioxygenase, TauD
キーワードOXIDOREDUCTASE / Taurine catabolism dioxygenase / TauD / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Taurine catabolism dioxygenase, TauD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum M (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32015年4月15日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
B: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7866
ポリマ－66,5062
非ポリマー2804
水5,819323
1
A: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3713
ポリマ－33,2531
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4153
ポリマ－33,2531
非ポリマー1622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子

A: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子

B: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子

B: Taurine catabolism dioxygenase, TauD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,57212
ポリマ－133,0134
非ポリマー5608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation3_566x+1/2,-y+1,-z+3/21
crystal symmetry operation4_664-x+3/2,-y+1,z-1/21
Buried area6380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area38300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.098, 89.078, 104.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-419-

HOH

21A-436-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Taurine catabolism dioxygenase, TauD


分子量: 33253.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: tauD, MMAR_1141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HD26
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 44 mg/ml. 20% PEG 3350, 200mM potassium citrate. 25% ethylene glycol (cryoprotection), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 40618 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.094.80.45718370.924190.5
2.09-2.125.10.43218690.925192.9
2.12-2.165.20.42319190.932194.1
2.16-2.215.40.40419130.966195.7
2.21-2.265.50.35420061.054198.8
2.26-2.315.80.3820181.005199.4
2.31-2.3760.34520590.983199.8
2.37-2.436.10.3120060.9961100
2.43-2.56.20.25720690.9991100
2.5-2.586.10.22220251.051100
2.58-2.686.20.19920541.0681100
2.68-2.786.20.16420561.0771100
2.78-2.916.10.12920521.0161100
2.91-3.066.10.10920531.0061100
3.06-3.256.10.08720610.9281100
3.25-3.5160.08120760.922199.9
3.51-3.8660.07320751.0761100
3.86-4.425.90.0621061.071199.9
4.42-5.565.80.04221230.936199.9
5.56-505.80.03322410.938199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.02 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.79 Å
Translation2.5 Å37.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2167 / WRfactor Rwork: 0.1751 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8608 / SU B: 8.649 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.1709 / SU Rfree: 0.1566 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 2029 5 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.1879 40461 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.13 Å2 / Biso mean: 25.4653 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20 Å20 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3798 0 13 323 4134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.935378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.936238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4525498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.55623.469196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56815590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7421535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6991.52454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30723935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07831483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2944.51436
LS精密化 シェル解像度: 2.051→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 133 -
Rwork0.229 2556 -
all-2689 -
obs--90.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42460.013-0.08641.296-0.06910.8329-0.04970.0218-0.0020.0851-0.00560.14060.0239-0.07250.05530.0332-0.01790.02780.0283-0.01660.033356.630328.775362.051
20.4952-0.0999-0.15971.0277-0.16770.8974-0.07170.001-0.0152-0.0955-0.0262-0.06840.09120.03620.0980.0720.01550.0490.02360.0120.038643.798217.627291.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 296
2X-RAY DIFFRACTION1A299 - 300
3X-RAY DIFFRACTION1A301 - 456
4X-RAY DIFFRACTION2B4 - 297
5X-RAY DIFFRACTION2B299 - 300
6X-RAY DIFFRACTION2B301 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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