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万見
- PDB-3pm6: Crystal structure of a putative fructose-1,6-biphosphate aldolase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pm6
タイトルCrystal structure of a putative fructose-1,6-biphosphate aldolase from Coccidioides immitis solved by combined SAD MR
要素Putative fructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / coccidioidomycosis / Coccidioides / Valley Fever / immitis / posadasii / fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase / zinc-containing enzyme / pathogenic fungus
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Putative fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides immitis (菌類)
手法X線回折 / SAD WITH molecular replacement / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment.
著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fructose-bisphosphate aldolase
B: Putative fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,77737
ポリマ－67,4592
非ポリマー4,31935
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.910, 77.770, 68.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A5 - 298
2116B5 - 298

-
要素

#1: タンパク質 Putative fructose-bisphosphate aldolase / FBP aldolase / FBPA / Putative fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase


分子量: 33729.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coccidioides immitis (菌類) / 遺伝子: CIMG_05755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CJ44, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 23.4 mg/mL CoimA.00345.a.A1 PS00465 against ProPlex screen condition E11, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, soaked into 1 M NaI, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, 20% ...詳細: 23.4 mg/mL CoimA.00345.a.A1 PS00465 against ProPlex screen condition E11, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, soaked into 1 M NaI, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 8000, 20% ethylene glycol, crystal tracking ID 206915e11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日 / 詳細: Osmic VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 156341 / Rmerge(I) obs: 0.064 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 40641 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
11.185042693.810.037
7.9111.1884999.610.038
6.457.91106699.210.043
5.596.45130099.810.043
55.59147999.610.04
4.565158599.210.037
4.234.56171998.710.038
3.954.23189199.310.041
3.733.95197298.610.042
3.543.73210499.410.046
3.373.54223898.910.054
3.233.3722539910.072
3.13.2324569910.083
2.993.125129910.103
2.892.99260698.710.122
2.82.89266198.410.141
2.712.8274897.810.165
2.642.71284698.410.196
2.562.64292997.810.227
2.52.56300198.510.26
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30826 / Num. obs: 30048 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 34.628 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.2-2.2660.4783.7112272254186682.8
2.26-2.320.4624.314877213796.6
2.32-2.390.417515483208197.7
2.39-2.460.3615.615392205798
2.46-2.540.2926.714911199798.3
2.54-2.630.2637.314555194898.5
2.63-2.730.2198.513751183698.5
2.73-2.840.1799.813580180598.5
2.84-2.970.14811.613074174398.9
2.97-3.110.1221312387164698.6
3.11-3.280.09815.611774156299.5
3.28-3.480.0818.511427152099.5
3.48-3.720.06222.310553140599.4
3.72-4.020.05923.89955132999.6
4.02-4.40.05525.38971119899.5
4.4-4.920.05726.48248110599.7
4.92-5.680.07124.9733498099.8
5.68-6.960.08324.6601883199.8
6.96-9.840.0728.3461865299.7
9.840.06729.5238035095.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 28.89 Å / FOM : 0.457 / FOM acentric: 0.467 / FOM centric: 0.273 / 反射: 20866 / Reflection acentric: 19748 / Reflection centric: 961
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.83-10.570.5850.6130.35220818622
7.74-8.830.5750.590.43623621123
6.97-7.740.5920.6130.41726724026
6.4-6.970.5820.590.46829226723
5.94-6.40.5740.5980.29832029425
5.57-5.940.5540.5740.32333130525
5.27-5.570.5580.5720.31535333218
5-5.270.5580.5710.40538335329
4.78-50.5460.5670.21939436923
4.58-4.780.5450.5570.32640738520
4.4-4.580.4970.5220.24142839127
4.25-4.40.5070.520.25443640922
4.11-4.250.4980.5090.30644642022
3.98-4.110.4950.510.25348445025
3.86-3.980.4830.4950.2547444920
3.76-3.860.490.5110.20752048429
3.66-3.760.4890.5020.21450547821
3.57-3.660.4690.4910.12752349127
3.48-3.570.4710.4860.16854151322
3.4-3.480.4620.4720.26255953323
3.33-3.40.4680.4820.2255052225
3.26-3.330.4880.4980.23857855720
3.19-3.260.4570.4680.21759055926
3.13-3.190.4310.4410.20460457724
3.07-3.130.4590.470.20459657123
3.02-3.070.4270.4360.21262459724
2.97-3.020.4160.4260.16661859322
2.92-2.970.4140.4240.18365763120
2.87-2.920.410.420.19163460726
2.83-2.870.4170.4230.23466964422
2.78-2.830.4060.4130.23465262522
2.74-2.780.4120.4190.22968065621
2.7-2.740.3890.3970.2569466128
2.67-2.70.3960.4020.22371169119
2.63-2.670.4010.4080.23267864921
2.6-2.630.4020.4130.19674971232
2.56-2.60.3970.4020.28372269517
2.53-2.560.3840.3870.33669366423
2.5-2.530.3490.3550.22677974626

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASEREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: SAD WITH molecular replacement
開始モデル: 2isv

2isv


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2256 / WRfactor Rwork: 0.1923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8436 / SU B: 10.248 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.2837 / SU Rfree: 0.2101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 1505 5 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.1998 30008 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.1 Å2 / Biso mean: 27.6569 Å2 / Biso min: 4.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å21.32 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4114 0 35 247 4396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9585702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5065547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.49624.012172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99815658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9281527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7081.52747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29824384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1131444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4254.51317
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1892 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.295
LOOSE THERMAL6.0110
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 89 -
Rwork0.224 1771 -
all-1860 -
obs--82.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69590.0322-0.12920.5922-0.00450.36520.0223-0.03170.01050.069-0.0031-0.00050.00730.0519-0.01920.02440.0022-0.01040.0060.00040.0377-21.91061.698566.1561
21.10.10140.12180.376-0.10750.3593-0.0420.17780.0584-0.03940.0283-0.07520.0310.01230.01370.0219-0.00580.01110.0552-0.00490.02595.71142.704738.9796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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